https://github.com/sanger-pathogens/circlator

其實(shí)這是一個(gè)序列拼接組裝的工具

不過(guò)筆者覺(jué)得最有用的還是序列起點(diǎn)的錨定功能。

我們知道細(xì)菌基因組大多是一個(gè)環(huán)形，而我們的組裝結(jié)果（哪怕是基因組完成圖）也只能用一條序列來(lái)表示，那么起始點(diǎn)在哪里？這就是一個(gè)需要工具錨定的工作了。

這妥妥是一個(gè)生物信息分析的工作，當(dāng)然需要相應(yīng)的工具來(lái)解決。

解決的方法有很多種，筆者自己喜歡用Circlator。

安裝和使用都較為簡(jiǎn)單

安裝方法：

conda create -n circlator cirlatorconda activate circlator

使用方法

circlator fixstart Old.fasta New

示例程序里的Old.fasta為輸入文件，New.fasta為輸出結(jié)果，已經(jīng)錨定了起始和終止位置（默認(rèn)從dnaa基因序列作為起始位點(diǎn)，如果想選擇其他基因作為起始點(diǎn)，增加參數(shù)--genes_fa Genes.fa ，即提供起始點(diǎn)的核酸序列）。

經(jīng)過(guò)以上處理的細(xì)菌基因組，從相同的起始點(diǎn)開(kāi)始，正如比賽時(shí)有了同一起跑線，對(duì)我們后續(xù)分析會(huì)起一定的簡(jiǎn)化作用。

不過(guò)說(shuō)實(shí)話，其實(shí)不做這步也沒(méi)太大關(guān)系，沒(méi)有根本性的大差別，很多時(shí)候我只是自己跟自己過(guò)不去罷了