今天是第762期日?qǐng)?bào)。

Nature Reviews：一圖讀懂肝臟疾病中的腸-肝軸（必讀綜述）

Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:13.678]

① 肝臟和腸道經(jīng)膽管、門(mén)靜脈和體循環(huán)進(jìn)行雙向交流；② 肝臟產(chǎn)物影響腸道菌群組成和屏障完整性，腸道因子調(diào)控肝臟的膽汁酸合成和糖脂代謝；③ 肝臟和腸道中的促炎性變化介導(dǎo)了肝纖維化、肝硬化和肝細(xì)胞癌的發(fā)展，這些疾病有共同的發(fā)展途徑；④ 酒精性和非酒精性脂肪肝的共同特征：腸道菌群失調(diào)、通透性增加，膽汁酸、乙醇和膽堿代謝物水平改變；⑤ 研究菌群與肝病的因果機(jī)制需要正確的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和動(dòng)物模型，深入理解腸-肝軸有助于改善肝病管理。

The gut–liver axis and the intersection with the microbiome

05-10  DOI: 10.1038/s41575-018-0011-z

Nature Reviews：一圖讀懂腦-腸-腎軸（必讀綜述）

Nature Reviews Nephrology[IF:12.146]

① 高血壓、慢性腎病往往伴發(fā)，表現(xiàn)為免疫失調(diào)、代謝紊亂和交感神經(jīng)激活等，與腸道失衡及宿主-菌群互作的改變有關(guān)；② 宿主和菌群的腸道代謝產(chǎn)物通過(guò)血液循環(huán)影響全身，外加腸道神經(jīng)和免疫系統(tǒng)，大腦、腸道、菌群和腎臟緊密關(guān)聯(lián)并促進(jìn)疾病發(fā)生；③ 腸道與腎臟之間通過(guò)代謝依賴(lài)性和免疫兩種路徑構(gòu)成“腸-腎軸”，腸道對(duì)腎臟疾病起到基礎(chǔ)性作用；④ 在腸道和菌群失衡時(shí)，大腦中小膠質(zhì)細(xì)胞被活化，促進(jìn)神經(jīng)炎癥和認(rèn)知缺損，促進(jìn)高血壓和腎病發(fā)生。

The gut microbiota and the brain–gut–kidney axis in hypertension and chronic kidney disease

05-14  DOI: 10.1038/s41581-018-0018-2

Nature：改造菌株+配套營(yíng)養(yǎng)支持=可精細(xì)調(diào)控的菌株定殖

Nature[IF:40.137]

① 向擬桿菌株中轉(zhuǎn)化可利用紫菜聚糖的罕見(jiàn)基因位點(diǎn)，使之能利用紫菜聚糖作為碳源；② 通過(guò)喂食紫菜聚糖，在小鼠腸道中形成一種獨(dú)有的代謝生態(tài)位，以供這種改造的外源菌株獨(dú)享，使該菌株可以在含有不同腸道菌群的小鼠中成功植入；③ 調(diào)節(jié)紫菜聚糖的喂食劑量，可精細(xì)調(diào)控該菌株在小鼠腸道內(nèi)的豐度，且該效果可逆；④ 這種靶向的膳食營(yíng)養(yǎng)支持，足以使改造的外源菌株與已在小鼠結(jié)腸隱窩內(nèi)定殖的同基因型菌株競(jìng)爭(zhēng)，并取代后者。

An exclusive metabolic niche enables strain engraftment in the gut microbiota

05-09  DOI: 10.1038/s41586-018-0092-4

Nature：小腸細(xì)菌移位可在遺傳易感個(gè)體中誘發(fā)白血病

Nature[IF:40.137]

① TET2缺陷可造成部分個(gè)體發(fā)生白血病前期骨髓增生（PMP）；② 造血細(xì)胞特異敲除Tet2的小鼠中，存在小腸屏障功能障礙，小腸細(xì)菌（如某些乳桿菌）移位，促炎性IL-6增多；③ Tet2-/-小鼠特定髓系祖細(xì)胞高表達(dá)IL-6受體，被IL-6激活而大量擴(kuò)增，促進(jìn)PMP發(fā)?。虎?無(wú)癥狀的Tet2-/-小鼠中，誘導(dǎo)腸道屏障損傷或系統(tǒng)性微生物信號(hào)（如TLR2激動(dòng)劑），均可促發(fā)PMP；⑤ 抗生素可逆轉(zhuǎn)PMP、無(wú)菌Tet2-/-小鼠不會(huì)發(fā)病，說(shuō)明微生物信號(hào)在PMP疾病進(jìn)展中的重要性。

Microbial signals drive pre-leukaemic myeloproliferation in a Tet2-deficient host

05-16  DOI: 10.1038/s41586-018-0125-z

Science：腸道菌群代謝膽汁酸，影響肝癌免疫監(jiān)視

Science[IF:37.205]

① 抗生素處理小鼠可誘導(dǎo)CXCR6+ NKT細(xì)胞在肝臟募集、增強(qiáng)其生成干擾素-γ的能力，抑制肝臟腫瘤；② 肝竇內(nèi)皮細(xì)胞表達(dá)趨化因子CXCL16（CXCR6配體）調(diào)控NKT細(xì)胞的積累，腸道菌群介導(dǎo)初級(jí)膽汁酸向次級(jí)膽汁酸的轉(zhuǎn)化，可影響這一過(guò)程：初級(jí)膽汁酸增加CXCL16表達(dá)，而次級(jí)膽汁酸作用相反；③ 給抗生素處理的小鼠喂食次級(jí)膽汁酸或定殖代謝膽汁酸的梭菌屬細(xì)菌，可逆轉(zhuǎn)肝臟NKT細(xì)胞積累和抗腫瘤效果；④ 肝癌患者中也存在膽汁酸與CXCL16表達(dá)水平間的關(guān)聯(lián)。

Gut microbiome–mediated bile acid metabolism regulates liver cancer via NKT cells

05-25  DOI: 10.1126/science.aan5931

Science：宿主分泌的IgA可促進(jìn)腸道細(xì)菌定殖

Science[IF:37.205]

① 腸道共生菌脆弱擬桿菌可在結(jié)腸上皮粘膜成群聚集，附著于上皮細(xì)胞頂部的多糖包被，該現(xiàn)象需要細(xì)菌的CCF系統(tǒng)參與；② CCF可感應(yīng)源于宿主的特定聚糖，并調(diào)節(jié)細(xì)菌表面特定的莢膜多糖的轉(zhuǎn)錄，以促進(jìn)與宿主的免疫球蛋白A（IgA）結(jié)合；③ 脆弱擬桿菌可激活宿主的適應(yīng)性免疫，誘導(dǎo)分泌IgA，對(duì)其在腸道粘膜的穩(wěn)定定殖和聚集、與其它細(xì)菌競(jìng)爭(zhēng)生態(tài)位而言，是必須的；④ IgA既可幫助清除病原體保護(hù)腸道屏障，也有助于某些細(xì)菌在腸道黏膜定殖。

Gut microbiota utilize immunoglobulin A for mucosal colonization

05-03  DOI: 10.1126/science.aaq0926

Science子刊：人體缺少I(mǎi)gA對(duì)腸道菌群有什么影響？

Science Translational Medicine[IF:16.796]

① 對(duì)選擇性IgA缺乏癥患者和健康人的糞便進(jìn)行宏基因組分析；② 缺乏與腸道菌群結(jié)合的IgA，不引起患者腸道菌群的明顯改變，但導(dǎo)致輕度菌群失調(diào)，一些促炎性分類(lèi)群增多、抗炎性分類(lèi)群減少，部分口咽細(xì)菌在腸道易位定殖；③ 鑒定出多種IgA靶標(biāo)細(xì)菌，其中4種的含量在患者中顯著改變（1種增加，3種減少）；④ IgM可與IgA靶標(biāo)菌中的一部分有效結(jié)合，只能部分性彌補(bǔ)缺乏IgA對(duì)菌群的影響；⑤ IgA缺乏與系統(tǒng)性炎癥和細(xì)菌依賴(lài)性網(wǎng)絡(luò)的擾動(dòng)相關(guān)。

Microbial ecology perturbation in human IgA deficiency

05-02  DOI: 10.1126/scitranslmed.aan1217

Cell：生酮飲食抗癲癇，需要特定腸道菌

Cell[IF:30.41]

① 兩種小鼠模型表明，腸道菌群介導(dǎo)了生酮飲食（KD）的抗癲癇作用；② KD富集特定腸道菌，共定殖其中的Akk菌和糞副擬桿菌，使抗生素處理和無(wú)菌小鼠中KD的抗癲癇效果恢復(fù)；③ 移植KD小鼠糞菌或補(bǔ)充這兩種菌，可提高普通飲食小鼠的抗癲癇能力；④ 其抗癲癇作用與結(jié)腸、血清和海馬內(nèi)的代謝譜變化相關(guān)：全身γ-谷氨酰氨基酸減少、海馬內(nèi)GABA/谷氨酸比值升高；⑤ 兩種菌互相促進(jìn)生長(zhǎng)，降低了菌群的γ-谷氨酰轉(zhuǎn)肽酶活性，抑制γ-谷氨?；兄诳拱d癇。

The Gut Microbiota Mediates the Anti-Seizure Effects of the Ketogenic Diet

05-24  DOI: 10.1016/j.cell.2018.04.027

Nature：腸道菌群的色氨酸代謝物參與大腦炎癥調(diào)控

Nature[IF:40.137]

① 在多發(fā)性硬化（MS）小鼠模型（EAE）中，小神經(jīng)膠質(zhì)生成TGFα和VEGF-B調(diào)控星形膠質(zhì)細(xì)胞；② TGFα經(jīng)星形膠質(zhì)細(xì)胞的ErbB1受體，抑制其病理活性和EAE進(jìn)展，而VEGF-B可激活星形膠質(zhì)細(xì)胞的FLT-1信號(hào)并惡化EAE；③ 人體中VEGF-B和TGFα參與了小神經(jīng)膠質(zhì)對(duì)星形膠質(zhì)細(xì)胞的調(diào)控，CD14+細(xì)胞中TGFα和VEGF-B的表達(dá)水平與MS病變階段相關(guān)；④ 飲食色氨酸經(jīng)腸道共生菌群代謝，其衍生物經(jīng)芳香烴受體參與小神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞對(duì)星形膠質(zhì)細(xì)胞的調(diào)控、抑制CNS炎癥。

Microglial control of astrocytes in response to microbial metabolites

05-16  DOI: 10.1038/s41586-018-0119-x

Cell：源于飲食和腸道菌群的一類(lèi)物質(zhì)可誘導(dǎo)腸道炎癥

Cell[IF:30.41]

① 鑒定出一類(lèi)含惡唑化合物（OxC），源于工業(yè)、飲食和腸道共生菌等微生物；② OxC可削弱腸上皮細(xì)胞（IEC）中CD1d的脂質(zhì)抗原呈遞功能，減少I(mǎi)L-10生成，促進(jìn)iNKT介導(dǎo)的結(jié)腸炎癥；③ IEC中，OxC可使吲哚胺2,3-雙加氧酶（IDO1）表達(dá)上調(diào)并增強(qiáng)其活性，將色氨酸轉(zhuǎn)化為犬尿酸和黃尿酸等色氨酸衍生物，使芳香烴受體（AhR）活化，從而抑制CD1d介導(dǎo)的IL-10生成；④ 源于飲食和微生物等的OxC，通過(guò)活化IEC中的AhR，觸發(fā)CD1d依賴(lài)性的腸道炎癥反應(yīng)。

Dietary and Microbial Oxazoles Induce Intestinal Inflammation by Modulating Aryl Hydrocarbon Receptor Responses

05-17  DOI: 10.1016/j.cell.2018.04.037

Science子刊：常見(jiàn)抗菌劑三氯生可能誘發(fā)結(jié)腸炎和相關(guān)腫瘤

Science Translational Medicine[IF:16.796]

① 抗微生物制劑三氯生（TCS），在許多日常用品中廣泛應(yīng)用；② 給小鼠喂食低劑量TCS，可導(dǎo)致低度慢性全身性和結(jié)腸炎癥，增加結(jié)腸炎和相關(guān)結(jié)腸癌風(fēng)險(xiǎn)；③ TCS改變腸道菌群多樣性和組成，使雙歧桿菌屬顯著減少，其促炎癥作用依賴(lài)于腸道菌群，對(duì)無(wú)菌小鼠無(wú)效；④ 在誘導(dǎo)結(jié)腸炎小鼠模型中，TCS破壞腸道屏障、增加腸道細(xì)菌及其產(chǎn)物移位，激活TLR4信號(hào)，部分介導(dǎo)了TCS的促結(jié)腸炎作用；⑤ TCS改變腸道菌群和TLR4信號(hào)，進(jìn)而促進(jìn)結(jié)腸炎癥和相關(guān)腫瘤生成。

A common antimicrobial additive increases colonic inflammation and colitis-associated colon tumorigenesis in mice

05-30  DOI: 10.1126/scitranslmed.aan4116

腸道菌群多樣性越低，動(dòng)脈硬化越厲害

European Heart Journal[IF:19.651]

① 在617名中年女性中發(fā)現(xiàn)脈搏波速度（PWV，體現(xiàn)動(dòng)脈僵硬程度）與腸道菌群α-多樣性負(fù)相關(guān)，7個(gè)OTU與PWV顯著負(fù)相關(guān)；② 腸道菌群因素可解釋約8.3%的PWV變化，遠(yuǎn)大于內(nèi)臟脂肪和胰島素抵抗；③ 吲哚丙酸、氧化三甲胺和苯乙酰谷氨酰胺等菌群代謝物，以及胰島素抵抗、內(nèi)臟脂肪、C-反應(yīng)蛋白等代謝綜合征和炎癥指標(biāo)，不是介導(dǎo)菌群對(duì)PWV影響的主要因素；④ 腸道菌群多樣性與女性動(dòng)脈僵硬度負(fù)相關(guān)，獨(dú)立于代謝綜合征，以菌群為靶點(diǎn)或可改善動(dòng)脈老化。

Gut microbial diversity is associated with lower arterial stiffness in women

05-09  DOI: 10.1093/eurheartj/ehy226

JAMA：菌群如何影響動(dòng)脈粥樣硬化風(fēng)險(xiǎn)？

JAMA[IF:44.405]

① 菌群是人體的第二個(gè)基因組，也是額外的內(nèi)分泌器官，腸道菌群可影響動(dòng)脈粥樣硬化；② 菌群可影響肥胖、2型糖尿病、脂代謝和血壓等動(dòng)脈粥樣硬化風(fēng)險(xiǎn)因素，尤其是菌群失調(diào)引起的腸漏和系統(tǒng)性炎癥可觸發(fā)胰島素抵抗；③ 菌群還可直接影響動(dòng)脈粥樣硬化斑塊的形成，包括引起慢性炎癥、影響內(nèi)皮細(xì)胞功能和TMAO水平；④ 有望開(kāi)發(fā)菌群相關(guān)療法，但現(xiàn)有研究中大部分結(jié)論基于動(dòng)物模型、TMAO的作用仍存爭(zhēng)議、對(duì)病毒組認(rèn)識(shí)不足，仍應(yīng)保持批判性態(tài)度。

The Microbiome and Risk for Atherosclerosis

05-14  DOI: 10.1001/jama.2018.5240

趙方慶等：孕期健康可塑造新生兒的初始菌群

Gut[IF:16.658]

① 分析486名孕婦和新生兒出生時(shí)多個(gè)身體部位的樣本（口腔、咽喉、腸道等）；② 新生兒樣本中有豐富的細(xì)菌類(lèi)群，不同部位菌群各有特征，提示新生兒的菌群定植應(yīng)發(fā)生在出生前；③ 患妊娠期糖尿?。℅DM）的孕婦及其新生兒的菌群明顯改變，二者間存在一致的變化趨勢(shì)，不同部位的菌群結(jié)構(gòu)差異降低，某些細(xì)菌與口服糖耐量試驗(yàn)結(jié)果強(qiáng)相關(guān)；④ GDM新生兒胎便的菌群均勻度降低、代謝功能通路減少、某些病毒豐度上升；⑤ GDM改變?cè)袐D及新生兒出生時(shí)的菌群。

Dysbiosis of maternal and neonatal microbiota associated with gestational diabetes mellitus

05-14  DOI: 10.1136/gutjnl-2018-315988

仝小林+趙立平等：中藥復(fù)方富集有益腸道菌，改善2型糖尿病合并高血脂癥

mBio[IF:6.956]

① 2型糖尿病合并高血脂癥患者隨機(jī)分入二甲雙胍或中藥復(fù)方（AMC，含8味中藥）組，治療12周后每組隨機(jī)選取100例進(jìn)行評(píng)估；② 兩種藥物均顯著緩解了患者的高血糖和高血脂，改變了腸道菌群，以Blautia菌屬細(xì)菌為代表的共富集菌的增加與糖脂穩(wěn)態(tài)的改善顯著相關(guān)；③ AMC對(duì)腸道菌群影響更大，改善HOMA-IR和血漿甘油三酯效果更好，與以棲糞桿菌屬細(xì)菌為代表的共富集菌的增多相關(guān)；④ 兩種藥物可能通過(guò)富集Blautia和棲糞桿菌等有益菌功能群來(lái)改善疾病。

Structural Alteration of Gut Microbiota during the Amelioration of Human Type 2 Diabetes with Hyperlipidemia by Metformin and a Traditional Chinese Herbal Formula: a Multicenter, Randomized, Open Label Clinical Trial

05-22  DOI: 10.1128/mBio.02392-17

Cell子刊：科學(xué)禁食改善前驅(qū)糖尿病

Cell Metabolism[IF:18.164]

① 8名前驅(qū)糖尿病男性患者隨機(jī)分入早限時(shí)進(jìn)食（eTRF）組（每天6小時(shí)進(jìn)食期，下午3點(diǎn)前吃晚餐）或?qū)φ战M（每天12小時(shí)進(jìn)食期），為期5周，洗脫期7周后兩組交換；② 兩組食物攝入匹配，受試者可維持體重；③ eTRF降低了胰島素水平，改善了胰島素敏感性和β細(xì)胞功能，降低了血壓（但不影響動(dòng)脈硬化、LDL或HDL膽固醇）和氧化應(yīng)激（但不影響炎癥標(biāo)志物），減少晚上的食欲；④ eTRF與代謝生理節(jié)律吻合，其改善心血管代謝健康的效果不完全依賴(lài)于減重。

Early Time-Restricted Feeding Improves Insulin Sensitivity, Blood Pressure, and Oxidative Stress Even without Weight Loss in Men with Prediabetes

05-10  DOI: 10.1016/j.cmet.2018.04.010

港中大黃曦等：特定細(xì)菌的菌血癥患者，要小心大腸癌！

Gastroenterology[IF:18.392]

① 一項(xiàng)香港的回顧性研究中，納入13096名患菌血癥時(shí)未診斷出癌癥的患者，與32857匹配的非菌血癥患者進(jìn)行對(duì)比；② 菌血癥患者中后續(xù)結(jié)直腸癌（CRC）發(fā)生率高于非菌血癥患者；③ 脆弱擬桿菌、解沒(méi)食子酸鏈球菌、具核梭桿菌、腐敗梭菌、產(chǎn)氣莢膜梭菌、麻疹孿生球菌和某些消化鏈球菌等CRC相關(guān)細(xì)菌的菌血癥，后續(xù)CRC風(fēng)險(xiǎn)大幅升高；④ 這些細(xì)菌與非CRC癌癥無(wú)關(guān)，其它細(xì)菌則不影響CRC發(fā)生率；⑤ 大部分CRC相關(guān)細(xì)菌的菌血癥后一年內(nèi)是CRC診斷的高危期。

Association Between Bacteremia from Specific Microbes and Subsequent Diagnosis of Colorectal Cancer

05-02  DOI: 10.1053/j.gastro.2018.04.028

Immunity：膳食纖維如何在流感中起保護(hù)作用

Immunity[IF:22.845]

① 菊粉及短鏈脂肪酸等可發(fā)酵膳食纖維在流感引起的病理中起保護(hù)作用，可能機(jī)制有兩種；② 一種是：短鏈脂肪酸可通過(guò)增加骨髓中的巨噬細(xì)胞前體細(xì)胞（Ly6c-巡邏單核細(xì)胞）而改善造血作用；③ Ly6c-巡邏單核細(xì)胞的增加導(dǎo)致替代性活化的巨噬細(xì)胞（M2巨噬細(xì)胞）的數(shù)量增加，并在呼吸道中減少趨化因子CXCL1；④ CXCL1的減少導(dǎo)致呼吸道中性粒細(xì)胞招募減少，抑制了感染中的組織免疫病理；⑤ 另一種是：短鏈脂肪酸通過(guò)提高代謝而增強(qiáng)CD8+ 效應(yīng)T細(xì)胞的功能。

Dietary Fiber Confers Protection against Flu by Shaping Ly6c Patrolling Monocyte Hematopoiesis and CD8 T Cell Metabolism

05-15  DOI: 10.1016/j.immuni.2018.04.022

湖南師大等：Imd-NF-κB通路促進(jìn)腸道抗菌免疫同時(shí)維持屏障完整性

Immunity[IF:22.845]

① 腸上皮通過(guò)細(xì)胞脫落和干細(xì)胞活化而不斷更新，這種更新維持腸屏障完整性；② 在果蠅中，細(xì)菌感染激活的Imd-NF-kB通路，不僅誘導(dǎo)抗菌肽（AMP）的表達(dá)，而且通過(guò)不依賴(lài)ROS相關(guān)凋亡的機(jī)制控制腸上皮細(xì)胞（EC）脫落；③ 細(xì)菌感染下，lmd通路協(xié)同JNK通路特異性誘導(dǎo)EC脫落，并需要降低轉(zhuǎn)錄因子GATAe的表達(dá)；④ 細(xì)胞特異性NF-κB反應(yīng)能夠同時(shí)在不同EC群中產(chǎn)生AMP并促進(jìn)EC脫落；⑤ Imd-NF-κB通路介導(dǎo)AMP產(chǎn)生和維持屏障完整性，對(duì)腸道抗菌反應(yīng)至關(guān)重要。

Cell-Specific Imd-NF-κB Responses Enable Simultaneous Antibacterial Immunity and Intestinal Epithelial Cell Shedding upon Bacterial Infection

05-08  DOI: 10.1016/j.immuni.2018.04.010

腸道上皮協(xié)調(diào)粘膜免疫（綜述）

Trends in Immunology[IF:13.287]

① 腸道上皮由腸上皮細(xì)胞、杯狀細(xì)胞、潘氏細(xì)胞、叢細(xì)胞、腸內(nèi)分泌細(xì)胞和微皺褶細(xì)胞組成的單層細(xì)胞結(jié)構(gòu)；② 以短鏈脂肪酸為代表的微生物代謝產(chǎn)物可調(diào)控腸道上皮的內(nèi)穩(wěn)態(tài)，腸上皮內(nèi)穩(wěn)態(tài)也促進(jìn)微生物在腸道中的定殖，當(dāng)內(nèi)穩(wěn)態(tài)打破時(shí)腸道菌群將失調(diào)；③ 腸道上皮通過(guò)表達(dá)Toll樣受體，識(shí)別微生物和代謝產(chǎn)物，觸發(fā)細(xì)胞特異性炎癥體的激活，輔助粘膜免疫防御；④ 腸道上皮作為物理屏障及細(xì)菌與免疫細(xì)胞間免疫防御的協(xié)調(diào)中樞，是維持腸道內(nèi)穩(wěn)態(tài)的關(guān)鍵。

The Intestinal Epithelium: Central Coordinator of Mucosal Immunity

04-28  DOI: 10.1016/j.it.2018.04.002

腸道如何調(diào)控和塑造健康的菌群？（綜述）

Mucosal Immunology[IF:7.478]

① 宿主是塑造腸道菌群的極其重要的因素；② 宿主通過(guò)腸蠕動(dòng)及分泌胃酸、抗菌肽和抗體等物質(zhì)限制小腸菌群數(shù)量，減少其爭(zhēng)奪單糖、氨基酸和脂肪酸等營(yíng)養(yǎng)；③ 宿主通過(guò)維持結(jié)腸上皮細(xì)胞的缺氧狀態(tài)，使多種嚴(yán)格厭氧菌成為健康宿主大腸的主要菌群，短鏈脂肪酸等嚴(yán)格厭氧菌的發(fā)酵產(chǎn)物，可作為宿主營(yíng)養(yǎng)來(lái)源、抑制可能的腸道炎癥；④ 重建腸道上皮細(xì)胞缺氧環(huán)境，可能是糞菌移植之外治療腸道紊亂的替代療法；⑤ 腸道上皮細(xì)胞通過(guò)塑造腸道菌群維持腸道穩(wěn)態(tài)。

Healthy hosts rule within: ecological forces shaping the gut microbiota

05-09  DOI: 10.1038/s41385-018-0010-y

阜外張浩等：慢性缺氧傷腸道菌群，促骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞衰老

Nature Communications[IF:12.124]

① 對(duì)比非紫紺型和慢性缺氧的紫紺型先天性心臟病（CCHD）患者，后者的骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞（BMSC）易發(fā)生早衰、多向性分化潛能受損；② 血液和骨髓中積累的D-半乳糖導(dǎo)致活性氧積累是誘因；③ 缺氧改變CCHD患者腸道菌群多樣性，乳桿菌屬含量顯著減少，與D-半乳糖血液濃度負(fù)相關(guān)，菌群中降解D-半乳糖的酶亦減少；④ 給慢性缺氧大鼠補(bǔ)充乳桿菌，可減少D-半乳糖的積累、恢復(fù)有缺陷的BMSC；⑤ 慢性缺氧使腸道菌群失調(diào)，誘導(dǎo)D-半乳糖積累，促BMSC早衰。

Hypoxia induces senescence of bone marrow mesenchymal stem cells via altered gut microbiota

05-22  DOI: 10.1038/s41467-018-04453-9

Science：細(xì)菌-微電子設(shè)備用于監(jiān)測(cè)腸道健康

Science[IF:37.205]

① 可植入消化道的生物微電子設(shè)備（IMBED）,整合了可感知環(huán)境物質(zhì)并產(chǎn)生熒光的細(xì)菌和有熒光讀取功能的微電子設(shè)備，可到達(dá)常規(guī)設(shè)備難以進(jìn)入的區(qū)域進(jìn)行可逆性的物質(zhì)監(jiān)測(cè)，并通過(guò)無(wú)線(xiàn)通信將結(jié)果傳至外部設(shè)備；② 在胃腸道出血模型中，具有血紅素感應(yīng)通路的工程益生菌作為IMBED感受器，該IMBED被植入豬胃部后，可在2小時(shí)內(nèi)準(zhǔn)確判斷出食用的緩沖溶液中是否含有血液；③ 感應(yīng)系統(tǒng)可替換，硫代硫酸鹽或AHL感應(yīng)系統(tǒng)有望用于檢測(cè)腸道炎癥或菌群變化。

An ingestible bacterial-electronic system to monitor gastrointestinal health

05-25  DOI: 10.1126/science.aas9315

Nature子刊：利用糞便代謝組分析腸道菌群的組成與功能

Nature Genetics[IF:27.959]

① 分析來(lái)自雙胞胎研究的786名個(gè)體的1116個(gè)糞便代謝產(chǎn)物，發(fā)現(xiàn)這些代謝物與年齡和肥胖相關(guān)；② 宿主遺傳可影響糞便代謝組，但程度有限，NAT2基因的一個(gè)重復(fù)位點(diǎn)與糞便代謝性狀相關(guān)；③ 糞便代謝組在很大程度上反映了腸道菌群的組成，腸道菌群組成平均解釋了710種代謝物水平變化的67.7％；④ 糞便代謝組與內(nèi)臟脂肪量密切相關(guān)，說(shuō)明菌群對(duì)腹部肥胖的潛在影響；⑤ 糞便代謝譜分析是探索菌群組成、宿主表型和遺傳復(fù)雜性狀之間的聯(lián)系的新工具。

The fecal metabolome as a functional readout of the gut microbiome

05-28  DOI: 10.1038/s41588-018-0135-7

Nature子刊：如何鑒定調(diào)控表型的代謝產(chǎn)物

Nature Biotechnology[IF:41.667]

① 代謝組學(xué)活性篩選（MAS）整合代謝組學(xué)數(shù)據(jù)與代謝通路和系統(tǒng)生物學(xué)信息，從內(nèi)源性代謝產(chǎn)物中，篩選出可影響表型的候選分子并進(jìn)行驗(yàn)證，適于許多生物系統(tǒng)的高通量篩選；② 代謝產(chǎn)物調(diào)控多種過(guò)程，如干細(xì)胞分化、少突細(xì)胞成熟、2型糖尿病、T細(xì)胞生存和巨噬細(xì)胞免疫應(yīng)答，鑒別代謝產(chǎn)物并用之改變表型有廣闊應(yīng)用前景；③ 挑戰(zhàn)在于如何準(zhǔn)確地識(shí)別最佳候選分子進(jìn)行檢測(cè)，以及非靶向代謝組學(xué)中篩選可能是最有效的表型調(diào)控因子和識(shí)別未知的分子。

Metabolomics activity screening for identifying metabolites that modulate phenotype

04-05  DOI: 10.1038/nbt.4101

Nature Reviews：整合多組學(xué)方法，助力疾病研究（綜述）

Nature Reviews Genetics[IF:40.282]

① 基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)技術(shù)取得進(jìn)展，但每個(gè)技術(shù)單獨(dú)使用并不能發(fā)現(xiàn)大多數(shù)疾病的全部生物學(xué)復(fù)雜性；② 網(wǎng)絡(luò)分析和富集分析等方法可分析多組學(xué)數(shù)據(jù)集來(lái)解析常見(jiàn)疾病的遺傳學(xué)結(jié)構(gòu)；③ 通過(guò)鑒別驅(qū)動(dòng)性突變和分析腫瘤的分子特征，輔助腫瘤的診斷和治療；④ 目前存在著數(shù)據(jù)分析、準(zhǔn)確性與驗(yàn)證、結(jié)果解讀、發(fā)現(xiàn)有關(guān)的組織、可操作性與治療等方面的挑戰(zhàn)；⑤ 健康人群疾病風(fēng)險(xiǎn)的預(yù)測(cè)模型和早期檢測(cè)與疾病的處理將是未來(lái)的發(fā)展方向。

Integrative omics for health and disease

02-26  DOI: 10.1038/nrg.2018.4

腸道菌群與神經(jīng)內(nèi)分泌系統(tǒng)互作（綜述）

Frontiers in Neuroendocrinology[IF:9.425]

① 腸道菌群是腸腦軸重要組分，將腸與中樞神經(jīng)系統(tǒng)聯(lián)系在一起，而中樞神經(jīng)系統(tǒng)可通過(guò)內(nèi)分泌系統(tǒng)調(diào)節(jié)多種生理學(xué)過(guò)程；② 菌群改變導(dǎo)致胃腸道產(chǎn)生不同的激素和作用于神經(jīng)組織的代謝物，以及免疫因子，通過(guò)與宿主神經(jīng)內(nèi)分泌系統(tǒng)互作引起壓力、飲食習(xí)慣、性行為、社交行為、認(rèn)知及上癮等行為改變；③ 需要更多研究和臨床試驗(yàn)來(lái)證明腸道菌群與行為改變間的因果性；④ 性別對(duì)行為的影響、菌群與下丘腦-垂體軸等神經(jīng)內(nèi)分泌軸的互作是未來(lái)研究方向。

The Neuroendocrinology of the Microbiota-Gut-Brain Axis: A Behavioural Perspective

05-14  DOI: 10.1016/j.yfrne.2018.04.002

免疫學(xué)指導(dǎo)炎癥性腸病的治療（綜述）

Annual Review of Immunology[IF:28.396]

① 開(kāi)發(fā)炎癥性腸?。↖BD）的針對(duì)性療法，關(guān)鍵在于了解多因素對(duì)免疫通路的影響；② 多基因IBD的發(fā)病機(jī)制包括IBD相關(guān)的單基因遺傳病、藥物干預(yù)引起的結(jié)腸炎和自身免疫，需要通過(guò)多個(gè)動(dòng)物模型來(lái)研究；③ 免疫檢查點(diǎn)觀點(diǎn)認(rèn)為，固有/獲得性免疫及上皮/間質(zhì)細(xì)胞的應(yīng)答可調(diào)控腸道菌群-宿主互作；④ 重建腸道菌群和恢復(fù)先天性免疫，特別是恢復(fù)自噬和上皮屏障功能，或?yàn)榫徑?、預(yù)防IBD的關(guān)鍵。⑤ 針對(duì)免疫檢查點(diǎn)來(lái)治療IBD，或?yàn)橛行У膫€(gè)性化療法。

Translating Immunology into Therapeutic Concepts for Inflammatory Bowel Disease

04-26  DOI: 10.1146/annurev-immunol-042617-053055

Nature Reviews：飲食如何影響IBD（綜述）

Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:13.678]

① 西式飲食（紅肉、加工食品、精制糖、飽和脂肪）增加IBD的風(fēng)險(xiǎn)；② 可能的機(jī)制包括引起腸道菌群失調(diào)，破壞腸道屏障功能，改變促炎癥性Th17細(xì)胞與調(diào)節(jié)性T細(xì)胞（Treg）的比例；③ 地中海飲食（攝入大量水果與蔬菜、全谷物及海鮮）增加腸道菌群多樣性，維持完整的腸道屏障功能，平衡Th17細(xì)胞與Treg的比例；④ 在一些前瞻性研究中發(fā)現(xiàn)，亞油酸、血紅素鐵等與IBD風(fēng)險(xiǎn)增加相關(guān)，DHA、膳食纖維、鋅、鉀、牛奶等與IBD風(fēng)險(xiǎn)降低相關(guān)。

The role of diet in the aetiopathogenesis of inflammatory bowel disease

05-22  DOI: 10.1038/s41575-018-0022-9

菌群研究助力農(nóng)業(yè)發(fā)展

Nature Plants[IF:10.3]

① 優(yōu)化和最大化利用農(nóng)業(yè)生物系統(tǒng)中菌群的作用，是發(fā)展可持續(xù)農(nóng)業(yè)的必要條件；② 植物相關(guān)菌群的定殖受優(yōu)先效應(yīng)調(diào)控，因此在育種和發(fā)芽期的調(diào)節(jié)將會(huì)更加高效；③ 這包括募集功能菌、抑制病原菌和農(nóng)業(yè)害蟲(chóng)、強(qiáng)化核心菌群等3個(gè)過(guò)程，借助多學(xué)科交叉的研究策略可優(yōu)化農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)的菌群功能；④ 微生物網(wǎng)絡(luò)分析等技術(shù)幫助確定核心菌群的成分，微流體、自動(dòng)化機(jī)器人農(nóng)場(chǎng)和AI技術(shù)則幫助我們篩選和設(shè)計(jì)核心菌群，并檢驗(yàn)不同組合的核心菌群的作用。

Core microbiomes for sustainable agroecosystems

04-30  DOI: 10.1038/s41477-018-0139-4