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有很多朋友做SNP和microRNA研究，那么如果想往lncRNA方向轉(zhuǎn)，應(yīng)該怎么過(guò)渡呢？關(guān)于SNP，miRNA和lncRNA，相信大家都有一定了解了，那么怎么把這三者結(jié)合起來(lái)呢？ 在前面文章（策略篇）S4E20：一篇22分的NG教你如何設(shè)計(jì)課題中，我們介紹過(guò)一篇Nature Genetics 的文章：Pancreatic cancer risk variant in LINC00673 creates a miR-1231 binding site and interferes with PTPN11 degradation.Nat Genet（IF 29.3），說(shuō)的是lncRNA LINC00673中定位于17q24.3區(qū)域，其中SNP位點(diǎn)rs1111655237定位于LINC00673四號(hào)外顯子，使得LINC00673存在G和A兩個(gè)亞型，LINC00673[A]亞型被miR-1231識(shí)別和下調(diào)，而LINC00673[G]亞型結(jié)合泛素化酶 PRPF19和PTPN11，促進(jìn)PTPN11的泛素化和降解，阻斷促癌SRC-ERK通路和激活STAT1介導(dǎo)的抑癌通路。 
上面這篇文章比較復(fù)雜高冷，在介紹一篇5分的文章以前，我們先看SNP與miRNA、lncRNA結(jié)合的基金： 炎癥相關(guān)miRNA基因多態(tài)性與缺血性腦卒中的關(guān)系及機(jī)制研究 2016 miRNA及其基因多態(tài)性與脫髓鞘性視神經(jīng)炎在新疆維漢患者發(fā)病中免疫調(diào)節(jié)作用及遺傳機(jī)制的研究 2016 還原性葉酸載體miRNA靶序列基因多態(tài)性對(duì)甲氨蝶呤化療反應(yīng)的影響及其分子機(jī)制研究 2016 癌基因FNDC3B的3’UTR長(zhǎng)度多態(tài)性介導(dǎo)miRNA調(diào)控鼻咽癌轉(zhuǎn)移機(jī)制的研究 2016 長(zhǎng)鏈非編碼基因多態(tài)性與煤工塵肺易感性及其分子機(jī)制研究 2016 山東籍漢族人群MiRNA及其靶基因多態(tài)性與重性抑郁癥關(guān)系的病例對(duì)照及家系研究 2016 BER通路基因miRNA結(jié)合位點(diǎn)基因多態(tài)性與結(jié)直腸癌易感性的關(guān)聯(lián)及功能研究 2015 miRNA基因多態(tài)性對(duì)環(huán)磷酰胺代謝個(gè)體差異的功能研究 2015 microRNA基因及其靶位點(diǎn)的遺傳多態(tài)性與苯接觸工人遺傳損傷的關(guān)聯(lián) 2015 MicroRNA靶向SIRT2對(duì)α-突觸核蛋白聚集狀態(tài)的影響及其靶點(diǎn)多態(tài)性與帕金森病的關(guān)聯(lián)研究 2015 MiRNA多態(tài)性與復(fù)發(fā)性流產(chǎn)發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)的關(guān)系及機(jī)制研究 2014 血清miRNA表達(dá)譜和miRNA基因及其靶位點(diǎn)多態(tài)性與阿爾茨海默病的關(guān)系研究 2014 MicroRNA表達(dá)水平及相關(guān)基因多態(tài)性對(duì)拉莫三嗪體內(nèi)代謝影響的研究 2014 TLR2通路microRNA結(jié)合位點(diǎn)SNP與哮喘易感關(guān)系研究 2014 microRNA介導(dǎo)TNF-α基因SNP在PCOS胰島素抵抗中的機(jī)制 2014 細(xì)胞增殖通路中miRNA及其作用靶點(diǎn)的基因多態(tài)性與結(jié)直腸癌遺傳易感性的流行病學(xué)研究 2014 MRP1/ABCC1基因3' UTR單核苷酸多態(tài)性介導(dǎo)miRNA對(duì)原發(fā)性肝癌多藥耐藥性的影響 2014 microRNA基因SNP對(duì)非小細(xì)胞肺癌預(yù)后及調(diào)控功能研究 2013 microRNA單核苷酸多態(tài)性與新疆哈薩克族人群食管癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)性及其機(jī)制研究 2013 TRIOBP基因miRNA結(jié)合位點(diǎn)SNP對(duì)職業(yè)噪聲性聽(tīng)力損失易感性的作用研究 2013 microRNA表達(dá)水平及相關(guān)基因多態(tài)性對(duì)腎移植病人環(huán)孢素A濃度的影響 2013 肺癌干細(xì)胞標(biāo)志基因microRNA結(jié)合位點(diǎn)SNP的篩選與功能研究 2013 HRR通路miRNA及其靶序列SNP與乳腺癌遺傳易感性關(guān)聯(lián)分析及功能論證 2013 MicroRNA-34b/c基因啟動(dòng)子區(qū)多態(tài)性及其甲基化與腎癌遺傳易感性及其機(jī)制研究 2013 糖尿病易感基因的microRNA結(jié)合位點(diǎn)多態(tài)性與妊娠期糖尿病發(fā)病關(guān)系研究 2013 乳腺癌相關(guān)miRNA及其靶位點(diǎn)多態(tài)性研究 2013 延邊地區(qū)人群葉酸代謝酶基因多態(tài)性檢測(cè)及其靶向miRNA對(duì)缺血性卒中易感性的調(diào)控作用 2013 長(zhǎng)鏈非編碼RNA-CACS2及其啟動(dòng)子區(qū)多態(tài)性與結(jié)直腸癌發(fā)生發(fā)展的相關(guān)性及作用機(jī)制研究 2013 候選miRNA相關(guān)多態(tài)性與骨質(zhì)疏松癥的遺傳關(guān)聯(lián)研究 2012 MicroRNA對(duì)羧基還原酶1轉(zhuǎn)錄后調(diào)控及3'-非翻譯區(qū)基因多態(tài)性對(duì)調(diào)控的影響 2012 microRNA基因單核苷酸多態(tài)性與肺癌遺傳易感性的分子流行病學(xué)研究 2012 FGF基因家族microRNA結(jié)合位點(diǎn)多態(tài)性與非綜合征型唇腭裂易感性及其機(jī)制研究 2012 全基因組micro-RNA種子區(qū)結(jié)合序列SNP標(biāo)志體系與乳腺癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)的關(guān)聯(lián)及相關(guān)功能研究 2012 rs7205289位點(diǎn)多態(tài)性與吸煙相互作用對(duì)唇腭裂致病微小RNA(miRNA-140)成熟的影響 2011 miRNA靶位點(diǎn)遺傳多態(tài)性調(diào)控骨質(zhì)疏松機(jī)理研究 2011 miRNA靶基因3'UTR內(nèi)SNP對(duì)結(jié)直腸癌發(fā)病的影響及其后續(xù)功能分析 2010 MicroRNA的基因多態(tài)性與肝癌遺傳易感性的關(guān)聯(lián)研究 2010 Hoxb5基因microRNA結(jié)合位點(diǎn)單核苷酸多態(tài)性影響膀胱癌患病風(fēng)險(xiǎn)分子機(jī)制研究 2010 VEGF基因3'UTR區(qū)基因多態(tài)性和相關(guān)microRNA在肺癌中的作用研究2010 microRNA結(jié)合位點(diǎn)多態(tài)性與散發(fā)性食管癌易感性的研究 2010
一共檢索到40項(xiàng)，其中lncRNA與SNP為主題的只有5和28兩項(xiàng)，SNP與microRNA相關(guān)的有38項(xiàng)，大多數(shù)研究分為兩類(lèi)：microRNA本身的SNP（比如啟動(dòng)子區(qū)域的多態(tài)性）和靶基因的SNP（比如3‘UTR區(qū)多態(tài)性），分別影響microRNA的表達(dá)和對(duì)靶基因的調(diào)控。尚未查到基金將SNP，microRNA和lncRNA三者結(jié)合起來(lái)研究。 下面，我們看這篇文章如何聯(lián)系SNP，microRNA和lncRNA：
A functional polymorphism in lnc-LAMC2-1:1 confers risk of colorectal cancer by affecting miRNA binding.Carcinogenesis（IF 4.8）. 2016 May;
（文章下載鏈接：http://pan.baidu.com/s/1eSLl5V8 密碼：paxk） 文章思路： 1. 先通過(guò)GWAS和lncRNASNP數(shù)據(jù)庫(kù)查詢(xún)，找到8個(gè)可能影響microRNA和lncRNA結(jié)合的結(jié)直腸癌風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)； 
2. 然后分兩部分進(jìn)行對(duì)照驗(yàn)證研究（兩組Case-Control分別為875,855例和768,768例），以分析SNP位點(diǎn)與CRC風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)性，結(jié)果發(fā)現(xiàn)SNP位點(diǎn)rs2147578 CG/GG基因型與CC基因型相比預(yù)示結(jié)腸癌發(fā)病高風(fēng)險(xiǎn)；從此選擇rs2147578作為研究對(duì)象； 
3. rs2147578位于lnc-LAMC2-1:1 的外顯子區(qū)，而這個(gè)位點(diǎn)作為miR-128-3p結(jié)合lnc-LAMC2-1:1 的區(qū)域，CG/GG與CC基因型相比，miR-128-3p結(jié)合lnc-LAMC2-1:1 的能力變?nèi)?，因此考慮到miR-128-3p對(duì)lnc-LAMC2-1:1 的下調(diào)作用，CG/GG亞型lnc-LAMC2-1:1 表達(dá)上調(diào)；
4. 通過(guò)eQTL（表達(dá)數(shù)量性狀）分析發(fā)現(xiàn)rs2147578的基因型與周?chē)阎┗?/span>因LAMC2表達(dá)顯著相關(guān)。
總體來(lái)看，實(shí)際上作者講了這樣一個(gè)故事： 
SNP位點(diǎn)rs2147578的不同基因型通過(guò)影響miR-128-3p對(duì)lnc-LAMC2-1:1 的結(jié)合與調(diào)控能力，影響lnc-LAMC2-1:1 的表達(dá)，可能通過(guò)對(duì)癌基因LAMC2的表達(dá)進(jìn)行調(diào)控參與結(jié)直腸癌發(fā)生。
最后，這篇文章來(lái)看，我們有一些材料和方法可以用： 1. 一個(gè)新的課題方向：lnc-LAMC2-1:1 是一條新的lncRNA哦，lnc-LAMC2-1:1 與附近癌基因LAMC2的關(guān)系也不知道，所以這個(gè)方向：lnc-LAMC2-1:1 在結(jié)直腸癌中的功能以及對(duì)癌基因LAMC2調(diào)控方式的研究作為福利告訴大家哦。
2. 從基金來(lái)看，SNP，microRNA和lncRNA三者結(jié)合的項(xiàng)目還沒(méi)有，單獨(dú)lncRNA與SNP的項(xiàng)目也只有兩項(xiàng)，還是一片藍(lán)海，這是第二個(gè)福利。在microRNA與SNP結(jié)合的兩種模式（microRNA本身的SNP和靶基因的SNP）中，這篇文章是第二種模式：microRNA與靶基因位點(diǎn)多態(tài)性的一個(gè)案例，只不過(guò)這里的靶基因是lncRNA而已，文章開(kāi)頭提起的Nature Genetics雜志介紹過(guò)的LINC00673也是這種模式，文章的難度對(duì)應(yīng)不同基金申請(qǐng)的層次，大家自己拿來(lái)用哦。
3. 查詢(xún)SNP與lncRNA關(guān)系的數(shù)據(jù)庫(kù)：lncRNASNP數(shù)據(jù)庫(kù) 
網(wǎng)址：http://bioinfo.life./lncRNASNP/
That’s all. Thank you!
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