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今天給大家分享一下怎么利用R來進行多序列比對，并進行可視化。我們利用多個物種的PAH基因?qū)?yīng)的蛋白序列進行演示。
#安裝Biostrings和msa包BiocManager::install("Biostrings")BiocManager::install("msa")
#加載Biostrings和msa包library(Biostrings)library(msa)
#讀取到變量中PH4H_AA <- readAAStringSet("PH4H_AA.fasta") #輸出查看PH4H_AA
#默認使用ClustalW進行多序列比對PH4HAlignment <- msa(PH4H_AA)PH4HAlignment
#顯示完整比對情況print(PH4HAlignment, show="complete")
#保存多序列比對fasta文件#繪制比對結(jié)果圖，帶seqlogomsaPrettyPrint(PH4HAlignment, #多序列比對變量 alFile="PH4H_aligment_result.fasta", #保存多序列比對結(jié)果到fasta文件 output="pdf", #繪制多序列比對結(jié)果到pdf文件 showNames="left", #左側(cè)展示序列名稱 showLogo="top", #上方展示seqlogo showLogoScale="left", #左側(cè)顯示seqlogo的垂直軸 showConsensus="bottom", #下方展示consensus序列 showNumbering="right", #顯示序列的位置 askForOverwrite=FALSE, #詢問是否覆蓋同名文件 verbose=T) #展示代碼運行的詳細信息
運行結(jié)束之后，在同一個文件夾下面，我們就能得到PH4H_aligment_result.fasta和PH4HAlignment.pdf。
為了方便大家交流學(xué)習(xí)，共同進步，我特地創(chuàng)建了微信交流群
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