１９７９年，根據(jù)密縣文化館提供的線索，中國社會科學院考古研究所河南二隊再次復查并首次發(fā)掘了新砦遺址。當時主持發(fā)掘和整理工作的趙芝荃不久提出新砦期文化的概念，即介于龍山文化龍山文化（距今４０００年前）與二里頭文化之間（約公元前１９００至公元前１６００年前后）的過渡期。“新砦期”一經(jīng)提出，在學術(shù)界引起了強烈反響。不過，因首次發(fā)掘規(guī)模不大，復原陶器不多，可以肯定下來的同類遺址又很少，在此后相當長的時間內(nèi)，“新砦期”沒有得到學術(shù)界的認可。

夏商周斷代工程啟動之后，二里頭文化是夏文化的觀點漸占上風。但近年來越來越多的學者傾向認為二里頭文化一期不一定是最早的夏文化。一些專家認為，尋找早期夏文化，不能人為地局限在二里頭文化的范疇之內(nèi)，而應該到早于二里頭文化一期的河南龍山文化晚期遺址當中去尋找。按照趙芝荃早已提出的觀點，早于二里頭文化的首先是“新砦期”，于是，沉寂了２０年的新砦遺址工地，于１９９９年秋天開始了第二次考古發(fā)掘工作。

１９９９年秋季進行的發(fā)掘工作，由北京大學古代文明研究中心和鄭州市文物考古研究所聯(lián)合承擔，李伯謙先生主持，發(fā)掘隊的學術(shù)目的非常明確：重點解決新砦遺址的分期。本次發(fā)掘發(fā)現(xiàn)了介于龍山文化晚期與二里頭文化早期之間的“新砦期”遺存，但由于發(fā)掘面積有限，復原器物不多，而且缺乏二里頭文化早期的地層和遺物，這使得新砦期的論證多少有些薄弱。

據(jù)中國社會科學院考古研究所副研究員趙春青介紹，此后，發(fā)掘隊又對新砦遺址進行了多次發(fā)掘，終于發(fā)現(xiàn)了二里頭文化早期的遺存疊壓新砦期遺存的地層關系。復原的數(shù)百件陶器，豐富了龍山、新砦、二里頭三個考古文化時期的器物群，更加清晰地顯示了三者之間陶器的嬗變關系。此后進行的十多個碳十四測年數(shù)據(jù)，也支持了新砦期晚于龍山文化的相對年代關系，從而證明“新砦期”確實存在。