目前，常用的益生菌主要有芽孢桿菌、光合細(xì)菌、乳酸菌等。

使用芽孢桿菌應(yīng)定期使用，可以促進(jìn)有益菌形成生態(tài)優(yōu)勢(shì)，抑制有害菌的生長，加速水產(chǎn)養(yǎng)殖代謝產(chǎn)物的降解，保持良好的藻相。

根據(jù)水質(zhì)情況，不定期使用光合細(xì)菌和乳酸菌。

光合細(xì)菌主要用于去除水體中的氨氮、硫化氫、磷酸鹽等，并在緩解水體富營養(yǎng)化、平衡藻相、調(diào)節(jié)水體pH值方面發(fā)揮作用；

乳酸菌用于分解小分子有機(jī)物，去除水中亞硝酸鹽、磷酸鹽等物質(zhì)，抑制弧菌生長，凈化水質(zhì)，平衡藻相。

不同類型的菌制劑以不同的方式使用。

芽孢桿菌的使用量根據(jù)池塘中1米的水深計(jì)算，對(duì)于有效菌含量為10億/克的芽孢桿菌制劑，初始使用量為1.5～3 kg/畝，后期使用量為1.0～1.5 kg/畝。每隔7～10天施用1次。

枯草芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌、水產(chǎn)養(yǎng)殖、改底凈水、調(diào)水、減少亞鹽，供魚、蝦、蟹養(yǎng)殖用；

它可以直接潑灑，也可以與0.3~1.0倍的花生麩或米糠混合使用。加入10~20倍池水浸泡發(fā)酵8~16小時(shí)，然后均勻?yàn)⒃谡麄€(gè)池中。在水產(chǎn)養(yǎng)殖中后期，當(dāng)水體相對(duì)肥沃時(shí)，應(yīng)適當(dāng)減少花生麩和米糠的用量。

光合細(xì)菌可用于水產(chǎn)養(yǎng)殖的整個(gè)過程，根據(jù)池塘水深1米，以每次3.0～5.0公斤/畝的用量，每15天施用一次有效菌含量為5億/毫升的液體菌劑；

如果水質(zhì)惡化、變黑、發(fā)臭，可連續(xù)使用3天，在水色改善后每7天使用一次。

乳酸菌制劑的使用量按池塘水深1米計(jì)算，有效菌含量為5億/ml的液體菌劑，每次為2.5～4.5 kg/畝，每10～15天施用一次；

在溶解有機(jī)物含量高、泡沫大的情況下，施用量可適當(dāng)增加至3.5~6 kg/畝。

使用益生菌后3天內(nèi)不得使用消毒劑，如果確實(shí)需要使用消毒劑，應(yīng)在消毒后2至3天重新使用益生菌。