前面我們的TCGA數(shù)據(jù)挖掘小作業(yè)，就是：你研究的基因憑什么重要（這才是數(shù)據(jù)挖掘的用武之地），很容易讓大家去說(shuō)明某個(gè)基因是否表達(dá)量失調(diào)或者是否有臨床生存意義。

而且，確實(shí)越來(lái)越多的文章發(fā)表都會(huì)用到這個(gè)小技巧， 比如2021 發(fā)表在《*J Clin Invest.*》雜志的文章：《Chitinase-3-like 1 protein complexes modulate macrophage- mediated immune suppression in glioblastoma》，就是如此，研究者也是分析了  The Cancer Genome Atlas (TCGA) GBM 隊(duì)列的數(shù)據(jù) ，得到它的表達(dá)量失調(diào)情況以及它的預(yù)后情況 ：

• CHI3L1 is highly expressed in tumors versus nontumor tissues and mesenchymal versus pro- neural and classical subtypes
• CHI3L1的高表達(dá)量是跟PTEN deletions/mutations, PI3K/ AKT/mTOR signaling activation, and poor outcome in patients with isocitrate dehydrogenase WT (IDH-WT) GBM  相關(guān)的

如下所示：

以及：

這樣的分析確實(shí)比較好的說(shuō)明了這個(gè)CHI3L1基因在GBM的重要性，但是現(xiàn)在是單細(xì)胞的天下，我們其實(shí)可以更進(jìn)一步，結(jié)合公共的單細(xì)胞數(shù)據(jù)很容易通過(guò)單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘來(lái)說(shuō)明這個(gè)CHI3L1基因在GBM的異常高表達(dá)的原因，比如是惡性腫瘤細(xì)胞的高表達(dá)。

這個(gè)《*J Clin Invest.*》雜志的文章的研究者們也的確下載了 Cell Rep雜志 2017的文章：《Single-Cell RNA-Seq Analysis of Infiltrating Neoplastic Cells at the Migrating Front of Human Glioblastoma》，數(shù)據(jù)集是：https://www.ncbi.nlm./geo/query/acc.cgi?acc=GSE84465 ，因?yàn)槭潜容^早期的單細(xì)胞數(shù)據(jù)所以那個(gè)時(shí)候并不是10X技術(shù)，這個(gè)數(shù)據(jù)集三千多個(gè)細(xì)胞的表達(dá)量矩陣是一個(gè)文件供下載；

GSE84465_GBM_All_data.csv.gz 19.6 Mb

單個(gè)表達(dá)量矩陣文件也可以很容易讀取后，走常規(guī)的降維聚類(lèi)分群流程，得到文章里面的分類(lèi)后可視化自己感興趣的基因的表達(dá)量 ：

左邊的降維聚類(lèi)分群和生物學(xué)命名，大家可以參考參考前面的例子：人人都能學(xué)會(huì)的單細(xì)胞聚類(lèi)分群注釋  ， 這里我就不再贅述，也可以看基礎(chǔ)10講：

• 01. 上游分析流程
• 02.課題多少個(gè)樣品，測(cè)序數(shù)據(jù)量如何
• 03. 過(guò)濾不合格細(xì)胞和基因（數(shù)據(jù)質(zhì)控很重要）
• 04. 過(guò)濾線粒體核糖體基因
• 05. 去除細(xì)胞效應(yīng)和基因效應(yīng)
• 06.單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的降維聚類(lèi)分群
• 07.單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)處理之細(xì)胞亞群注釋
• 08.把拿到的亞群進(jìn)行更細(xì)致的分群
• 09.單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)處理之細(xì)胞亞群比例比較

右邊把具體的某個(gè)基因可視化在降維后的umap圖上面就一個(gè)很簡(jiǎn)單的 FeaturePlot 即可，參考前面的例子：各個(gè)單細(xì)胞亞群的差異基因數(shù)量投射到umap圖

學(xué)徒作業(yè)

下載并且讀取  這個(gè) 19.6 Mb的文件：GSE84465_GBM_All_data.csv.gz，走標(biāo)準(zhǔn)的降維聚類(lèi)分群，并且給出來(lái)合理的命名，在：兩個(gè)神經(jīng)退行性疾病的單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組隊(duì)列的細(xì)胞亞群及其標(biāo)記基因的比較，我列出來(lái)了一些大腦的單細(xì)胞亞群的特異性的基因：

astrocytes = c("AQP4", "ADGRV1", "GPC5", "RYR3") 
  endothelial = c("CLDN5", "ABCB1", "EBF1") 
  excitatory = c("CAMK2A", "CBLN2", "LDB2") 
  inhibitory = c("GAD1", "LHFPL3", "PCDH15") 
  microglia = c("C3", "LRMDA", "DOCK8") 
  oligodendrocytes = c("MBP", "PLP1", "ST18") 
  OPC='Tnr,Igsf21,Neu4,Gpr17'
  Ependymal='Cfap126,Fam183b,Tmem212,pifo,Tekt1,Dnah12'
  pericyte=c(  'DCN', 'LUM',  'GSN' ,'FGF7','MME', 'ACTA2','RGS5')
# 下面是4種神經(jīng)細(xì)胞
# excitatory (SLC17A6),  
# inhibitory (GAD2), 
# GABAergic (GAD2/GRIK1), 
# dopaminergic neurons(TH)

足夠大家給出來(lái)生物學(xué)名字啦。

當(dāng)然了，如果你感興趣這樣的單細(xì)胞分析但是又是絕對(duì)的0基礎(chǔ)，之前我們推送過(guò) 兩天培訓(xùn)課程費(fèi)用為299元/人（含課程回放及課件資料） （線上線下同等價(jià)格） （8月25和26兩個(gè)白天，朝九晚五授課） 適合小白入門(mén)哈，歡迎加入哦！大概率上會(huì)適合你哦！