1901年光緒二十六年，八國聯(lián)軍同清政府簽訂“辛丑條約”后。英國人自行將京奉鐵路從永定門天壇延長至正陽門甕城東側(cè)，并在附近建設(shè)車站。在這期間他們改造了崇文門甕城。

雖然1897年修建的馬家堡火車站已經(jīng)離南城很近，但外國人還是覺得到北京過于不不便，于是在1900年在永定門城門西側(cè)城墻開豁口把鐵路引入到了南城城墻內(nèi)，并修筑了天壇火車站；天壇當(dāng)時是英國的兵營，火車站設(shè)在這里運輸物資比較方便。

那時的天壇火車站非常簡陋，幾乎沒有配套建筑，只有一個水泥牌上面標(biāo)注“天壇火車站”。天壇火車站雖然以及進入了北京城區(qū)，但距離東郊民巷還是有一段距離，仍讓外國人感到不方便，于是再1901年再次改動

這次改動比較大，放棄了從永定門進入外城，而是在天壇東側(cè)城墻處重新在城墻開豁口，從馬家堡單獨鋪設(shè)鐵軌，穿過天壇東側(cè)的外城城墻豁口，

從南城東南角人煙稀少的地段通過，一直繞到內(nèi)城東南角樓，鐵軌向西拐，跨過護城河，延城墻平行鋪設(shè)直接通往崇文門甕城。在甕城倆側(cè)開洞，鐵路穿過甕城，一直到達終點，正陽門甕城東側(cè)。

因為當(dāng)時的崇文門甕城雖然箭樓被焚毀，但整體結(jié)構(gòu)確沒有缺失；只有一個西閘樓供來往行人出入，但鋪設(shè)鐵道后，甕城東側(cè)城墻開洞，西側(cè)閘樓擴大，于是崇文門甕城就沒有出口，只能在甕城南側(cè)破損的箭樓正中開一個南向的門洞作為出口，該出口模仿正陽門箭樓而建，打破了北京內(nèi)城城門甕城只有正陽門有南出口的規(guī)制，從此內(nèi)城城墻的防御功能被徹底打破。英國人還在崇文門的設(shè)立鐵道道口欄桿，設(shè)專人管理，避免行人干擾火車運行。。

英國這樣設(shè)計即避免了原有天壇鐵軌向北延伸，穿過南城正陽門外的鬧市，會遇到的諸多拆遷問題，又避免了在北京中軸線上直通地鐵，破壞國人對風(fēng)水追求。而改動已經(jīng)破碎的崇文門城樓，當(dāng)時清政府又已經(jīng)沒有能力干涉了，緊鄰城墻鋪軌，讓鐵軌承直線，火車的行駛速度和鋪軌施工都有保障。

后來為了進一步方便使館區(qū)人員乘坐火車，在內(nèi)城城墻水關(guān)處單開一行人出入的門，后來被人俗成為“水關(guān)門”；該門供外國人從正陽門火車站下車后進直接入使館區(qū)，避免和百姓一樣走正陽門甕城進入內(nèi)城，穿過擁擠的商業(yè)區(qū)。這樣使東交民巷使館區(qū)有了獨立的門戶，并且有了更便捷的出入方式。保障了使館區(qū)物資和人員的運輸。

這樣1901年中旬，崇文門甕城改造正式開始，幾百年來作為皇權(quán)象征的北京內(nèi)城城墻從此不再完整。