今天是第1823期日報。

梁麗嫻+魏泓+曹亞兵：人參多糖調(diào)菌群，或能強化抗PD-1免疫治療

Gut[IF:19.819]

① 在肺癌荷瘤小鼠中，人參多糖能增強抗PD-1單抗的抗腫瘤效果，伴隨活化CD8+ T細(xì)胞增多、調(diào)節(jié)性T細(xì)胞減少；② 聯(lián)合治療的抗腫瘤作用依賴于腸道菌群，其改變了菌群組成和代謝物，使戊酸增高、犬尿氨酸/色氨酸的比值降低；③ 在非小細(xì)胞肺癌患者中，抗PD-1治療應(yīng)答者的腸道菌群多樣性更高，狄氏副擬桿菌和普通擬桿菌的豐度更高；④ 在移植了不應(yīng)答者菌群的小鼠中，聯(lián)合治療可使狄氏副擬桿菌和普通擬桿菌增多，恢復(fù)小鼠對抗PD-1的敏感性。

Ginseng polysaccharides alter the gut microbiota and kynurenine/tryptophan ratio, potentiating the antitumour effect of antiprogrammed cell death 1/programmed cell death ligand 1 (anti-PD-1/PD-L1) immunotherapy
05-18, doi: 10.1136/gutjnl-2020-321031

【主編評語】抗PD-1/PD-L1的免疫療法可治療晚期肺癌，但只在部分患者中有效。如何提高患者對免疫治療的應(yīng)答，是一個亟待解決的問題。Gut最新發(fā)表了由澳門科技大學(xué)梁麗嫻、中山大學(xué)第一附屬醫(yī)院魏泓和鏡湖醫(yī)院曹亞兵作為共同通訊作者的研究，通過小鼠模型實驗和臨床樣本分析發(fā)現(xiàn)，人參多糖與抗PD-1的聯(lián)合治療，或能通過調(diào)控腸道菌群的組成和代謝物，來調(diào)節(jié)免疫，增強對免疫治療的應(yīng)答。（@mildbreeze）

Nature子刊：腸桿菌科富集＝更高的死亡風(fēng)險？

Nature Communications[IF:12.121]

① 納入7055名芬蘭人，中位14.8年的隨訪期間，共729名受試者死亡；② 腸道菌群的α多樣性與死亡風(fēng)險無顯著關(guān)聯(lián)，而腸道菌群的β多樣性（即總體的群落變化）與死亡風(fēng)險顯著相關(guān)；③ 一種特定的腸道菌群特征（表現(xiàn)為腸桿菌科物種的增加）與更高的全因死亡率、胃腸道疾病死亡率及呼吸道疾病死亡率相關(guān)，其與全因死亡率的關(guān)聯(lián)比收縮壓更為顯著；④ 藥物生物降解、碳水化合物代謝、脂質(zhì)代謝及傳染性疾病相關(guān)的菌群功能與全因死亡率相關(guān)。

Taxonomic signatures of cause-specific mortality risk in human gut microbiome
05-11, doi: 10.1038/s41467-021-22962-y

【主編評語】Nature Communications上發(fā)表的一項前瞻性隊列研究結(jié)果，對超過7000名芬蘭人進(jìn)行15年隨訪，發(fā)現(xiàn)腸道菌群的組成及功能與死亡率相關(guān)，尤其是腸桿菌科的富集與更高的全因死亡率、胃腸道疾病死亡率及呼吸道疾病死亡率相關(guān)。（@szx）

Cell子刊：西式飲食如何傷腸？新機(jī)制被揭示

Cell Host and Microbe[IF:15.923]

① 隊列分析表明，超重/肥胖與腸道潘氏細(xì)胞功能紊亂相關(guān)；② 在小鼠中，肥胖相關(guān)的潘氏細(xì)胞缺陷與遺傳無關(guān)，而與高脂高糖的西式飲食（WD）有關(guān)，WD喂養(yǎng)4周即可引起小鼠潘氏細(xì)胞缺陷；③ 機(jī)制上，WD使得腸道中表達(dá)BaiCD操縱子的梭菌屬細(xì)菌轉(zhuǎn)化生成更多的次級膽汁酸脫氧膽酸（DCA），DCA通過同時活化腸上皮的法尼醇X受體和1型干擾素信號通路，造成潘氏細(xì)胞缺陷。

Western diet induces Paneth cell defects through microbiome alterations and farnesoid X receptor and type I interferon activation
05-18, doi: 10.1016/j.chom.2021.04.004

【主編評語】腸道潘氏細(xì)胞是腸道先天免疫的“守門人”，其功能缺陷可引起腸道炎癥，增加發(fā)生感染和炎癥性腸?。↖BD）的風(fēng)險。Cell Host and Microbe發(fā)表的一項最新研究，揭示了促肥胖的西式飲食引起潘氏細(xì)胞缺陷的機(jī)制，闡述了腸道菌群、膽汁酸、FXR和1型干擾素信號通路在其中的作用，為理解IBD等與潘氏細(xì)胞缺陷有關(guān)的腸道疾病機(jī)理，帶來了新啟示。（@mildbreeze）

腸道菌群與鐵，脂肪肝新病理？

Microbiome[IF:11.607]

① 研究807名肥胖病患隊列，分析其菌群宏基因組、血液+尿液代謝組及肝臟轉(zhuǎn)錄組；② 發(fā)現(xiàn)血清鐵蛋白與肝臟脂肪積累、低腸道菌群豐度、組成和功能呈正相關(guān)；③ 特別是與鐵蛋白相關(guān)菌群、肝臟鐵代謝相關(guān)基因、非酒精性脂肪肝特性（脂肪酸+谷胱甘肽合成）相互關(guān)聯(lián)；④ 人原代肝細(xì)胞實驗驗證加鐵可誘導(dǎo)甘油三酯積累，并和棕櫚酸協(xié)同誘導(dǎo)脂質(zhì)和鐵代謝基因表達(dá)；⑤ 糞菌移植“高鐵蛋白”供體菌群，受體小鼠呈現(xiàn)鐵代謝和脂肪酸積累相關(guān)基因改變。

Iron status influences non-alcoholic fatty liver disease in obesity through the gut microbiome
05-07, doi: 10.1186/s40168-021-01052-7

【主編評語】Microbiome最近發(fā)表的文章，采用多組學(xué)整合分析，隊列研究結(jié)合體外實驗及小鼠模型，揭示菌群-鐵-肝脂肪軸在肥胖患者非酒精性脂肪肝疾病中的互作，或可提供相關(guān)治療的潛在靶點。（@solo）

Nature Reviews: 非酒精性脂肪肝與2型糖尿病存在因果關(guān)聯(lián)？?。ňC述）

Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:29.848]

① 薈萃分析表明不管是否肥胖或患其它代謝疾病，非酒精性脂肪肝（NAFLD）或可造成2型糖尿?。═2DM）患病風(fēng)險加倍；② 肝纖維化晚期患者患T2DM的風(fēng)險增加，NAFLD的改善與糖尿病風(fēng)險降低相關(guān)；③ NAFLD加劇肝和外周胰島素抵抗，易致動脈粥樣硬化性血脂異常，引起促炎性細(xì)胞因子和肝因子的全身性釋放，促進(jìn)T2DM的發(fā)展；④ 抗高血糖藥對NAFLD具一定療效，多種用于NAFLD治療的化合物，如膽汁酸和脂質(zhì)代謝調(diào)節(jié)劑，正在進(jìn)行II期和III期隨機(jī)對照試驗。

The complex link between NAFLD and type 2 diabetes mellitus — mechanisms and treatments
05-10, doi: 10.1038/s41575-021-00448-y

【主編評語】Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology近期發(fā)表的綜述，提出非酒精性脂肪肝（NAFLD）與2型糖尿病（T2DM）協(xié)同共存，并互相促進(jìn)其風(fēng)險和臨床副作用。二者之間的關(guān)系比人們已知的更加復(fù)雜。綜述提出，理想的治療NAFLD的新藥，應(yīng)該同時減輕肝臟癥狀，并可防治T2DM 及其他心血管病癥。（@solo）

減肥新藥物：靶向外周特異性Y1受體

Nature Communications[IF:12.121]

① 不可滲透腦的拮抗劑BIBO3304選擇性拮抗外周Y1受體(Y1R)，引起能量消耗增強而脂肪質(zhì)量減少，顯著降低高脂喂養(yǎng)小鼠的體重增加；② BIBO3304在小鼠體內(nèi)和人體脂肪細(xì)胞體外干預(yù)可能通過cAMP-CREB和MAPK-ERK信號通路引起UCP1升高，致使棕色脂肪組織(BAT)生熱作用增強，白色脂肪組織也發(fā)生了廣泛褐變；③ 選擇性消融小鼠脂肪細(xì)胞的Y1R可防止小鼠的飲食性肥胖；④ 外周特定Y1R拮抗作用還可以通過抑制小鼠BAT中促進(jìn)p-Akt活性改善葡萄糖穩(wěn)態(tài)。

Peripheral-specific Y1 receptor antagonism increases thermogenesis and protects against diet-induced obesity
05-11, doi: 10.1038/s41467-021-22925-3

【主編評語】促進(jìn)脂肪能量的消耗是減肥的重要措施之一。本文探究了可以靶向抑制Y1R活性的化合物BIBO3304對于膳食誘導(dǎo)小鼠脂肪代謝的作用。研究結(jié)果顯示，BIBO3304可以通過刺激脂肪組織中UCP1的表達(dá)，從而促進(jìn)脂肪“燃燒”產(chǎn)熱，降低機(jī)體脂肪含量，達(dá)到減肥目的。并且，其靶向Y1R的機(jī)理經(jīng)過了初步驗證。（@兵兵）

劉星吟團(tuán)隊：新的鑒定和量化菌群關(guān)系變化的分析框架—PM2RA

Genomics, Proteomics and Bioinformatics[IF:7.051]

① PM2RA在識別來自不同隊列和不同測序策略數(shù)據(jù)集中核心微生物方面具有很強的魯棒性；② PM2RA具有很高的敏感性和特異性，并且能夠識別多種疾病中的既往微生物和新微生物；③ PM2RA對涉及多種微生物的關(guān)系變化(RA)進(jìn)行定量分析的能力使其適用于亞群落中RAs的鑒定；④ 與傳統(tǒng)的鑒定RA網(wǎng)絡(luò)的方法相比，PM2RA不需要對參與比較的兩種狀態(tài)分別構(gòu)建共現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)；⑤ 基于PM2RA 的Hoteling T2統(tǒng)計量轉(zhuǎn)換的隨機(jī)森林模型顯著優(yōu)于基于微生物豐度的模型預(yù)測。

PM2RA: A Framework for Detecting and Quantifying Relationship Alterations in Microbial Community
02-11, doi: 10.1016/j.gpb.2020.07.005

【主編評語】2021年2月11日，南京醫(yī)科大學(xué)劉星吟教授課題組在Genomics, Proteomics & Bioinformatics雜志上在線發(fā)表了文章，借鑒工業(yè)領(lǐng)域監(jiān)測變量之間關(guān)系一致性的方法，提出了一個鑒定和量化菌群關(guān)系變化的分析框架（PM2RA），以檢測和量化各種條件下菌群中的關(guān)系變化。PM2RA無需構(gòu)建共現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)，可直接比較不同條件下菌群關(guān)聯(lián)的變化。為了方便臨床醫(yī)生以及沒有生信基礎(chǔ)的科研人員使用該軟件進(jìn)行兩種狀態(tài)下菌群關(guān)系的變化分析，PM2RA提供在線分析工具及單機(jī)版軟件http://www./。（@劉永鑫-中科院-宏基因組）

宏基因組分析揭示母嬰菌群特征

Gut Microbes[IF:7.74]

① 納入376對母嬰對，觀察到母體腸道中菌種和菌株具有更高的多樣性；② 至少有一對母子中有290個共享物種，且隨著嬰兒年齡的增長，共享物種的數(shù)量增加；③ 分娩方式和喂養(yǎng)方式會影響母嬰共享物種和菌株種類；④ 與其他來源的菌群相比，母體來源菌群在嬰兒體內(nèi)表現(xiàn)出相似的菌株異質(zhì)性，代謝功能更強，表明共享和非共享菌群在早期腸道微生物群落中具有相當(dāng)?shù)姆€(wěn)定性和適應(yīng)度；⑤ 預(yù)測模型在嬰兒中共享物種和菌株的發(fā)生率方面顯示出中等的準(zhǔn)確性。

Metagenomic analysis of mother-infant gut microbiome reveals global distinct and shared microbial signatures
05-07, doi: 10.1080/19490976.2021.1911571

【主編評語】研究表明，母體微生物群是嬰兒體內(nèi)先鋒細(xì)菌的重要來源之一。然而，母嬰腸道菌群在不同分類和代謝功能下的整體差異和相同特征，以及基于配對母親腸道菌群預(yù)測嬰幼兒腸道菌群的潛力尚不清楚。Gut Microbes最近發(fā)表的文章，納入376對母嬰，收集包括468份從懷孕、分娩到產(chǎn)后的母親糞便樣本，以及1024份從出生到1歲的嬰兒糞便樣本，進(jìn)行宏基因組分析。目的是研究（1）母嬰腸道微生物組成、菌株異質(zhì)性和代謝功能差異；（2）母嬰微生物共享生物標(biāo)志物；（3）菌株水平上的母嬰微生物垂直傳播；（4）孕婦特征對嬰兒腸道微生物群的影響；（5）臨床混雜因素，尤其早期分娩方式和喂養(yǎng)方式對共享物種和毒株影響；（6）利用基于母體腸道菌群的不同機(jī)器學(xué)習(xí)算法，預(yù)測母嬰共享物種和菌株在嬰兒中的發(fā)生率。研究結(jié)果揭示了從物種、菌株到代謝功能水平的母嬰微生物特征。這一發(fā)現(xiàn)或為未來的母嬰腸道菌群研究奠定基礎(chǔ)。（@nana）

脊髓損傷改變小鼠腸道細(xì)菌及病毒的組成及功能

mSystems[IF:6.633]

① T4胸椎或T10胸椎損傷分別完全或部分破壞小鼠的腸道交感神經(jīng)緊張；② 脊髓損傷降低了小鼠腸道菌群中部分有益共生菌（約氏乳桿菌及CAG-1031）的相對豐度，增加了部分潛在致病菌（Weissella cibaria、乳酸乳球菌_A、多形擬桿菌）的相對豐度；③ 編碼色氨酸、維生素B6及葉酸的生物合成基因（中樞神經(jīng)系統(tǒng)功能的必需通路）在脊髓損傷后減少；④ 另外，脊髓損傷減少了部分有益共生菌的噬菌體，增加了部分潛在致病菌的噬菌體。

Spinal Cord Injury Changes the Structure and Functional Potential of Gut Bacterial and Viral Communities
05-11, doi: 10.1128/mSystems.01356-20

【主編評語】來自mSystems上發(fā)表的一項最新研究發(fā)現(xiàn)，脊髓損傷可能通過影響腸道交感神經(jīng)，改變小鼠的腸道細(xì)菌及病毒的組成及功能。（@szx）