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實(shí)驗(yàn)技術(shù) | 如何做出更漂亮更準(zhǔn)確的細(xì)胞周期檢測(cè)數(shù)據(jù)

 小波H 2023-11-13 發(fā)布于云南

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科研工具作圖丨實(shí)驗(yàn)SCI統(tǒng)計(jì)分析國(guó)自然

細(xì)胞周期(cell cycle)是指從一次細(xì)胞分裂形成子細(xì)胞開(kāi)始到下一次細(xì)胞分裂形成子細(xì)胞為止所經(jīng)歷的過(guò)程。在這一過(guò)程中,細(xì)胞的遺傳物質(zhì)復(fù)制并均等地分配給兩個(gè)子細(xì)胞。
與前幾期我們介紹過(guò)的克隆形成等實(shí)驗(yàn)一樣,細(xì)胞周期也是評(píng)價(jià)細(xì)胞增殖功能的重要實(shí)驗(yàn),可反映細(xì)胞增殖的速度。
細(xì)胞周期主要分為分裂間期和分裂期(M期)2大過(guò)程。而分裂間期又分為三期、即DNA合成前期(G1期)、DNA合成期(S期)與DNA合成后期(G2期)。
  • G1期主要合成RNA和核糖體,細(xì)胞體積明顯增大。

  • S期除了合成DNA外,還要合成組蛋白以及DNA復(fù)制所需的酶。

  • G2期是有絲分裂的準(zhǔn)備期,DNA合成終止,大量合成RNA包括微管蛋白和促成熟因子等。

  • M期細(xì)胞分裂,DNA由二倍體重新成為一倍體。

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注:G0期是指某些細(xì)胞在分裂結(jié)束后會(huì)暫時(shí)離開(kāi)細(xì)胞周期,停止細(xì)胞分裂;但在一定適宜刺激下,又可進(jìn)入周期。(源自互聯(lián)網(wǎng))
分裂間期持續(xù)的時(shí)間遠(yuǎn)遠(yuǎn)比分裂期持續(xù)時(shí)間長(zhǎng),在一個(gè)正常細(xì)胞周期中,分裂間期時(shí)間會(huì)占整個(gè)細(xì)胞周期的90%~95%;
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細(xì)胞周期研究的應(yīng)用

細(xì)胞周期的研究對(duì)于深入了解生物的生長(zhǎng)發(fā)育和控制腫瘤生長(zhǎng)等有重要意義。
細(xì)胞周期失調(diào)是癌癥的主要特征之一。有資料表明腫瘤是一類細(xì)胞周期性疾病,因此在腫瘤生物學(xué)及腫瘤藥理學(xué)領(lǐng)域?qū)δ[瘤細(xì)胞周期的分析對(duì)腫瘤生物學(xué)特征及腫瘤藥物作用機(jī)制的研究具有重要的意義。
? 在腫瘤病理學(xué)研究中,通常以S期細(xì)胞比率作為判斷腫瘤增殖狀態(tài)的指標(biāo)。

? 在腫瘤治療中,G0期細(xì)胞對(duì)化療不敏感,癌細(xì)胞難以被有效殺滅,往往成為日后癌癥復(fù)發(fā)的根源。因而可通過(guò)調(diào)控機(jī)理的研究,誘發(fā)G0期癌細(xì)胞進(jìn)入細(xì)胞周期,提高化療敏感性,再合理用抗癌藥物加以殺滅,是防止癌轉(zhuǎn)移和擴(kuò)散的重要調(diào)控措施。

因此對(duì)細(xì)胞周期調(diào)控的研究,有助于闡明腫瘤的發(fā)生以及終末細(xì)胞的分化,將為治療腫瘤和誘導(dǎo)終末分化細(xì)胞的增殖提供有益的思路。
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細(xì)胞周期的檢測(cè)

測(cè)定細(xì)胞周期的方法很多,有同位素標(biāo)記法、流式細(xì)胞儀法、基于細(xì)胞成像的熒光檢測(cè)法、BrdU(5-溴脫氧尿嘧啶核苷)摻入法等。
其中流式檢測(cè)法因適用于大量樣品檢測(cè),可快速分析單個(gè)細(xì)胞的多種特性,是目前最為常用的測(cè)定細(xì)胞周期的一種方法。下面詳細(xì)介紹?
■ 檢測(cè)原理:
在細(xì)胞周期的不同時(shí)期,細(xì)胞核內(nèi)的DNA含量存在差異。
通常正常細(xì)胞的G1/G0期具有二倍體細(xì)胞的DNA含量(2N),而G2/M期具有四倍體細(xì)胞的DNA含量(4N),而S期的DNA含量介于二倍體和四倍體之間。

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(源自互聯(lián)網(wǎng)
因此,在流式檢測(cè)時(shí),可以使用核酸染料染色后,通過(guò)檢測(cè)熒光強(qiáng)度來(lái)判斷細(xì)胞處于哪一時(shí)期。
流式中常用碘化丙啶(Propidium,簡(jiǎn)稱PI)與DNA結(jié)合,其熒光強(qiáng)度直接反映了細(xì)胞內(nèi)DNA含量————DNA含量多,熒光強(qiáng)度高,DNA含量少,熒光強(qiáng)度低。
■ 實(shí)驗(yàn)步驟
(1)細(xì)胞培養(yǎng):取對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期的細(xì)胞,按1×106 cells/ mL以1mL接種24孔板或2mL接種于6孔板內(nèi),進(jìn)行所需的處理(比如加入藥物),特定時(shí)間后終止培養(yǎng),進(jìn)行下一步的實(shí)驗(yàn)。

Ps:建議選擇6孔板操作,細(xì)胞給藥密度在60%左右

(2)收集細(xì)胞:倒去培養(yǎng)基,用胰酶適度消化細(xì)胞,800rpm離心5min,收集細(xì)胞沉淀,棄去上清。
(3)細(xì)胞固定:用預(yù)冷PBS洗滌1-2次,吸凈離心管殘余的PBS后,加入300μL PBS重懸,將細(xì)胞吹散,避免細(xì)胞成團(tuán)。隨后將細(xì)胞懸液逐滴滴入-20℃ 預(yù)冷的75%乙醇,邊加邊高速攪拌,避免細(xì)胞粘連在一起,置于-20°C冰箱固定過(guò)夜。

Ps:由于流式分析時(shí)需要的是單個(gè)細(xì)胞懸液,因此在操作過(guò)程中需充分混懸細(xì)胞;細(xì)胞固定后,不可過(guò)度吹打細(xì)胞,以防產(chǎn)生過(guò)多的細(xì)胞碎片。

(4)細(xì)胞染色:染色當(dāng)天取出標(biāo)本,800rpm離心5min,棄上清,以3mL的PBS洗滌1-2次,加入400μL溴化乙錠(PI,50μg/mL),100μl RNase A(100ug/mL),4℃避光孵育60min。

Ps:棄去乙醇溶液此時(shí)格外需要注意的是,離心后細(xì)胞不是全部沉淀在管底,管壁上也會(huì)存在大量細(xì)胞,去上清一定要注意。

(5)流式分析:以標(biāo)準(zhǔn)程序用流式細(xì)胞儀檢測(cè),一般計(jì)數(shù)2~3萬(wàn)個(gè)細(xì)胞,結(jié)果用細(xì)胞周期擬和軟件ModFit分析。

Ps:上機(jī)前要以50μm尼龍網(wǎng)膜或35μm細(xì)胞過(guò)濾器過(guò)濾細(xì)胞!因?yàn)镻I具有很強(qiáng)的粘附性,容易使細(xì)胞聚團(tuán)!上機(jī)檢測(cè)時(shí),必須重懸成細(xì)胞懸液后再檢測(cè),否則容易堵儀器管道。

■ 結(jié)果圖解讀

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(源自互聯(lián)網(wǎng)
(1)縱坐標(biāo)Cell Number:即計(jì)數(shù)的有效細(xì)胞數(shù);
(2)橫坐標(biāo)DNAContent:即DNA含量;
(3)分析細(xì)胞周期的方法是依據(jù)細(xì)胞DNA含量(橫坐標(biāo))來(lái)分析的:
  • G0/G1期:第一個(gè)峰。G1期是DNA含量最少的時(shí)期,DNA復(fù)制還沒(méi)有開(kāi)始;G0期是細(xì)胞靜止期,不復(fù)制DNA,因此圖上無(wú)法與G1期分開(kāi);

  • S期:第二個(gè)不高但很寬的峰。此時(shí)期細(xì)胞開(kāi)始復(fù)制到完成復(fù)制,是一個(gè)一倍DNA到二倍DNA的過(guò)程;

  • G2/M期:第三個(gè)峰。G2期是DNA復(fù)制完成至分裂的一段時(shí)間,此時(shí)細(xì)胞內(nèi)含二倍DNA;M期是細(xì)胞分裂的過(guò)程,此時(shí)細(xì)胞內(nèi)是二倍DNA,無(wú)法與G2期分開(kāi)。
(4)右側(cè)數(shù)字含義
  • Dip G1-53.84% at 55.56,即G1期DNA含量平均值為55.56;53.84%即G1期細(xì)胞數(shù)占總數(shù)的53.84%;Dip G2-5.64% at 107.72,即G2期DNA含量平均值為107.72,5.64%即G2期細(xì)胞數(shù)占總數(shù)的5.64%;以此類推…

  • CV:變異系數(shù)(Coefficient of Variation)反映G0/G1峰分辨率和精確度,是評(píng)價(jià)周期結(jié)果好壞的一個(gè)重要指標(biāo)。一般CV越小,峰形越好,越尖銳,質(zhì)量越好;能控制在5%左右是比較好的結(jié)果,一般小于10%就被認(rèn)可了。

  • Debris:表示細(xì)胞碎片,越少越好;
5、什么樣的數(shù)據(jù)結(jié)果可以用?
? G2/M期細(xì)胞的DNA含量是G1期的2倍,在直方圖上形成一個(gè)2倍于G1信號(hào)峰的高斯峰;
? CV(變異系數(shù))表示峰的寬度,CV值越小,峰形越好,最好是在5%左右,一般小于10%也被認(rèn)可。

? RCS最好是在1~3,高于5則不被認(rèn)可。RCS高,說(shuō)明數(shù)據(jù)的分布和軟件所建立模型的預(yù)期值的差別比較大,可能由于處理細(xì)胞的時(shí)候RNA酶消化不好,或者是PI的濃度不佳造成的。

雖然此檢測(cè)方法操作簡(jiǎn)便,僅需簡(jiǎn)單的固定染色即可進(jìn)行檢測(cè),但很多同學(xué)做出來(lái)的結(jié)果還是不夠理想。
■ 常見(jiàn)問(wèn)題
(1)CV值過(guò)大
影響CV的因素主要包括兩方面:儀器因素(如液流、光路、機(jī)器調(diào)試等)和樣本制備及染色過(guò)程對(duì)標(biāo)本的人為影響。在進(jìn)行分析時(shí)應(yīng)盡量減少這兩大因素帶來(lái)的變異。
CV值過(guò)大的異常原因及相應(yīng)解決方案如下:
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(2)G2/M期缺失
首先要確定我們所檢測(cè)的細(xì)胞是能夠進(jìn)行分裂增殖的,如:外周血淋巴細(xì)胞在正常情況下基本都是不會(huì)進(jìn)行增殖的,處于G0期。
此外,如果細(xì)胞培養(yǎng)條件不對(duì)或營(yíng)養(yǎng)不足,引起細(xì)胞生長(zhǎng)緩慢,也會(huì)導(dǎo)致大量細(xì)胞進(jìn)入G0期。此時(shí)需及時(shí)優(yōu)化培養(yǎng)條件,否則時(shí)間一長(zhǎng)會(huì)引起細(xì)胞狀態(tài)變差,直至細(xì)胞死亡。
還有就是,很多細(xì)胞生長(zhǎng)密度過(guò)高,會(huì)出現(xiàn)接觸抑制,同樣會(huì)導(dǎo)致G2/M期缺失。所以,在進(jìn)行細(xì)胞周期實(shí)驗(yàn)時(shí),一定要保證檢測(cè)時(shí)細(xì)胞尚有合理的生長(zhǎng)空間。
■ 實(shí)驗(yàn)要點(diǎn)/注意事項(xiàng)
下面小編帶大家來(lái)看看細(xì)胞周期檢測(cè)中的實(shí)驗(yàn)要點(diǎn)/注意事項(xiàng),希望大家都能夠做出理想的檢測(cè)結(jié)果。
  • 制備單細(xì)胞懸液:操作應(yīng)輕柔,減少碎片,較多的碎片會(huì)干擾S 期的計(jì)算,也會(huì)妨礙分析較小的亞二倍體峰。大量的壞死或凋亡細(xì)胞也會(huì)帶來(lái)過(guò)多碎片,在樣品制備過(guò)程中應(yīng)盡量避免。

  • 利用RNase消除細(xì)胞周期檢測(cè)中RNA的影響:PI是一種插入性核酸熒光染料,能選擇性地嵌入核酸DNA雙鏈螺旋的堿基之間并發(fā)出熒光,但也可以插RNA的雙鏈區(qū),非 DNA特異性,所以需加入RNase消除RNA的影響;

  • 進(jìn)行DNA染色時(shí)不要洗滌:不同于蛋白質(zhì)染料和細(xì)胞之間的牢固結(jié)合,DNA與染料的結(jié)合,是一種結(jié)合態(tài)與游離態(tài)之間松散的平衡,洗滌步驟會(huì)造成染料丟失,降低核酸的特異性熒光,造成測(cè)量值降低;

  • 最低速度上機(jī)檢測(cè):進(jìn)樣速度為低速,避免儀器把相鄰細(xì)胞當(dāng)作一個(gè)細(xì)胞。流速越高,CV值越大。若峰形較寬,可能就是進(jìn)樣速度太快。因此,進(jìn)行DNA分析時(shí),盡量采用最低流速10μL/min-12.5μL/min進(jìn)行檢測(cè)。

  • 儀器質(zhì)控定期做,盡可能排除因機(jī)器設(shè)置引起的峰形加寬;

  • 在進(jìn)行周期實(shí)驗(yàn)時(shí),需采用PI-A + PI-H來(lái)排除粘連體:黏連體是指一起通過(guò)激光照射區(qū)而被錯(cuò)誤地記錄為一個(gè)細(xì)胞的兩個(gè)細(xì)胞或顆粒。在DNA 分析中,兩個(gè)具有2N DNA 含量的細(xì)胞同時(shí)通過(guò)激光照射區(qū),即被記錄成一個(gè)4N 的熒光信號(hào),造成4N 的細(xì)胞增多的假象。胞黏連體過(guò)多會(huì)對(duì)分析結(jié)果造成影響,應(yīng)在樣本制備時(shí)盡量避免。在跑樣過(guò)程中,需要對(duì)樣本進(jìn)行混勻,對(duì)于高通量進(jìn)樣來(lái)說(shuō),吹吸混勻的效果要好于振蕩和攪拌混勻。

  • PI的坐標(biāo)選線性:線性更能體現(xiàn)DNA含量的倍數(shù)關(guān)系。在DNA含量分析中,G2+M峰的數(shù)值應(yīng)該是G0/G1峰的兩倍。G0/G1峰和G2+M峰的位置提供了比較其他峰位置的基準(zhǔn)。一般情況下,G2/M與G1的比值需介于1.95-2.05之間。
由于PI具有黏性,通常周期實(shí)驗(yàn)放在最后做,否則需要深度清洗后,再進(jìn)行其他實(shí)驗(yàn)。

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