解螺旋公眾號(hào)·陪伴你科研的第1828天

上期給大家介紹了用starBase研究miRNA與mRNA之間的interaction （點(diǎn)這里可看），這期給大家介紹用它來尋找miRNA與包括lncRNA、circRNA、sncRNA、假基因在內(nèi)的非編碼RNA之間的interaction。

進(jìn)入網(wǎng)站 http://starbase./index.php 后，點(diǎn)擊方框內(nèi)的“miRNA-Target”可看到箭頭所示的選項(xiàng)，根據(jù)你的目標(biāo)點(diǎn)擊，在此需要說明的是：miRNA-lncRNA、miRNA-circRNA、miRNA-pseudogene、miRNA-sncRNA四種類型的interaction檢索操作方法是一樣的。

以下主要以miRNA-lncRNA為例進(jìn)行講解：

左邊的條件篩選框使用方法跟上期介紹的一樣，在此只提醒大家一個(gè)篩選時(shí)候的嚴(yán)格度問題。

搜索時(shí)，主要是右邊的結(jié)果展示內(nèi)容存在差異，主要是因?yàn)?/span>starBase中miRNA-lncRNA的interaction是使用miRanda進(jìn)行預(yù)測(cè)的，也就是只有一個(gè)軟件的預(yù)測(cè)結(jié)果。

檢索結(jié)果如下圖所示：

點(diǎn)擊” ENSG00000226029”，可跳轉(zhuǎn)至如下網(wǎng)站以便于查看具體信息：

點(diǎn)擊“LINC01772”，可查看具體結(jié)合信息

點(diǎn)擊“chr1:16787797-16787817[+]”，可跳轉(zhuǎn)至UCSC查看在基因組上的具體信息：

當(dāng)使用“miRNA-circRNA”功能時(shí)，不同的主要是如下圖所示，跳轉(zhuǎn)的目標(biāo)網(wǎng)站不一樣，這個(gè)工具真是萬能啊啊啊。

跳轉(zhuǎn)后的界面如下：

關(guān)于miRNA與非編碼RNA的interaction檢索方法就到這里了，部分功能使用方法如上期介紹的一樣，大家可以翻回去學(xué)習(xí)，多使用點(diǎn)擊幾次就熟悉啦，祝大家都能找到好結(jié)果！

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