starBase（網(wǎng)址：http://starbase./）由中山大學(xué)團隊開發(fā)，用來研究由大規(guī)模 CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH) 產(chǎn)生的lncRNA, miRNA, ceRNA, RNA-bingding protein 和mRNA互作網(wǎng)絡(luò)的數(shù)據(jù)庫，其中的數(shù)據(jù)包含了14中tumor samples，超過了6000個樣本。starBase也可以用來研究Protein-RNA，miRNA-target interactions (protein-lncRNA, protein-sncRNA, protein-mRNA, protein-pseudogene, miRNA-lncRNA, miRNA-mRNA, miRNA-circRNA, miRNA-pseudogene, miRNA-sncRNA interactions and ceRNA networks等)。starBase也可以用來預(yù)測ncRNA和protein-coding gene的功能。

StarBase是做lncRNA, circRNA, microRNA等研究常用的強大數(shù)據(jù)庫，作用包括以下4點：
一、根據(jù)microRNA找非編碼RNA（lncRNA，circRNA，psuedogene, sncRNA）二、根據(jù)microRNA找mRNA靶點三、查找ceRNA調(diào)控分子四、查找RNA的結(jié)合蛋白

一、根據(jù)microRNA找非編碼RNA

這里以CircRNA為例，選擇物種類群（mammal or worm）, genome, assembly, 以及嚴謹度（low, medium, high, and very high），最后可以輸入CircRNA的名字，點擊search。

這里我把CircRNA留白，直接搜索，可以看到一共有137316個條目，可以點擊旁邊的export導(dǎo)出：

點擊Targetsite

可以看到詳細信息：

二、根據(jù)microRNA找mRNA靶點

以miRNA-mRNA interactions為例，可以默認下面的選項，點擊搜索

可以看到一共條目數(shù)：423975，點擊DEK基因的CancerNum

可以看到hsa-miR-200b-3p與14中cancer type的相關(guān)性等詳細信息

三、查找ceRNA調(diào)控分子

以抑癌基因tp53為例

點擊FZD4(protein_coding)還可以鏈接到NCBI的數(shù)據(jù)庫

四、查找RNA的結(jié)合蛋白

以protein-lncRNA互作為例，搜索MALAT1

可以得到30個結(jié)果，點擊PTB基因的cancerNum

可以看到PTB-MALAT1互作在不同cancer type中的相關(guān)性和顯著性。