|
“胡，starbase是干嘛的？” “不就是預(yù)測(cè)miRNA與mRNA結(jié)合的數(shù)據(jù)庫嘛?！?/p> “還有呢？” “。。。。。。” 相信大家都聽說過starbase，很火，是的，連實(shí)驗(yàn)外包公司都用它，能不火嘛！但是你對(duì)它真正了解多少呢？好啦，下面我們就來系統(tǒng)的介紹一下它。首先，官網(wǎng)地址要知道：http://starbase./ starbase是從高通量的CLIP-Seq實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和降解組實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)中搜尋micorRNA靶標(biāo)，提供了各式各樣的可視化界面去探討microRNA的靶標(biāo)，包含了miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-circRNA、miRNA-ceRNA和RNA-protein等的調(diào)控關(guān)系?？偠灾摂?shù)據(jù)庫從多維測(cè)序數(shù)據(jù)中識(shí)別出超過110萬個(gè)miRNA-ncRNA，250萬個(gè)miRNA-mRNA，210萬個(gè)RBP-RNA和150萬個(gè)RNA-RNA相互作用，它還提供了進(jìn)行miRNA，lncRNA，假基因和mRNA的存活和差異表達(dá)分析的平臺(tái)。 根據(jù)官網(wǎng)地址，打開后主頁面如下： 根據(jù)其菜單欄模塊多少就能知道該數(shù)據(jù)庫內(nèi)容極其豐富 1. miRNA-Target 預(yù)測(cè)miRNA的靶基因。該模塊提供miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-pseudogene、miRNA-circRNA和miRNA-sncRNA的相互作用網(wǎng)絡(luò)，這里我們以miRNA-mRNA為例，展示如何根據(jù)特定的miRNA預(yù)測(cè)與其結(jié)合的mRNA，具體操作如下圖所示。 以hsa-let-7a-5p為例，通過左側(cè)面板進(jìn)行具體設(shè)置。比如我們搜索人體內(nèi)該miRNA的結(jié)合靶標(biāo)時(shí)，進(jìn)行如下設(shè)置即可。其中mammal代表哺乳動(dòng)物，CLIP Data可以調(diào)整支持CLIP-seq實(shí)驗(yàn)的次數(shù)以控制預(yù)測(cè)的嚴(yán)格性，Program Number選擇實(shí)驗(yàn)數(shù)目，Predicted Program可以選擇使用哪些預(yù)測(cè)軟件來進(jìn)行預(yù)測(cè)： 提交后結(jié)果如下： 點(diǎn)擊上圖基因NAP1L1所在行TargetScan列的 點(diǎn)擊AgoExpNum處的52，可以看到測(cè)序類型、來源及參考等信息。 接下來我們可以點(diǎn)擊基因GNG5所在行的Pan-Cancer所在列的數(shù)字6 可以發(fā)現(xiàn)has-let-7a-5p與靶基因GNG5在6個(gè)腫瘤疾病中呈負(fù)相關(guān)性。
當(dāng)我們想知道某一miRNA是否和某一具體mRNA是否有結(jié)合時(shí)，可以同時(shí)輸入miRNA和mRNA信息，如下圖，提交即可
下圖可以看到hsa-let-7a-5p與ACTB存在結(jié)合位點(diǎn)，但只有軟件microT證實(shí)。
當(dāng)然，我們也可以根據(jù)某一特定mRNA來預(yù)測(cè)與其結(jié)合的miRNA，如圖所示，輸入過程同上，只是microRNA一欄空置不要輸入，結(jié)果如下，紅色方框即為與目的基因ACTB結(jié)合的所有miRNA。
2. Degradome-RNA 提供了一種分析RNA降解模式的綜合方法，針對(duì)miRNA介導(dǎo)的降解片段進(jìn)行測(cè)序，篩選鑒定miRNA調(diào)控的靶基因，準(zhǔn)確性更高。包含2個(gè)子模塊，即miRNA-mRNA和miRNA-ncRNA。這里我們以miRNA-mRNA為例，分析miRNA定向切割的靶標(biāo)。 具體操作方法如1，這里我們以hsa-let-7a-2-3p為例，進(jìn)行后續(xù)分析。提交后結(jié)果如下：
以基因PTMA所在行為例，點(diǎn)擊GeneID列的 ENSG00000187514，可以鏈接至基因PTMA的ENSEMBL數(shù)據(jù)庫。點(diǎn)擊CleaveEventNum列的數(shù)字2，可以顯示hsa-let-7a-2-3p切割PTMA的2個(gè)具體位點(diǎn)。
點(diǎn)擊CleaveExpNum的數(shù)字4，發(fā)現(xiàn)有4項(xiàng)證據(jù)證明hsa-let-7a-2-3p在chr2:232576622-232576622[+]處切割，圖中可以看到該結(jié)論在同一項(xiàng)研究?jī)?nèi)的HeLa細(xì)胞和K562細(xì)胞均被證實(shí)。
3. RNA-RNA 可全面預(yù)測(cè)候選ncRNA及其靶標(biāo)之間的RNA-RNA相互作用。主要包括sncRNA-RNA 、lncRNA-RNA、mRNA-RNA、pseudogene-RNA及miRNA-RNA5個(gè)模塊。具體方法如1，按需輸入即可。 4. ceRNA-Network 該模塊提供3個(gè)子模塊，即mRNA-ceRNA、lncRNA-ceRNA和pseudogene-ceRNA。分別用于通過競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合microRNA來可視化mRNA，lncRNA，轉(zhuǎn)錄的假基因及其親本基因之間的串?dāng)_。 5. RBP-Target 該模塊為目前可用的各種細(xì)胞類型提供了最完整的RBP-ncRNA相互作用。該模塊有5個(gè)子模塊，包括RBP-mRNA、RBP-lncRNA、RBP-pseudogene、RBP-circRNA 及RBP-sncRNA。結(jié)合shRNA篩選數(shù)據(jù)和確切的RBP-RNA相互作用，我們系統(tǒng)地探索了K562和HepG2細(xì)胞系中敲除RBP時(shí)RBP靶標(biāo)的反應(yīng)。以RBP-mRNA相互作用為例，探索一下有多少RBP可以調(diào)節(jié)mRNA-TP53。具體操作同上，均是點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)，只不過我們這里“RBP” 參數(shù)下輸入“all”，“target”參數(shù)下輸入“TP53”，然后提交即可。具體結(jié)果解釋同上。 好啦，今天就先介紹到這里。其實(shí)這個(gè)數(shù)據(jù)庫整體操作起來并不難，當(dāng)我們不明白具體什么意思時(shí)盡可以點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)，放心，電腦不會(huì)壞 |
|
|
