今天是第500期日報。

NEJM：一文徹底讀懂腸道菌群的超強影響（必讀綜述+長圖）

The New England Journal of Medicine[IF:72.406]

《新英格蘭醫(yī)學雜志》關(guān)于腸道菌群的重量級綜述：① 開篇解釋學術(shù)名詞并列示菌群分析技術(shù)，隨后簡要介紹人的一生中腸道菌群的變化規(guī)律；② 通過圖表和文字，充分介紹菌群對健康和疾病特別是免疫力的影響，并闡述飲食和其他環(huán)境因素對菌群的作用；③ 附圖并詳細介紹“共同點”假說，闡述腸道菌群失衡如何影響生理功能和疾??；④ 介紹通過菌群預(yù)防和治療疾病的原理、基礎(chǔ)研究和臨床實踐，列表說明相關(guān)領(lǐng)域進展；⑤ 最后強調(diào)膳食干預(yù)是根本解決之道。

The Human Intestinal Microbiome in Health and Disease

2016-12-15  DOI: 10.1056/NEJMra1600266

一圖讀懂：肥胖和有效減肥方法（迄今最權(quán)威，沒有之一）

The New England Journal of Medicine[IF:72.406]

① 當下美國，排名前10的死亡和失能原因中，有7個是腫瘤、糖尿病等慢性疾病，預(yù)防和治療這些疾病必須充分考慮它們與肥胖的關(guān)聯(lián)；② 一些專業(yè)組織定義25≤BMI≤30為超重，BMI≥30為肥胖癥（疾?。?，按此標準，有2/3的美國人超重或肥胖，在基層醫(yī)療實踐中比例則更高；③ 本文系統(tǒng)性介紹：肥胖的危害、原因、應(yīng)對方法（包括各種飲食、生活方式調(diào)整，藥物治療，減肥手術(shù)等）；④ 特別關(guān)注在臨床實踐中，如何單獨或與慢性疾病結(jié)合以應(yīng)對和管理肥胖。

Mechanisms, Pathophysiology, and Management of Obesity

2017-01-18  DOI: 10.1056/NEJMra1514009

YJBM：腸道菌群影響人體健康的分子機制（綜述）

Yale Journal of Biology And Medicine[IF:N/A]

① NIH資助的人類微生物組計劃對人類健康十分重要；② 人類微生物組計劃的第一階段完成的初步任務(wù)包括：鑒定人體微生物組，并鑒定出人類疾病與微生物多樣性之間的聯(lián)系；③ 在下一步的研究中，需要找到微生物組與疾病相關(guān)性的背后機制；④ 本綜述關(guān)注最新的研究中，腸道菌群影響人體健康的分子機制；⑤ 這些機制包括：共生細菌誘導(dǎo)的氧化還原依賴性細胞信號活化、細胞對細菌產(chǎn)生的短鏈脂肪酸產(chǎn)生的反應(yīng)、細菌釋放的細菌素的抗致病菌活性。

The Influence of the Gut Microbiota on Host Physiology: In Pursuit of Mechanisms

一圖讀懂：菌群+生化+分子，開天辟地！(超強Science文，必讀)

Science[IF:37.205]

① 腸道微生物對外來化合物的代謝至關(guān)重要，它們將各種各樣的膳食成分、工業(yè)化合物和藥物代謝成不同活性、毒性和壽命期的代謝產(chǎn)物；② 這其中的化學機制往往與人體自身的酶有所不同，但以往人類對此知之甚少；③ 隨著技術(shù)的進步，一些科學家開始進行相關(guān)機制的系統(tǒng)性研究，并取得了一系列重要進展；④ 對腸道微生物代謝外來化合物的分子機制的理解，將最終引導(dǎo)個體化醫(yī)學和營養(yǎng)，指導(dǎo)毒理學風險評估并推動藥物發(fā)現(xiàn)和研發(fā)。

Chemical transformation of xenobiotics by the human gut microbiota

2017-06-23  DOI: 10.1126/science.aag2770

Cell：細菌怎樣控制大腦和行為？(長圖+綜述)

Cell[IF:30.410]

① 神經(jīng)發(fā)育同時受內(nèi)外信號調(diào)控，很多外周信號影響精神疾病的發(fā)生；② 在焦慮、抑郁、認知缺陷和自閉癥中，腸道與大腦聯(lián)系密切；③ 在產(chǎn)前和產(chǎn)后，來源于腸道菌群的分子信號等關(guān)鍵環(huán)境因素，影響健康且功能健全的大腦發(fā)育；④ 腸道菌群影響血腦屏障、髓鞘、神經(jīng)形成，小膠質(zhì)細胞成熟等基礎(chǔ)性神經(jīng)發(fā)育進程，調(diào)控動物的多種行為；⑤ 本文系統(tǒng)討論神經(jīng)發(fā)育與菌群的生物學交集，探討腸道細菌如何參與神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)育和功能并平衡精神健康與疾病。

The Central Nervous System and the Gut Microbiome

2016-11-03  DOI: 10.1016/j.cell.2016.10.027

Cell：到底怎樣能長壽？4張圖教你改善代謝！(長圖+必讀綜述)

Cell[IF:30.410]

① 人和微生物組成的超個體是復(fù)雜代謝系統(tǒng)，營養(yǎng)素攝入、體力活動和廢物利用推動合成和分解反應(yīng)，并最終決定發(fā)育、成熟和衰老；② 代謝產(chǎn)物對生理和病理性衰老起決定作用，隨年齡增長，“代謝時鐘”的作用會累積，生物適合度降低；③ 先天性缺陷加劇衰老，而極長壽相關(guān)基因座也影響代謝，衰老九大標志都與不良代謝改變有關(guān)；④ 高熱量營養(yǎng)和久坐等西化生活方式，帶來不良代謝后果并加劇衰老；能量限制等策略則有多重代謝好處并延長壽命。

Metabolic Control of Longevity

2016-08-11  DOI: 10.1016/j.cell.2016.07.031

Nature醫(yī)學：菌群與腸外器官的連接機制及影響（長圖+綜述）

Nature Medicine[IF:29.886]

① 腸道生態(tài)系統(tǒng)里數(shù)以萬億計的細菌形成一個生物反應(yīng)器，由飲食中的營養(yǎng)素驅(qū)動并生成生物活性物質(zhì)；② 代謝產(chǎn)物將信號傳導(dǎo)到遠端器官，使細菌與免疫和激素系統(tǒng)、大腦、宿主代謝及其他生理功能相連接；③ 微生物-宿主通訊對維持生理功能至關(guān)重要，菌群與肥胖、炎癥性疾病、神經(jīng)發(fā)育障礙有關(guān)生理異常等疾病相關(guān)；④ 本文系統(tǒng)介紹菌群-宿主相互作用及腸道菌群如何與腸外器官通訊，探討這對宿主生理學的影響機制，及錯誤信號如何促成不同疾病。

Signals from the gut microbiota to distant organs in physiology and disease

2016-10-06  DOI: 10.1038/nm.4185

Gut：新的臨床前沿——腸道菌群與健康（綜述）

Gut[IF:16.658]

這是2015年發(fā)表在Gut的經(jīng)典綜述，適合于臨床醫(yī)生閱讀：① 腸道菌群像是我們的一個器官，提供了治療性干預(yù)的新路徑；② 但更準確的說，腸道菌群更像是免疫系統(tǒng)的一部分，與宿主之間一唱一和，促進健康或是發(fā)起疾病；③ 本綜述總結(jié)代謝及肥胖相關(guān)的腸道疾病、肝病、IBD以及大腸癌與腸道菌群的相關(guān)性；④ 評估使用抗生素、益生菌、益生元、多元酚以及糞菌移植等方法改變腸道菌群組成的治療方法。

The gut microbiota and host health: a new clinical frontier

2015-09-02  DOI: 10.1136/gutjnl-2015-309990

NEJM：一圖徹底讀懂腸易激綜合征（IF: 72.4，超級綜述）

The New England Journal of Medicine[IF:72.406]

① 腸易激綜合征（IBS）是慢性疾病，有時引起失能，嚴重影響病人生活質(zhì)量和工作效率；② 傳統(tǒng)認為IBS無明顯結(jié)構(gòu)或生化異常，新證據(jù)表明其具備不同病理生理紊亂，不太可能只是單一疾病或精神（軀體感覺）障礙；③ 羅馬IV標準認為IBS是與排便疼痛、糞便次數(shù)或形態(tài)相關(guān)的復(fù)發(fā)性腹痛，普遍伴有腹脹，有特定發(fā)作時間規(guī)律；④ 在美國，發(fā)病率為7-16%，女性及年輕人居多，其帶來巨大醫(yī)療負擔，準確診斷、減少侵入性檢查、推薦有效治療方法，都很必要。

Irritable Bowel Syndrome

2017-06-29  DOI: 10.1056/NEJMra1607547

一圖徹底讀懂：利用菌群精準診療癌癥 (必讀)

Frontiers in Physiology[IF:4.134]

① 盡管針對癌癥的高通量測序技術(shù)蓬勃發(fā)展，但癌癥的個體化治療仍面臨巨大挑戰(zhàn)；② 腸道菌群失調(diào)已被證明與癌癥等復(fù)雜性疾病的成因與演化有關(guān)，這被認為是精準診斷和治療癌癥的可靠新方向；③ 微生物組研究整合了臨床認知、高通量測序數(shù)據(jù)、生物信息學和系統(tǒng)生物學策略，拓展了精準醫(yī)學概念中個體化治療癌癥的新視野；④ 本文系統(tǒng)性總結(jié)相關(guān)領(lǐng)域最新進展：揭開微生物和癌癥相關(guān)性的測序和代謝組分析技術(shù)、計算方法和系統(tǒng)生物學解決方案。

Host-Microbiome Interaction and Cancer: Potential Application in Precision Medicine

2016-12-09  DOI: 10.3389/fphys.2016.00606

Nature：腸道菌群到底如何調(diào)節(jié)人體的代謝？(綜述)

Nature[IF:40.137]

① 通過動物模型和人身上的研究，腸道菌群與肥胖有關(guān)的機制已近浮出水面；② 越來越多研究說明腸道菌群是飲食影響宿主代謝狀態(tài)的調(diào)節(jié)子；③ 目前，人類關(guān)注的焦點是：建立相關(guān)因果關(guān)系，探索個體化營養(yǎng)等干預(yù)療法的前景；④ 本文介紹膳食纖維、短鏈脂肪酸、菌群代謝產(chǎn)物、炎癥和飲食、干預(yù)手段等內(nèi)容。

Diet–microbiota interactions as moderators of human metabolism

2016-07-06  DOI: 10.1038/nature18846

Nature Reviews：一圖讀懂食物+菌群如何影響大腸癌（綜述）

Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology[IF:13.678]

① 越來越多證據(jù)表明，肉類增加大腸癌風險，而膳食纖維抑制風險；② 腸道菌群發(fā)酵食物殘留并產(chǎn)生丁酸等短鏈脂肪酸，這為它們自己提供能量，也滿足結(jié)腸和人身體的代謝所需；③ 丁酸通過對免疫力、基因表達和表觀遺傳調(diào)節(jié)的影響，維持腸黏膜緊密度并抑制炎癥和癌變；④ 菌群也代謝蛋白質(zhì)殘留和脂肪刺激的膽汁酸，生成炎癥和/或致癌代謝物，增加腫瘤風險；⑤ 本綜述系統(tǒng)性討論這些微生物代謝產(chǎn)物作用的背后機制，并探討通過飲食預(yù)防大腸癌的可能性。

Diet, microorganisms and their metabolites, and colon cancer

2016-11-16  DOI: 10.1038/nrgastro.2016.165

Nature Reviews：一圖讀懂呼吸道菌群（必讀綜述）

Nature Reviews Microbiology[IF:26.819]

① 從鼻孔到肺泡，呼吸道的每個特定位置上都定殖有細菌群落；② 呼吸道菌群扮演著抵抗病原體定殖的看門人角色，也可能參與呼吸道生理學和免疫功能成熟與穩(wěn)態(tài)維持；③ 驅(qū)動呼吸道微生物群落發(fā)育的生態(tài)和環(huán)境因子、群落如何影響呼吸道健康以及呼吸道菌群在宿主生理學中的功能是當下研究熱點；④ 本文系統(tǒng)性介紹支持在維持人體健康中呼吸道菌群的生理作用的流行病學、生物學和功能證據(jù)。

The microbiota of the respiratory tract: gatekeeper to respiratory health

2017-03-20  DOI: 10.1038/nrmicro.2017.14

Cell：少吃點，別營養(yǎng)不良，能健康長壽?。ňC述）

Cell[IF:30.410]

① 減少食物攝入并防止營養(yǎng)不良在各種動物模型及人類中可緩解衰老及衰老相關(guān)疾病；② 近期研究發(fā)現(xiàn)，進食時間十分關(guān)鍵，在不改變營養(yǎng)攝取的情況下，間斷式禁食及調(diào)整后的符合晝夜節(jié)律的飲食對健康有益；③ 減少攝入某些特定營養(yǎng)成分（例如蛋白質(zhì)及某些特定氨基酸）比減少總卡路里攝入更關(guān)鍵；④ 營養(yǎng)對體內(nèi)菌群的調(diào)節(jié)也十分重要，飲食對菌群有著長期（包括代際間）的效應(yīng)；⑤ 介導(dǎo)對飲食的響應(yīng)的代謝、分子、細胞機制還有待研究。

Promoting health and longevity through diet: from model organisms to humans

2015-03-26  DOI: 10.1016/j.cell.2015.02.020

Cell：膳食纖維和短鏈脂肪酸，相當重要！(綜述)

Cell[IF:30.410]

膳食纖維和短鏈脂肪酸的綱領(lǐng)性綜述：① 越來越多研究表明微生物產(chǎn)生的代謝產(chǎn)物，是影響宿主的關(guān)鍵性因素；② 短鏈脂肪酸無疑是其中最主要的一類細菌代謝產(chǎn)物；③ 它們能直接激活G蛋白偶聯(lián)受體，抑制組蛋白去乙酰化酶，并能作為能量物質(zhì)；④ 由此它們能影響許多生理學進程并對健康和疾病產(chǎn)生影響。

From Dietary Fiber to Host Physiology: Short-Chain Fatty Acids as Key Bacterial Metabolites

2016-06-02  DOI: 10.1016/j.cell.2016.05.041

自然綜述：腸道菌群、代謝產(chǎn)物與宿主免疫（必讀?。?/strong>

Nature Reviews Immunology[IF:39.932]

腸道菌群與免疫重要綜述：① 新技術(shù)發(fā)展使得越來越多免疫學家進入到宿主-菌群相關(guān)研究；② 菌群的組成、代謝產(chǎn)物不僅影響免疫穩(wěn)態(tài)，也影響宿主對許多免疫介導(dǎo)疾病的敏感性；③ 本綜述充分介紹了各種研究菌群的新技術(shù)和計算方法；④ 特別關(guān)注特定的微生物代謝產(chǎn)物、細菌組分與免疫系統(tǒng)的關(guān)系。

Gut microbiota, metabolites and host immunity

2016-05-27  DOI: 10.1038/nri.2016.42

Nature子刊：菌群如何促癌或抗癌（長圖+綜述）

Nature Microbiology[IF:N/A]

① 越來越多研究關(guān)注菌群（尤其指腸道菌群）如何為宿主系統(tǒng)提供微環(huán)境以促進或阻止腫瘤生成；② 菌群在宿主生理中行使核心作用，而生活方式、飲食和炎癥等已知的腫瘤風險因素可直接影響菌群；③ 菌群在癌變中的廣泛影響及對立角色，有助于描繪微生物和宿主之間復(fù)雜而又矛盾的關(guān)系，并可能有利于有效療法的開發(fā)；④ 本綜述系統(tǒng)介紹菌群的促癌和抗癌作用，并強調(diào)微生物在抑制腫瘤生成中的治療潛力。

Carcinogenesis and therapeutics: the microbiota perspective

2017-02-22  DOI: 10.1038/nmicrobiol.2017.8

TM：人如何改善飲食，才能與微生物和諧共生？(長圖+綜述)

Trends in Microbiology[IF:11.020]

① 西方生活方式的流行伴隨著微生物的改變，這是慢性、非傳染性、免疫相關(guān)疾病的誘因；② 了解個體菌群有助于最優(yōu)化飲食干預(yù)，個性化飲食定制是獲得最佳效果的首要前提；③ 腸道微生物組的新技術(shù)和方法，促進鑒定出源于微生物并與健康相關(guān)的代謝產(chǎn)物；④ 這些分子將引導(dǎo)下一代益生菌的選擇和膳食推薦，也可最優(yōu)化原住腸道菌群的效率；⑤ 維持腸道生態(tài)系統(tǒng)運行良好和促進健康的解決方案應(yīng)該是個體化的、美味可口并且是盡可能廣泛適用的。

Rethinking Diet to Aid Human–Microbe Symbiosis

2016-10-27  DOI: 10.1016/j.tim.2016.09.011

Nature Medicine：幼兒菌群如何影響健康？(必讀綜述)

Nature Medicine[IF:29.886]

新生兒菌群綱領(lǐng)性文獻：① 基因、胎內(nèi)環(huán)境、分娩方式等塑造菌群；② 抗生素、飲食、益生菌、膳食補充劑、環(huán)境及基因影響菌群；③ 菌群對免疫系統(tǒng)發(fā)育至關(guān)重要，并與各種代謝和自身免疫性疾病發(fā)生有關(guān)；④ 在疾病發(fā)生不同階段，分別可用預(yù)防接種、飲食干預(yù)、抗生素、微生物移植等方法來預(yù)防和治療。

The microbiome in early life: implications for health outcomes

2016-07-07  DOI: 10.1038/nm.4142

Cell子刊：一圖讀懂免疫-代謝-菌群對話的分子機制（必讀）

Cell Metabolism[IF:18.164]

① 免疫系統(tǒng)不僅在抗感染和抗腫瘤保護中發(fā)揮作用，而它在調(diào)節(jié)系統(tǒng)性代謝平衡中的作用被越來越多了解；② 在人的一生中，免疫和代謝系統(tǒng)之間的對話對促進代謝健康很關(guān)鍵，并在適應(yīng)變化莫測的的環(huán)境和營養(yǎng)條件時發(fā)揮基礎(chǔ)性作用；③ 擾亂免疫-代謝之間的復(fù)雜相互作用，會促進代謝狀態(tài)的改變趨勢，并可能發(fā)展成營養(yǎng)不良、2型糖尿病以及其他代謝綜合征特征；④ 宿主基因、營養(yǎng)狀況以及腸道菌群都是免疫-代謝相互作用的調(diào)節(jié)因素。

The Role of the Immune System in Metabolic Health and Disease

2017-03-07  DOI: 10.1016/j.cmet.2017.02.006

Circulation：一圖讀懂腸道菌群到底如何促進心血管疾病

Circulation[IF:19.309]

① 腸道菌群失調(diào)與眾多慢性病相關(guān)，被充分研究的三甲胺/氧化三甲胺通路已被證明與心血管疾病發(fā)生有關(guān)；② 本文是這方面研究的開拓者，美國克利夫蘭醫(yī)學中心心血管內(nèi)科的W. H. Wilson Tang和Stanley L. Hazen對自身和其他團隊相關(guān)工作的簡要總結(jié)；③ 其中的圖清晰地展示了食物中的膽堿、卵磷脂等如何被一步步代謝為三甲胺和氧化三甲胺并影響巨噬細胞、內(nèi)皮細胞和血小板的活性并進而引起終端器官病變；④ 也簡要介紹了研究局限性和未來的方向。

The Gut Microbiome and Its Role in Cardiovascular Diseases

2017-03-13  DOI: 10.1161/CIRCULATIONAHA.116.024251

Nature子刊：一圖讀懂菌群-免疫-神經(jīng)互作（必讀綜述）

Nature Neuroscience[IF:17.839]

① 腸道菌群在調(diào)節(jié)大腦發(fā)育和行為中起核心作用，免疫系統(tǒng)是這些相互作用的重要調(diào)節(jié)因素；② 腸道微生物調(diào)節(jié)駐留于中樞神經(jīng)系統(tǒng)的免疫細胞的成熟和功能，且影響能調(diào)節(jié)神經(jīng)炎癥反應(yīng)、大腦損傷、自身免疫和神經(jīng)生成的外周免疫細胞的活化；③ 腸道微生物和免疫系統(tǒng)都涉及自閉癥、抑郁癥和阿爾茲海默癥等神經(jīng)發(fā)育、精神性和神經(jīng)退行性疾病的發(fā)病機理和表現(xiàn)；④ 本文系統(tǒng)闡述在菌群-腸道-大腦之間通訊中，駐留在中樞神經(jīng)系統(tǒng)或外周的免疫通路。

Interactions between the microbiota, immune and nervous systems in health and disease

2017-01-16  DOI: 10.1038/nn.4476

一圖讀懂：壞營養(yǎng)促癌！好營養(yǎng)防癌抗癌??！(Nature子刊必讀綜述)

Nature Immunology[IF:21.506]

① 能量過剩和久坐的生活方式、高脂高糖的西式飲食易致癌，其中機制錯綜復(fù)雜，包括但不限于：增加炎癥反應(yīng)、減少免疫監(jiān)視、增加致病代謝產(chǎn)物或營養(yǎng)因子等；② 改善營養(yǎng)質(zhì)量和數(shù)量或利用特定的宏量/微量營養(yǎng)素，或都有助于腫瘤的預(yù)防和治療；③ 在以往，相關(guān)機制研究主要是體外實驗，或采用有免疫缺陷的小鼠作為模型；④ 未來，應(yīng)重視構(gòu)建定殖了人源化菌群的免疫活性小鼠模型，臨床試驗也應(yīng)采用先進的免疫檢測方法來獲得令人信服的結(jié)果。

Nutrition, inflammation and cancer

2017-07-19  DOI: 10.1038/ni.3754

CR：最新最全的菌群入門讀本（吐血推薦）

Cancer Research[IF:9.122]

這是迄今為止，最全面介紹菌群的單一文章：① 從菌群如何維持宿主健康和菌群分類學相關(guān)內(nèi)容開始，全面介紹嬰兒期菌群以及菌群與衰老、免疫功能、肥胖和心血管疾病等慢性疾病、行為和精神健康的關(guān)系；② 強調(diào)幼兒早期的菌群建立對之后的健康至關(guān)重要，在這其中對免疫系統(tǒng)的訓練和宿主免疫耐受極為關(guān)鍵；③ 介紹有益微生物如何抵御病原體，菌群如何影響腸黏膜屏障和腸道炎癥；④ 特別重篇幅介紹菌群與腫瘤的關(guān)系、通過細菌治療腫瘤的方法等內(nèi)容。

The Host Microbiome Regulates and Maintains Human Health: A Primer and Perspective for Non-Microbiologists

2017-03-14  DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-16-2929

40分強文：一圖讀懂母親菌群&營養(yǎng)如何塑造孩子免疫系統(tǒng)！

Nature Reviews Immunology[IF:39.932]

① 未出生的胎兒暴露在大量母親菌群的代謝產(chǎn)物中；② 腸道菌群組成表現(xiàn)出很強的個體化特征，且受到包括營養(yǎng)在內(nèi)的環(huán)境因素影響；③ 母親菌群可代謝飲食組分、藥物及毒素，代謝產(chǎn)物可被傳遞給發(fā)育中的胎兒或母乳期的新生兒；④ 本綜述討論了營養(yǎng)、母親菌群及攝入的化學物質(zhì)之間的復(fù)雜互作，總結(jié)了這些因素對后代免疫系統(tǒng)的影響；⑤ 例如，母親受到的壓力（包括LPS、營養(yǎng)不良等）通過誘導(dǎo)促腎上腺皮質(zhì)激素的釋放而弱化后代的免疫系統(tǒng)。

How nutrition and the maternal microbiota shape the neonatal immune system

2017-06-12  DOI: 10.1038/nri.2017.58

Cell：一圖讀懂代謝控制中的腸腦軸（必讀綜述）

Cell[IF:30.410]

關(guān)于腸腦軸影響代謝控制的必讀綜述：① 人類的能量代謝偏愛于肥胖而非瘦弱，美味、易得和高熱量食物導(dǎo)致前所未有的的肥胖及相關(guān)代謝疾病共流行，而傳統(tǒng)生活方式干預(yù)似乎對此束手無策；② 近期的一些研究，鑒定出一些幫助大腦和胃腸道系統(tǒng)通訊以控制能量平衡的分子信號通路，同時對減肥手術(shù)效果相關(guān)分子機制也有了新見解；③ 或許可以樂觀地認為：模擬、增強和/或調(diào)節(jié)腸-腦信號的精準新藥會在阻止肥胖和2型糖尿病流行中具有前所未有的潛力。

Gut-Brain Cross-Talk in Metabolic Control

2017-02-23  DOI: 10.1016/j.cell.2017.01.025

Cell子刊：一圖讀懂研究營養(yǎng)-菌群-生理的方法（必讀）

Cell Metabolism[IF:18.164]

① 營養(yǎng)學對塑造任何一方面的動物生物學都是最重要的，此外，腸道菌群對生理學的影響也被廣為認知；② 假定飲食也塑造腸道菌群，那么關(guān)于營養(yǎng)環(huán)境和菌群如何一起影響動物生理學的研究會成為全新領(lǐng)域的核心問題；③ 本文總結(jié)近期利用動物模型和人身上的相關(guān)研究，并提出能定義飲食-生理學-菌群系統(tǒng)研究界限并最終與人體健康相關(guān)聯(lián)的整合性框架；④ 營養(yǎng)幾何學在這個框架中占據(jù)核心地位，并提供了定義最適于個體和人群的飲食組成的手段。

Integrative Physiology: At the Crossroads of Nutrition, Microbiota, Animal Physiology, and Human Health

2017-03-07  DOI: 10.1016/j.cmet.2017.02.001

Nature Reviews：菌群到底如何影響動脈硬化？(長圖+綜述)

Nature Reviews Cardiology[IF:14.299]

系統(tǒng)總結(jié)菌群影響動脈粥樣化形成的三條路徑：① 病灶處或遠端的感染可能造成有害炎癥響應(yīng)，加劇斑塊發(fā)展或觸發(fā)斑塊破裂；② 腸道菌群代謝膽固醇和脂肪會影響動脈粥樣硬化斑塊發(fā)展；③ 被菌群代謝的飲食和特定成分可能會對動脈粥樣硬化有不同影響，如膳食纖維是有益的，而細菌代謝產(chǎn)物三甲胺則被認為是有害的；④ 盡管一些特定細菌分類被認為與動脈粥樣硬化有關(guān)，但關(guān)于腸道菌群是如何促進動脈粥樣硬化和心血管疾病的幾個關(guān)鍵性問題仍待解答。

Role of gut microbiota in atherosclerosis

2016-12-01  DOI: 10.1038/nrcardio.2016.183

NRI：一圖讀懂菌群如何塑造免疫系統(tǒng)（綜述）

Nature Reviews Immunology[IF:39.932]

關(guān)于腸道菌群（失調(diào)）與免疫系統(tǒng)的綱領(lǐng)性文獻：① 腸道菌群失調(diào)與眾多疾病有關(guān)，但闡述其間的機制以及因果性的宿主-菌群關(guān)聯(lián)都還不算明確；② 本文探討微生態(tài)失調(diào)的概念以及它們與免疫學的關(guān)聯(lián)、細菌失調(diào)的原因與后果以及它們在常見疾病分子病因?qū)W中的作用、對合理設(shè)計新療法的影響；③ 對生態(tài)失調(diào)緣起、它的內(nèi)生和外在調(diào)節(jié)進程、其對下游通路影響的分子水平理解，有助于開發(fā)靶向微生物組以應(yīng)對許多常見自身免疫性疾病的療法。

Dysbiosis and the immune system

2017-03-06  DOI: 10.1038/nri.2017.7

Nature Reviews：腸肺相連，靶向腸道菌群治療肺部疾病（必讀綜述）

Nature Reviews Microbiology[IF:26.819]

① 菌群對免疫系統(tǒng)發(fā)育和體內(nèi)穩(wěn)態(tài)至關(guān)重要；② 呼吸道和腸道微生物組成和功能的改變（被稱為“失調(diào)”），近來被認為與免疫響應(yīng)的變化和肺部疾病的發(fā)生和發(fā)展有聯(lián)系；③ 本文綜述總結(jié)了：在健康的胃腸道和呼吸道中常見的微生物物種，它們在疾病中的失調(diào)以及與腸-肺軸的相互作用；④ 雖然腸-肺軸才剛剛開始被認識和理解，新的證據(jù)表明存在靶向操控腸道菌群以治療肺部疾病的潛力。

Emerging pathogenic links between microbiota and the gut–lung axis

2016-10-03  DOI: 10.1038/nrmicro.2016.142

Science：一圖讀懂糖尿病和肥胖的發(fā)生機制（綜述）

Science[IF:37.205]

① 社會與經(jīng)濟因素影響二型糖尿病及肥胖在人群中的分布情況；② 這些因素在易感人群中起作用，遺傳因素與環(huán)境因素共同影響個人易感性；③ “西方化”的生活方式可能是罪魁禍首，但找到最關(guān)鍵的與疾病有因果關(guān)系的環(huán)境因素十分重要；④ 本綜述介紹了對二型糖尿病及肥胖的遺傳基礎(chǔ)的研究，可通過這些研究找到引起疾病的非遺傳因素。

Exposing the exposures responsible for type 2 diabetes and obesity

2016-10-07  DOI: 10.1126/science.aaf5094

Nature Reviews：一圖讀懂細菌影響化療的所有已知機制（必讀）

Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology[IF:13.678]

① 腸道菌群通過促進藥效、清除和損害抗癌效果及降低毒性來調(diào)節(jié)宿主對化療藥物的響應(yīng)；② 腸道細菌與化療藥物（5-氟尿嘧啶、環(huán)磷酰胺、伊立替康、奧沙利鉑、吉西他濱、氨甲喋呤）、抗PD-L1和抗CTLA-4等靶向性免疫療法的藥理作用關(guān)系密切；③ 可用TIMER總結(jié)相關(guān)機制：易位（T）、免疫調(diào)節(jié)（I）、代謝（M）、酶降解（E），多樣性降低與生態(tài)變化（R）；④ 腸道菌群將在個體化治療策略中占重要地位，是改善化療療效并降低化療藥物毒性的良好靶標。

Gut microbiota modulation of chemotherapy efficacy and toxicity

2017-03-08  DOI: 10.1038/nrgastro.2017.20

李松林+陳虎彪等：草藥與菌群如何互作？(綜述)

MEDICINAL RESEARCH REVIEWS[IF:8.763]

① 草藥對人體健康、治療和預(yù)防疾病有很大潛在作用，但人們對相關(guān)科學基礎(chǔ)知之甚少，這可能堙沒它們的價值并阻礙草藥現(xiàn)代化；② 越來越多證據(jù)表明腸道菌群通過與草藥成分的互作，在草藥療法中起重要作用；③ 草藥可能改變腸道菌群的組成，改善腸道菌群失調(diào)；④ 腸道菌群可能將草藥中的化學成分轉(zhuǎn)化為有不同生物活性/毒性及不同生物利用度的代謝產(chǎn)物，也可能介導(dǎo)草藥的不同成分之間的相互作用；⑤ 本文首次對草藥與腸道菌群的互作進行系統(tǒng)闡述。

Understanding the Molecular Mechanisms of the Interplay Between Herbal Medicines and Gut Microbiota

2017-01-04  DOI: 10.1002/med.21431

TM：研究腸道微生物組，都有哪些新興技術(shù)？(必讀綜述)

Trends in Microbiology[IF:11.020]

① 系統(tǒng)總結(jié)90年代以來腸道菌群研究的技術(shù)發(fā)展歷程；② 下一代測序技術(shù)：徹底改變了確定微生物種類、它們在健康和疾病中角色的研究方法；③ 新培養(yǎng)技術(shù)：許多之前不能培養(yǎng)的微生物現(xiàn)在得以培養(yǎng)，得以洞察群落的動態(tài)和網(wǎng)絡(luò)關(guān)系；④ 干細胞和組織工程技術(shù)：類器官構(gòu)建成為現(xiàn)實，助力經(jīng)濟的、高通量的微生物組研究；⑤ 菌群干預(yù)技術(shù)：益生元、益生菌、噬菌體、糞菌移植等成為塑造微生物群落組成和功能、預(yù)治疾病的新工具。

Emerging Technologies for Gut Microbiome Research

2016-07-15  DOI: 10.1016/j.tim.2016.06.008

Nature Reviews：徹底理解糞菌移植的機制（綜述）

Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology[IF:13.678]

① 糞菌移植治療艱難梭菌感染的可能機制有：移植的細菌直接與艱難梭菌進行競爭；結(jié)腸次級膽汁酸代謝的恢復(fù)；通過促進粘膜免疫系統(tǒng)而對腸道屏障進行修復(fù)；② 糞菌移植也對其他疾病有潛在的應(yīng)用前景，比如對抗在抗生素治療的選擇壓力下其他難治的病原體；③ 在一些特定的失衡條件下，糞菌移植也可以考慮用于多種慢性疾??；④ 仍需大量研究以證明糞菌移植的方法和效果。

Understanding the mechanisms of faecal microbiota transplantation

2016-06-22  DOI: 10.1038/nrgastro.2016.98

Nature Reviews：全新的益生元定義和范圍！(必讀綜述)

Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology[IF:13.678]

① 2016年12月，國際益生菌與益生元科學協(xié)會（ISAPP）發(fā)布共識聲明，更新了益生元的定義和范圍；② 對益生元的新定義是：能夠被宿主體內(nèi)的菌群選擇性利用并轉(zhuǎn)化為有益于宿主健康的物質(zhì)；③ 新的定義擴展了益生元的概念，包括可能的非碳水化合物物質(zhì)，可應(yīng)用于胃腸道外的身體其它部位，并且益生元的類型不再僅限于食物；④ 共識聲明的目的在于促使利益相關(guān)者合理地使用“益生元”這一用語；⑤ 最后，本文回顧了益生元的發(fā)展、益生作用及相關(guān)立法。

Expert consensus document: The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics (ISAPP) consensus statement on the definition and scope of prebiotics

2017-06-14  DOI: 10.1038/nrgastro.2017.75

一文讀懂：菌群代謝產(chǎn)物如何影響健康及免疫系統(tǒng)（綜述）

Cell Metabolism[IF:18.164]

① 免疫細胞的發(fā)育及行為很大程度上依賴于菌群代謝產(chǎn)物；② 腸道細菌可將飲食中的組分轉(zhuǎn)化為免疫調(diào)節(jié)代謝產(chǎn)物：降解纖維素產(chǎn)生的短鏈脂肪酸具有抗炎癥作用；③ 腸道細菌可對宿主的代謝產(chǎn)物進行生化修飾：將初級膽汁酸轉(zhuǎn)化為次級膽汁酸，轉(zhuǎn)化過程中產(chǎn)生的?；撬峥商嵘衬ど掀さ耐暾裕懼峥梢种拼傺装Y因子的釋放；④ 腸道菌群從頭合成的代謝產(chǎn)物ATP及多糖A對免疫系統(tǒng)也有關(guān)鍵的調(diào)節(jié)作用。⑤ 本綜述重點關(guān)注調(diào)控腸道-免疫軸的分子機制。

Understanding the Holobiont: How Microbial Metabolites Affect Human Health and Shape the Immune System

2017-07-05  DOI: 10.1016/j.cmet.2017.05.008

TEM：全面解析菌群、慢性病和免疫（必讀綜述）

Trends in Endocrinology and Metabolism[IF:10.893]

① 慢性炎癥性疾病是如今世界上造成死亡的最重要原因；② 免疫系統(tǒng)引起的炎癥在疾病的發(fā)病中起到關(guān)鍵作用，環(huán)境因素及細胞機制在疾病發(fā)展中也扮演了重要角色；③ 許多慢性炎癥性疾病與菌群的失調(diào)相關(guān)，菌群失調(diào)導(dǎo)致的菌群代謝產(chǎn)物改變可誘發(fā)局部及全身性炎癥；④ 本綜述討論了菌群的變化通過對免疫系統(tǒng)的影響而在慢性疾病中的作用。

Linking the Microbiota, Chronic Disease, and the Immune System

2016-09-09  DOI: 10.1016/j.tem.2016.08.003

Nature Reviews：菌群是腫瘤治療的關(guān)鍵組織者（必讀綜述）

Nature Reviews Cancer[IF:37.147]

這是關(guān)于菌群與腫瘤治療的階段性綱領(lǐng)性文獻：① 菌群參與腫瘤的起始、發(fā)展和擴散三個階段，這不僅在上皮屏障也在無菌器官中發(fā)生；② 菌群尤其是腸道菌群能調(diào)節(jié)腫瘤治療的響應(yīng)和對毒副作用的敏感性，這已經(jīng)在近期變得越來越明確；③ 本綜述討論菌群調(diào)節(jié)化療、放療和免疫療法的能力的相關(guān)證據(jù)，特別關(guān)注其間涉及的微生物物種；④ 并介紹相關(guān)作用機制以及靶向菌群以提高抗癌療效而防止毒性的可能性。

Microbiota: a key orchestrator of cancer therapy

2017-03-17  DOI: 10.1038/nrc.2017.13

Nature Reviews：菌群用于臨床，還遠未成熟（長圖+重磅觀點）

Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology[IF:13.678]

① 新技術(shù)帶來微生物組特別是腸道微生物組（菌群）研究的蓬勃興起，動物實驗表明菌群可能與疾病和健康密切相關(guān)；② 但除少數(shù)例外，現(xiàn)在下菌群改變與人體疾病發(fā)病機理的因果性結(jié)論還為時尚早；③ 健康菌群應(yīng)該是怎樣的仍不明確，所謂的異常微生物特征可能夾帶了眾多混雜因素；④ 將菌群用于臨床還遠未成熟，為此本文除了介紹從臨床角度如何認識菌群與疾病和健康的關(guān)系，還特別提出未來研究的方向，以及在臨床建立菌群與疾病發(fā)生因果關(guān)系的實現(xiàn)方法。

Gut microbiome as a clinical tool in gastrointestinal disease management: are we there yet?

2017-03-30  DOI: 10.1038/nrgastro.2017.29

Martin J Blaser：一文讀懂母嬰菌群的特點（最新，必讀）

Cell Host & Microbe[IF:14.946]

① 人類與微生物共進化，進化讓適應(yīng)性增強，生態(tài)破壞降低人和微生物組的適應(yīng)性；② 孕早期和晚期，腸道菌群明顯變化，順產(chǎn)嬰兒出生后有三類先鋒細菌在腸道占優(yōu)；③ 未懷孕婦女陰道中一般有4種乳酸桿菌的一種為優(yōu)勢菌，懷孕后優(yōu)勢更明顯；④ 子宮里是否有細菌仍不確定，最新一項嚴格設(shè)計的研究認為沒有；⑤ 剖腹產(chǎn)和孕期抗生素會破壞嬰兒菌群的正常建立；⑥ 很多研究在美國，未來還需要有更多地區(qū)的研究，也需要有更多能幫助后代建立菌群的研究。

The Human Microbiome before Birth

2016-11-09  DOI: 10.1016/j.chom.2016.10.014

Gut：一文徹底讀懂菌群研究帶給營養(yǎng)科學的革命！(必讀綜述)

Gut[IF:16.658]

① 菌群研究帶來營養(yǎng)科學的革命，促進流行病學觀察走向機制研究；② 代表性研究有：膳食纖維對疾病的預(yù)防、高度限制飲食的危害及菌群與營養(yǎng)過剩和不良的聯(lián)系；③ 菌群向宿主傳遞營養(yǎng)信號，而食物組成和多樣性決定哪些微生物會定殖、繁衍、持續(xù)或滅絕；④ 單一化飲食致菌群多樣性下降，而這與非正常衰老及虛弱、感染和炎癥風險相關(guān)；⑤ 菌群研究促使人類重新審視膳食指南的制定，促進嬰兒和其他配方食品的開發(fā)，并可能真正使個體化營養(yǎng)成為現(xiàn)實。

Feeding the microbiota: transducer of nutrient signals for the host

2017-04-27  DOI: 10.1136/gutjnl-2017-313872

TFST：腸道菌群及代謝物如何影響肥胖和糖尿?。?綜述)

Trends in Food Science & Technology[IF:5.191]

① 腸道菌群組成及代謝產(chǎn)物的改變影響了宿主的代謝，是許多代謝疾?。ㄈ绶逝旨?型糖尿病）的基礎(chǔ)；② 腸道內(nèi)分泌細胞（EEC）感知腸腔內(nèi)物質(zhì)并分泌激素來調(diào)節(jié)葡萄糖及脂質(zhì)代謝進而影響飽腹感；③ 腸道菌群代謝產(chǎn)物顯著影響了EEC的功能；④ 本綜述討論了腸道菌群及其代謝產(chǎn)物在肥胖及2型糖尿病發(fā)病中的作用；⑤ 越來越多的證據(jù)表明腸道菌群及其代謝產(chǎn)物可調(diào)節(jié)EEC的激素分泌功能，從而調(diào)節(jié)食欲及胰島素分泌。

Interplay between gut microbiota, its metabolites and human metabolism: Dissecting cause from consequence

2016-08-26  DOI: 10.1016/j.tifs.2016.08.009

Cell子刊：肝臟對宿主-菌群互作有何核心作用？(長圖+前景展望)

Cell Host & Microbe[IF:14.946]

① 肝臟從腸道、脾臟、心臟接收血液，對中間代謝、膽汁分泌、維持血液無菌、血清內(nèi)穩(wěn)態(tài)、異生物質(zhì)解毒和免疫活動等生理功能有核心作用；② 肝臟清除滲透進血的微生物，代謝腸道微生物合成或改造的異生物質(zhì)，同時菌群調(diào)節(jié)膽汁酸傳遞的信號；③ 作為激素的膽汁酸，結(jié)合其他不同微生物分子對代謝控制無處不在的影響，強力塑造了肝臟代謝；④ 此外，腸道微生物代謝產(chǎn)物能被定居在肝臟的免疫細胞感知，這可能破壞肝臟穩(wěn)態(tài)，導(dǎo)致纖維化和肝癌。

The Liver at the Nexus of Host-Microbial Interactions

2016-11-09  DOI: 10.1016/j.chom.2016.10.016

Science：抗生素是一把“四刃劍”?。ňC述）

Science[IF:37.205]

抗生素是一把“四刃劍”；前兩者在抗生素剛被發(fā)現(xiàn)時就為人所知：① 幫助對抗細菌的感染；② 防止病原菌在人群和環(huán)境中擴散；而后兩者則是危機：③ 細菌對抗生素產(chǎn)生抗性，減弱抗生素的治療效果；④ 而且最近人們才意識到，抗生素的使用對人體內(nèi)的正常腸道菌群也帶來負面作用，進而影響人體健康。

Antibiotic use and its consequences for the normal microbiome

2016-04-29  DOI: 10.1126/science.aad9358

Cell：菌群和和抗腫瘤免疫監(jiān)視（必讀綜述）

Cell[IF:30.410]

綱領(lǐng)性綜述：① 抗腫瘤免疫反應(yīng)是自身免疫力，被菌群深度影響；② 菌群直接參與抗腫瘤免疫監(jiān)視，也能通過全身性作用影響遠端；③ 機制可能涉及三因素的交叉響應(yīng)：菌群、能塑造T細胞角色的腫瘤抗原、能刺激模式識別受體（影響免疫反應(yīng)類型和強度）的微生物產(chǎn)物；④ 菌群也影響治療帶來的免疫反應(yīng)。

Microbiome and Anticancer Immunosurveillance

2016-04-07  DOI: 10.1016/j.cell.2016.03.001

Nature Reviews：腸道菌群如何調(diào)節(jié)動物食欲？(必讀綜述)

Nature Reviews Endocrinology[IF:18.318]

① 動物們喂養(yǎng)它們的腸道細菌，這些細菌完全依賴于宿主來提供營養(yǎng)素，以維持生長及保持細菌群落；② 進食后，頭部反射介導(dǎo)的營養(yǎng)素分泌到腸道，并通過腸道荷爾蒙的分泌激活腸道-大腦飽腹通路；③ 向常規(guī)培養(yǎng)的細菌提供營養(yǎng)素，或在營養(yǎng)物質(zhì)進入到結(jié)腸后，會刺激細菌快速生長，并能維持20分鐘；④ 營養(yǎng)素引起的細菌生長動力學，類似于食物引起的腸道飽腹荷爾蒙（如PYY）的分泌動力學；⑤ 依賴于生長期的細菌分子和代謝產(chǎn)物，調(diào)節(jié)飽腹荷爾蒙的腸道分泌；⑥ 全身性細菌分子直接激活中樞食欲通路，這可能使宿主和腸道菌群的能量狀態(tài)一體化。

Role of the gut microbiota in host appetite control: bacterial growth to animal feeding behaviour

2016-09-12  DOI: 10.1038/nrendo.2016.150

Cell：人和微生物，和諧共生的好伙伴？

Cell[IF:30.410]

闡述有益微生物如何與人和諧共生攜手進化：① 它們尋求自己的適合度，同時促進人的健康和適合度；② 它們有如病原體的模式和行為，但實際在推動宿主的耐受抵抗策略；③ 方式有：占據(jù)特定生態(tài)位、滿足宿主代謝需求、調(diào)節(jié)炎癥等；④ 免疫狀態(tài)、基因、食物以及在身體的分布，決定了微生物能否致病。

Cooperative Microbial Tolerance Behaviors in Host-Microbiota Mutualism

2016-06-02  DOI: 10.1016/j.cell.2016.05.049

Nature Reviews：植物和蘑菇對抗肥胖和糖尿病的分子機制（綜述）

Nature Reviews Endocrinology[IF:18.318]

① 許多植物和蘑菇（如靈芝）在傳統(tǒng)中醫(yī)中被應(yīng)用，在保健品中也常見，它們包含抗氧化劑、纖維和其他植物化學物質(zhì)，并通過對不同細胞和生理通路的調(diào)節(jié)以實現(xiàn)抗肥胖和抗糖尿病效果；② 這些效果包括：降低食欲，調(diào)節(jié)脂質(zhì)吸收和代謝，增強胰島素敏感性，生熱作用和改變腸道菌群；③ 本綜述系統(tǒng)介紹這些植物和蘑菇能夠抗肥胖和抗糖尿病的分子機制，并提出將這些食物與已有的抗肥胖方法結(jié)合有助于減少肥胖及其并發(fā)癥。

Anti-obesogenic and antidiabetic effects of plants and mushrooms

2016-09-16  DOI: 10.1038/nrendo.2016.142

TM：嬰兒發(fā)育，要經(jīng)過哪些細菌和病毒里程碑？(必讀綜述)

Trends in Microbiology[IF:11.020]

① 比起成年人，嬰兒腸道細菌和病毒組更為動態(tài)，跨物種交流頻繁，這影響嬰兒發(fā)育過程，也決定健康或疾?。虎?腸道細菌定植增殖過程，伴隨著噬菌體群體的收縮；③ 細菌和病毒都受飲食、環(huán)境和母體條件的影響；④ 幼年微生物組發(fā)展軌跡可預(yù)判后期發(fā)育過程，早年菌群發(fā)育不良可能帶來后期眾多不良健康后果。

The Bacterial Microbiome and Virome Milestones of Infant Development

2016-06-28  DOI: 10.1016/j.tim.2016.06.001