普遍懷疑的方法是笛卡爾方法論的起點。因為笛卡爾覺得，他從幼年開始就把一大堆錯誤的見解當作真的接受下來，這些知識以及據(jù)此形成的一些見解都是靠不住的，非?？梢傻摹W(xué)校的教育只能加重他的煩悶，求學(xué)除了越來越覺得自己無知外，沒有什么其它的進步。笛卡爾認為，應(yīng)該“認真地、自由地來對我的全部舊見解進行一次總的清算”。“如果我想要在科學(xué)上建立起某種堅定可靠、經(jīng)久不變的東西的話，我就非在我有生之日認真地把我歷來信以為真的一切見解統(tǒng)統(tǒng)清除出去，再從根本上重新開始不可”。

　　笛卡爾的普遍懷疑是方法論上的懷疑，它不同于懷疑論者以懷疑為目的而走向虛無主義，它是以發(fā)現(xiàn)真理，得到確實的知識為目的的。因為在我們原來所接受到的一切知識中，有些是真的，有些是假的；有的確實程度高，有的確實程度低。而它們又如此緊密地糾纏在一起，從而使我們在頭腦中形成了許多偏見，把這些東西都信以為真，阻礙了我們對于真理的認識。任何一個想要發(fā)現(xiàn)真理的人，在一生中至少要進行一次普遍的懷疑。對于這種普遍的懷疑，笛卡爾作了兩個形象的比喻：一是把它比作建造大廈，為了找到堅實的基礎(chǔ)，先把“浮土和沙子排除掉，以便找出巖石或粘土來”。二是把這種懷疑比作挑選爛蘋果，如果一個人有一籃子蘋果，“他害怕其中有些是不新鮮的，想把它們拿出來，以免弄壞其余的蘋果。他能如何著手呢?他是否會首先把籃子倒空，而后把蘋果一個一個地檢查一遍，把那些他看到?jīng)]爛的蘋果挑起來，重新裝回籃子里，而把其余的扔掉呢?這就同這樣一些人的情況完全一樣，這些人從前沒有很好地研究過哲學(xué)，他們在自己的頭腦中保留著從前就開始積累的各種各樣的看法。當他們很有道理地確信這些看法的大多數(shù)不符合真理時，他們便試圖把一些看法同別的看法區(qū)別開來，因為他們害怕把這兩類看法混淆在一起使得全部看法不可靠。為了不犯錯誤，豈不最好還是一下子把它們?nèi)?wbr>拋掉，不管它們當中哪些是真理，哪些是謬誤，而后再對他們逐一加以研究，只保留其中那些被認為是真理的和無可懷疑的東西。”普遍懷疑是發(fā)現(xiàn)真理的一種方法。

　　但是，笛卡爾對真理的存在毫不懷疑，問題在于用什么方法去獲得真理。對此他認為，除了必須拋棄前此操之過急、妄自獨斷、固執(zhí)己見等弊病之外，還應(yīng)有一個真理的標準，用以判別真假。因此，笛卡爾又有一個信念，即良知的存在。他認為良知在實際的生活中等于明智，而在理論的生活中則等于理智。人人都有良知，而且基本上平等，但是為何直到今天，人們?nèi)圆荒苡昧贾獊?wbr>建立共同的形上學(xué)呢?按照笛卡爾的看法，這并不是由于彼此的良知不同，而是彼此在應(yīng)用良知上的情形不同，或者說是應(yīng)用的方法不同，或者是應(yīng)用的對象不同。“一切科學(xué)，就其整體來說，和人的智慧等同。它通常是單一的而且是同一的，但是如果應(yīng)用到不同的事物上，反應(yīng)也就自然不同。猶如陽光照耀在各種物體上，我們便看到各種不同的花色明暗。這個理智等同的信念就成為他的方法根據(jù)。”笛卡爾深信在所有的知識中，數(shù)學(xué)最具資格被稱為真正的科學(xué)。它具有真正科學(xué)的條件和達到真理的方法，所以他要借助數(shù)學(xué)的形式作為一切知識的形式。同時，數(shù)學(xué)方法也是普遍知識的方法，“那一長串連貫的推理極其簡單容易，幾何學(xué)者常習(xí)慣應(yīng)用它們以獲得難證明的事理使我聯(lián)想，凡在人的能力所能認識的范圍內(nèi)，都有同樣的情況，只要你不把任何不是真的當作真的，并遵守演繹程序由一事理推到另一事理，那么就絕不會有遙不可接、隱不可明的事理。所以應(yīng)當在數(shù)學(xué)中尋求理智活動的法則?？茖W(xué)只有一種，因而方法也只有一個，數(shù)學(xué)方法也是其它科學(xué)的方法，這種方法是真切而簡易的規(guī)則總匯。任何人都能應(yīng)用，并且十分方便，只要你仔細遵守，決不會把假的當作真的，日將月就，知識便會不期然地逐漸增加而得到理智所能知道的最高知識。”

　　數(shù)學(xué)上所應(yīng)用的基本方法有兩種：一是直觀；一是演繹。推演真理的程序是由定義、公理而達到結(jié)論。直觀是理智最單純的基本活動，是心靈的直接洞悉，它能供給我們堅定不搖的絕對真理。譬如：每個人洞悉自己存在的事實；思想存在的事實；三角形只有三邊以及球形只有一個表面的事實。只要我們應(yīng)用心靈之眼觀看這些事實，立刻就有明顯的感受，心靈便具有這些事實的明顯觀念。這些觀念即為單純的觀念。在研究任何問題的過程中，我們通常遇到這類單純的觀念。一切難題的解答必須借助他們。演繹也是理智的活動，但是和直觀不同，它們不是理智的單純活動，必須先假定了某些真理(或定義)之后，憑借這些定義推出一些結(jié)論。譬如：我們知道了三角形的定義和定理之后，可以推出一個三角形內(nèi)角的總和等于兩直角之和。所以直觀的功用是在于提供科學(xué)和哲學(xué)的最新原則。而演繹則是應(yīng)用這些原則來建立一些定理和命題。也就是說，直觀是發(fā)明的基本原則，演繹是導(dǎo)致最基本的結(jié)論。不過笛卡爾認為演繹是有缺陷的，因為由同一個原則往往會演繹出不同的結(jié)論，所以應(yīng)當有另一個方法來糾正它。這個糾正的方法就是經(jīng)驗，即所謂的訴諸事實。