前面給大家詳細的介紹過ENCORI這個數(shù)據(jù)庫,相信很多小伙伴也已經(jīng)使用過這個工具了 ?starbase(ENCORI)數(shù)據(jù)庫介紹(一) ?R批量預測miRNA和靶基因之間的調(diào)控關系-ENCORI篇 ?miRNA數(shù)據(jù)庫簡介及miRNA靶基因批量預測 最近有小伙伴反映,使用這個數(shù)據(jù)庫預測的miRNA-circRNA調(diào)控關系的結(jié)果中geneName這一列有些顯示的是標準的circRNA的ID號,但是大多數(shù)顯示的都是基因名字。怎么樣才能讓這一列全部顯示circRNA的ID號呢? 前面我們也給大家講解過怎么樣用代碼批量下載miRNA靶基因的結(jié)果 ?R下載合并ENCORI miRNA靶基因數(shù)據(jù) 用代碼下載下來的結(jié)果,你會發(fā)現(xiàn)跟直接從網(wǎng)頁上下載的結(jié)果不太一樣,似乎多了一列circID,而這一列正式我們需要的circID,里面全部是標準的circRNA的ID號。 但是這里又有一個問題,一個miRNA可以同時靶向多個circRNA,所以有些行里面會出現(xiàn)多個circRNA ID,用逗號隔開。這種格式是沒辦法直接作為cytoscape的輸入文件的。前面給大家介紹過 ?cytoscape構建ceRNA網(wǎng)絡的輸入文件如何制作 我們知道如果要構建ceRNA網(wǎng)絡,cytoscape的邊的文件格式必須是下面這種,一對一的關系,而不能是一對多的關系 那么接下來小編就來教大家把一對多轉(zhuǎn)換成一對一的關系
最后我們得到的結(jié)果是這樣的
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