文獻速報

主題 ：miR-375 / YAP1 蛋白調控途徑

第一篇內容為，骨肉瘤 (Osteosarcoma) 細胞過程circRNA相關機理研究。通過對腫瘤相關高表達的circRNA的篩選，作者挑取骨肉瘤細胞凋亡相關的circFAT1展開實驗驗證。在OS組織中，circFAT1上調且能夠有效吸附 miR-375 以促進 YAP1 的表達。敲低 circFAT1 結果顯示，通過靶向 miR-375 / YAP1軸有效抑制OS細胞的侵襲性和轉移。

骨肉瘤（OS），一種常見的惡性骨癌，青春期和兒童期的發(fā)病率最高，目前的治療的手段包括手術和化療，由于轉移以及耐藥性導致的復發(fā)，5年的生存率小于70%。因此該研究對診斷標志物及靶向治療具有參考價值。

第二篇內容為，ALV-J (Avian leukosis virus subgroup J) 侵染雞致病過程circRNA途徑機理研究。作者在前期的數據分析文章的基礎上 (該線索并沒有做報道)，以實驗為主導，在線發(fā)表了雞中由 ALV-J 病毒誘導 circ-Vav3 / gga-miR-375 / YAP1的癌癥調控途徑。

ALV-J 是一種雞群傳播的逆轉錄病毒，雞感染后致死率極高，目前市場上并沒有專門的疫苗驗證，采取抗性選育的方式規(guī)避，該研究報道能夠為防治提供參考思路。

轉入正題 ==>

上一期我們展示了一款基于 perl 編寫的 circRNA 識別工具 UROBORUS，在UMJ (unbalanced mapped junction)上控制circRNA識別的假陽性具有突出表現。但是也存在著一些小的短板，如比對工具使用的 tophat，限制了片段的比對長度 (50-100bp)，且消耗較多的計算成本。本期的學習專題將介紹一個2018年下半年上線的人類circRNA數據庫 circbank，我們來一起看一下吧。

數據庫最新概況

circBank 是一個人類circRNA綜合數據庫，其中包含140,000 條不同來源的注釋circRNA。除了基本信息如染色體定位等以外，還添加了一些新的circRNA信息，包含：

• 新定義的命名方式 ( 物種+circ+基因名稱+編號，如 hsa_circFAT3_013 與 circbasehsa_circ_0023999等同，但是包含的信息量更多)

• 靶miRNA ( miRanda & targetscan)

• 編碼潛能預測 ( CPAT基于ORF size, ORF coverage, Fickett TESTCODE and Hexamer usage bias 特征計算，IRES 元件預測使用 IRESfinder )

• 保守性分析 (基于小鼠 mm9)

• circRNA變異位點 (信息來源于 COSMIC database)

• 甲基化 ( m6A，內容來源于已報道的circRNA)

搜索功能

circBank 搜索支持 circBank ID 、circBase ID、Gene name (gene symbol) 以及 refseq transcript ID獲得circRNA信息，用戶能夠通過設置保守性、甲基化以及編碼潛能過濾獲得對應序列。并支持導出基本信息。

miRNA搜索功能支持miRNA ID、circBank ID 、circBase ID。這里要注意的是miRNA輸入的時候需要添加物種名稱，例 hsa-miR-375，若不添加則無法獲得對應的預測結果，大小寫不敏感。同樣，該頁面允許用戶能夠通過設置保守性、甲基化以及編碼潛能過濾獲得對應序列。在結果表格欄的右上角可以挑選顯示內容，如指定miRNA預測軟件。

特色信息

正如上述提到的提供基本信息外，circBank包含更詳細的編碼位點預測分析、IRES 元件預測及分值信息、變異位點及m6A信息。

與CSDS (Cancer-Specific CircRNA database) 比較來看，在搜索設置上，CSDS支持細胞類型、基因標簽 (gene symbol) 以及染色體位置信息搜索；而circBank 支持的circBase數據庫編號更便于快速搜索，但是在 gene symbol 中circBank不支持模糊搜索，如 FAT無法獲得結果。

CSDS 可視化更利于快速獲得信息，而circBank以列表的形式展現更多的內容，支持選擇靶miRNA工具，更有利于全局搜索。如 文獻速報 中提到的 circFAT/miRNA-375 的預測中，預測結果可能在網站設計的閾值中已被過濾。

兩者各有千秋，基于circBase的信息上，具有不同的特色，在搜索時需要結合需求，挑選合適的預測結果，加以本地分析驗證，有助于實驗驗證。