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教你三招:Cox回歸比例風險(PH)假定的檢驗

 菁華菁華 2018-09-20

Cox回歸是生存分析中的常用方法,其假定Hazard Ratio(HR)不隨時間變化,即滿足比例風險假定(Proportional Hazards Assumption, PH假定)。在進行Cox回歸前需要對該假定進行檢驗,本文介紹三種方法。

1、-ln(-ln(survival)) 圖法

判斷標準:如果待評價的變量分成的亞組曲線平行,說明滿足PH假定。

2、預(yù)測生存概率圖法

判斷標準:利用擬合的Cox回歸方程生成概率曲線,該曲線假定PH成立,然后與實際得到KM曲線做比較,如果兩條曲線基本重合說明PH假定成立。

3、統(tǒng)計檢驗法

判斷標準:該法將給出統(tǒng)計學檢驗的P值,通過P值判斷。

下面通過里一個例子展示如何利用Stata軟件進行操作。示例數(shù)據(jù)來自于一個真實的白血病研究(Garrett 1997),包含42例患者,其變量意義如下:

表1. 示例變量及賦值

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我們假定變量Treatment1是滿足PH假定的。首先需要在Stata中定義數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)為生存數(shù)據(jù)結(jié)果,然后再進行后續(xù)的分析。方法如下:

1. 依次點擊:Statistics—Survival analysis—Setup and utilities—Declare data to be survival-time data(圖1),會出現(xiàn)相應(yīng)窗口(圖2)。

圖1

2. 將代表時間的變量week選入Time variable框內(nèi),代表結(jié)局事件的變量relapse選入Failure variable框內(nèi),“1”代表發(fā)生事件,填入Failure values框內(nèi)。

圖2

3. 點擊OK。

定義好數(shù)據(jù)后,接下來介紹如何用三種方法進行檢驗。

1、-ln(-ln(survival)) 圖法

Stata命令框內(nèi)輸入命令:stphplot, by(treatment1),回車,得如下圖(圖3):

圖3

判斷:從圖中可以看出,Treatment1代表的兩種治療方法,曲線基本平行,因此可認為該變量的PH假定基本成立。

如果在判斷的時候需要對其他協(xié)變量(如wbc2,wbc3)進行調(diào)整,可修改代碼為:stphplot, strata(treatment1) adj(wbc2 wbc3),得到下圖(圖4):

圖4

可以看到,對其他協(xié)變量進行調(diào)整后兩曲線依然基本平行。

2、預(yù)測生存概率圖法

Stata命令框內(nèi)輸入命令:stcoxkm, by(treatment1),回車,得如下圖(圖5):

圖5

判斷:圖中Observed曲線為根據(jù)實際數(shù)據(jù)得到的K-M曲線,Predicted曲線為假定PH成立的Cox模型擬合出的曲線,可以看到,在兩個治療組中,曲線基本重合,因此說明PH假定是成立的。

該法無法調(diào)整其他變量。

3、統(tǒng)計檢驗法

在進行PH統(tǒng)計學檢驗之前,需要首先運行要檢驗的Cox模型,后續(xù)的檢驗會自動使用模型運算的某些結(jié)果。

首先運行要檢驗的Cox模型(假設(shè)調(diào)整wbc2和wbc3協(xié)變量),輸入命令:

stcox treatment1 wbc2 wbc3, nolog

然后輸入命令:estat phtest, detail,回車,得如下結(jié)果(圖6):

圖6

前三行給出的是納入Cox模型的三個變量各自的檢驗結(jié)果,可以看到P值均不顯著,因此不能認為違反PH假定。最后一行給出的模型整體性的PH檢驗結(jié)果,同樣不能認為違反PH假定。

實際上,本例中變量Treatment2是不滿足PH假定的,為了給大家一個直觀的印象,本文僅給出-ln(-ln(survival)) 圖法的結(jié)果,輸入命令:stphplot, by(treatment2),得到圖7:

圖7

對比圖3,可以看出很明顯的差別。該圖中兩曲線不再平行,而是發(fā)生了交叉,因此有理由相信Treatment2變量不滿足PH假定。

其他方法的嘗試大家可以自己進行。

總結(jié)

上面我們介紹了三種具體的方法,其中前兩種利用主觀判斷,最后一種通過統(tǒng)計學檢驗。主觀性判斷往往因人而異,而統(tǒng)計學檢驗在P值無統(tǒng)計學意義時僅能說明在當前樣本量下不能認為違反PH假定,也無法給出明確的答案。因此推薦多種方法同時使用,以利于綜合判斷。

除上面介紹的三種方法外,還可以在Cox模型中設(shè)置待檢驗變量與時間的交互項,通過判斷系數(shù)是否有統(tǒng)計學意義判斷是否違反PH假定,但該方法相對復雜,限于篇幅,將在另外的文章中予以介紹。

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