案件審查是調查機構內部在調查終結后對調查程序合法性的審查，沿襲并完善了《環(huán)境行政處罰辦法》的原有規(guī)定而保留，法制審核則來源于“三項制度”中的重大執(zhí)法決定法制審核制度和《行政處罰法》的規(guī)定，目的在于確保生態(tài)環(huán)境部門作出的重大處罰決定合法有效。二者皆有保障依法行政、確保處罰決定準確合法之功能，在理解其差異和獨立價值時應注意以下幾點：

出于執(zhí)法效率和執(zhí)法成本考量，只有符合法定條件的重大復雜案件需經過法制審核，而所有普通程序案件經過案件審查。因此，案件審查承擔了用普通程序處罰案件最低限度的合法性審查功能，而法制審查主要在于對重大復雜案件處罰決定合法有效。同時，還要防范在申請法院強制執(zhí)行、行政復議、行政訴訟時潛在的法律風險，法制審核屬于更高標準的審查要求。

案件審查偏重于對調查活動的監(jiān)督和把關，通過對案件來源、立案程序、證據(jù)收集程序和方式、證據(jù)材料的形式和內容，調查報告中提出的事實和證據(jù)、初步處理意見等進行全面審查，預先發(fā)現(xiàn)并指出調查過程中存在的問題，監(jiān)督執(zhí)法人員及時改正。對違法事實不清、證據(jù)不充分或者調查程序違法的，退回調查人員補充調查取證或者重新調查取證，要求其進行必要的程序補充更正，糾正程序違法，在前端最大可能降低違法風險。

法制審核更偏重于通過全面、獨立、專業(yè)的判斷，協(xié)助負責人作出法律風險低、合法有效的決定。

案件審查偏重于對調查活動的監(jiān)督和把關。因此，審查人員非本案調查人員即可，無特定專業(yè)要求。案件審查通常為調查機構內部組織開展，無法獨立于調查機構。

而法制審核的目的在于確保生態(tài)環(huán)境部門作出的重大處罰決定合法有效。因此，法制審核需要更強的專業(yè)性和更高的獨立性。鑒于此，《辦法》規(guī)定，負責法制審核應由專門的法制審核機構或者審核人員進行，并且根據(jù)程序設置目的，審核機構或人員應當獨立于調查機構，并可以借助專家、法律顧問的專業(yè)性和獨立性輔助審核判斷，確保處罰決定的合法有效。

法制審核內容更加全面，除了對案件審查問題的查漏補缺外，法制審核更強調獨立、專業(yè)和全面的判斷，如調查機構難以考慮到的因素，行政執(zhí)法文書的完備性和規(guī)范性。同時，相較于案件審查，法制審核處于處罰流程更靠后位的環(huán)節(jié)，尤其是在陳述、申辯或聽證之后。因此，法制審核應當增加對當事人陳訴、申辯和聽證程序的審查，如當事人是否進行了陳述、申辯，是否充分聽取當事人意見，當事人提出的事實、理由和證據(jù)，是否復核，是否采納，不予采納的，是否說明了理由；聽證程序是否合法等。

案件審查后，對違法事實不清、證據(jù)不充分或者調查程序違法的，審查人員應當退回調查人員，補充調查取證或者重新調查取證。對不屬于本機關、本部門管轄的案件，建議移送有管轄權的部門處理；對不構成行政違法、超過行政處罰追責期限、無法進行補充調查、重新調查或者補充調查、重新調查仍不能達到證據(jù)標準，不能證明違法的，提出撤銷案件的建議；符合處罰條件的，進入下一步程序。

法制審核后，對主要事實清楚、證據(jù)充分、程序合法、內容適當、未發(fā)現(xiàn)明顯法律風險的，提出同意的意見；對主要事實不清、證據(jù)不充分、程序不當或者適用依據(jù)不充分、存在明顯法律風險但是可以改進或者完善的，指出存在的問題，并提出改進或者完善的建議；對存在明顯法律風險，且難以改進或者完善的，指出存在的問題，提出不同意的審核意見。