一句話：菌群結(jié)構(gòu)譜是研究團(tuán)隊（菌群）有什么人及各種人的比例；宏基因組是團(tuán)隊能做什么；宏轉(zhuǎn)錄組是團(tuán)隊準(zhǔn)備做什么；宏蛋白質(zhì)組是團(tuán)隊在做什么；宏代謝組是團(tuán)隊做了什么。

小錢用菌群結(jié)構(gòu)譜，大錢用宏基因組，燒錢用多組學(xué)（如宏基因組+宏轉(zhuǎn)錄組+宏代謝組）。還不爽的話用各種多組學(xué)+培養(yǎng)組。

菌群結(jié)構(gòu)譜通過靶向擴增、測序和分析16S/18S/ITS基因序列而獲得菌群的種類和豐度信息；宏基因組通過測序和分析樣品中所有的基因序列而獲得微生物組種類（包括細(xì)菌、真菌、病毒和原生蟲等）和豐度信息，以及各種基因功能和豐度信息；宏轉(zhuǎn)錄組通過測序和分析樣品中所有的轉(zhuǎn)錄本而獲得種類（包括細(xì)菌、真菌、病毒和原生蟲等）和豐度信息，以及各種基因的功能和豐度信息，更重要的是各種轉(zhuǎn)錄本的功能和豐度信息；宏蛋白質(zhì)組通過質(zhì)譜等而獲得各種蛋白的種類和豐度信息；宏代謝組通過質(zhì)譜或核磁等而獲得各種代謝物的種類和豐度信息。