【原】只要不實(shí)驗(yàn)，一分也是愛

解螺旋 2020-08-27

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作者：Lucky King

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長(zhǎng)鏈非編碼RNA SNHG6可作為肝細(xì)胞癌潛在生物標(biāo)志物

（回復(fù)170711可下載，一周有效）

長(zhǎng)鏈非編碼RNA（lncRNA）的表達(dá)改變可能參與癌癥過程。通過對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)中不同lncRNA表達(dá)的系統(tǒng)分析，試圖找到肝細(xì)胞癌標(biāo)志物，對(duì)HCC患者進(jìn)行早期診斷。

看下Results：

LncRNA在惡性肝腫瘤中具有重要潛在作用

作者從 cBioPortal （http://www.）獲取數(shù)據(jù)，檢測(cè)其感興趣的lncRNA，發(fā)現(xiàn)沒有發(fā)生突變，但是在其中一個(gè)患者中發(fā)現(xiàn)67（67/189）個(gè)lncRNA的拷貝數(shù)發(fā)生了改變。Top6：其中CASC8、PCAT1、PVT1、CCAT1、FALEC、GAS5六種LncRNA基因拷貝數(shù)改變超過10％（Fig.1）；

373例HCC患者中，有60個(gè)lncRNAs表達(dá)模式發(fā)生了改變。原始數(shù)據(jù)來(lái)自cBioPortal，進(jìn)行R分析（Fig.2）；

Top3：SNHG6、PVT1、GAS5是373個(gè)HCC樣品中異常表達(dá)最高的lncRNA，分析由R統(tǒng)計(jì)軟件完成，原始數(shù)據(jù)來(lái)自cBioPortal（Fig.3）；

選擇了SNHG6、PVT1、GAS5進(jìn)一步分析，因?yàn)槠銫NV（基因拷貝數(shù)變異）和RNA失調(diào)均高于其他lncRNA。

在189個(gè)lncRNA中，總體來(lái)看SNHG6的改變量最高，無(wú)論是在基因組水平還是轉(zhuǎn)錄水平。所以選擇SNHG6作為主要對(duì)象。

在接下來(lái)的步驟中，稱這些患者為“目標(biāo)樣本”。在該組中計(jì)算出，每對(duì)基因座不同遺傳變異的共生情況（表1）。

SNHG6、PVT1、GAS5在腫瘤和正常組織之間差異表達(dá)

與正常對(duì)照組相比：SNHG6、PVT1、GAS5在肝細(xì)胞癌中顯著上調(diào)（Fig.4）;

此外，oncomine證實(shí)了這些lncRNA在癌組織和正常組織之間的差異性表達(dá)（表2）。

SNHG6過表達(dá)是肝細(xì)胞癌患者生存率降低的新指標(biāo)

肝細(xì)胞癌中，SNHG6過表達(dá)的病例，其生存期中位數(shù)降低至19.74個(gè)月，而其他病例則超過48.95個(gè)月（Fig.5a）。

根據(jù)年齡對(duì)樣本進(jìn)行分組（G1-2和G3-4分別為綠色和紅色條）。雖然PVT1和GAS5的價(jià)值并不顯著，但lncRNA與HCC臨床病理參數(shù)的相關(guān)性研究表明，三種基因（SNHG6、PVT1、GAS5）在高年齡HCC樣本中表達(dá)量顯著高于低年齡組樣本（Fig.5 b）；

SNHG6、PVT1、GAS5與人類其他癌癥進(jìn)展的關(guān)系

對(duì)這三種LncRNA，在不同腫瘤中的表達(dá)進(jìn)行評(píng)估。主要從兩個(gè)層面評(píng)價(jià)：一，在病人中出現(xiàn)的頻率；二，它們之間的相關(guān)性。與PVT1和GAS5比較，SNHG6在這兩個(gè)層面均比較好。因此，作者認(rèn)為SNHG6是肝細(xì)胞癌潛在的生物標(biāo)志物。而PVT1和GAS5可作為其他癌癥標(biāo)志物，如子宮肉瘤（Fig.6）。