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處理ENCORI預測的miRNA-circRNA結(jié)果

 生信交流平臺 2022-01-22

    前面給大家詳細的介紹過ENCORI這個數(shù)據(jù)庫,相信很多小伙伴也已經(jīng)使用過這個工具了

?RNA相互作用神器——ENCORI

?starbase(ENCORI)數(shù)據(jù)庫介紹(一)

?R批量預測miRNA和靶基因之間的調(diào)控關系-ENCORI篇

?零代碼生存曲線—ENCORI篇

?miRNA數(shù)據(jù)庫簡介及miRNA靶基因批量預測

    最近有小伙伴反映,使用這個數(shù)據(jù)庫預測的miRNA-circRNA調(diào)控關系的結(jié)果中geneName這一列有些顯示的是標準的circRNA的ID號,但是大多數(shù)顯示的都是基因名字。怎么樣才能讓這一列全部顯示circRNA的ID號呢?

    前面我們也給大家講解過怎么樣用代碼批量下載miRNA靶基因的結(jié)果

?R下載合并ENCORI miRNA靶基因數(shù)據(jù)

    用代碼下載下來的結(jié)果,你會發(fā)現(xiàn)跟直接從網(wǎng)頁上下載的結(jié)果不太一樣,似乎多了一列circID,而這一列正式我們需要的circID,里面全部是標準的circRNA的ID號。

    但是這里又有一個問題,一個miRNA可以同時靶向多個circRNA,所以有些行里面會出現(xiàn)多個circRNA ID,用逗號隔開。這種格式是沒辦法直接作為cytoscape的輸入文件的。前面給大家介紹過

?cytoscape構建ceRNA網(wǎng)絡的輸入文件如何制作

    我們知道如果要構建ceRNA網(wǎng)絡,cytoscape的邊的文件格式必須是下面這種,一對一的關系,而不能是一對多的關系

那么接下來小編就來教大家把一對多轉(zhuǎn)換成一對一的關系

#讀入miRNA靶基因預測結(jié)果,跳過前四行a=read.table("ENCORI_hg19_miRNATarget_hsa-miR-25-3p_all_all.txt",sep="\t",stringsAsFactors = F,skip=4)#提取第二列miRNAname和第五列circID,b=a[,c(2,5)]#給b添加列名names(b)=c("mir","circ")#將circID列,按照,拆分開,然后強制轉(zhuǎn)換成向量circs=unlist(strsplit(b$circ,","))#構建miRNA-circRNA一對一的關系,mir都是相同的hsa-miR-25-3p,長度跟circ向量的長度一樣#第一列為miRNA名字,第二列為circRNA的名字result=data.frame(mir=rep(unique(b$mir),length(circs)),circ=circs)#去除一下冗余result_rmdp=unique(result)#保存結(jié)果到miRNA_circ.txt中write.table(file="miRNA_circ.txt",result_rmdp,quote=F,row.names = F,sep="\t")

最后我們得到的結(jié)果是這樣的

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