1.識別中藥的有效活性成分及各活性成分的作用靶標

• 中藥數(shù)據(jù)庫

TCMSP數(shù)據(jù)庫

網(wǎng)址：https://www./tcmsp.php

優(yōu)點：1.提供化合物的ADME篩選（absorption, distribution, metabolism, and elimination）；2.可以根據(jù)化合物的CAS號查詢化合物信息和靶點。

缺點：靶點只提供蛋白名稱，不提供ID。

ADME參數(shù)含義：https://old./load_intro.php？id=29 

活性成分藥典里有，經(jīng)前期研究以證實有用，但不滿足篩選條件，也需要保留。

ETCM數(shù)據(jù)庫 (Encyclopedia of Traditional Chinese Medicine)

http://www./ETCM/index.php/Home/

Xu HY, Zhang YQ, Liu ZM, Chen T, Lv CY, Tang SH, Zhang XB, Zhang W, Li ZY, Zhou RR, Yang HJ, Wang XJ, Huang LQ. ETCM: an encyclopaedia of traditional Chinese medicine. Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D976-D982.

ETCM v2.0

http://www./ETCM2/front/#/

Zhang Y, Li X, Shi Y, Chen T, Xu Z, Wang P, Yu M, Chen W, Li B, Jing Z, Jiang H, Fu L, Gao W, Jiang Y, Du X, Gong Z, Zhu W, Yang H, Xu H. ETCM v2.0: An update with comprehensive resource and rich annotations for traditional Chinese medicine. Acta Pharm Sin B. 2023 Jun;13(6):2559-2571.

優(yōu)點：1.更新更權(quán)威的算法預測化合物的ADME，并給出綜合分；2.更可靠的商業(yè)軟件預測靶點信息，并給出預測分（0.8以上）；3.給出靶點ID。

缺點：只能按化合物名稱查詢靶點，不能按ID查詢

• 化合物信息數(shù)據(jù)庫

PubChem數(shù)據(jù)庫

https://pubchem.ncbi.nlm./

查詢化合物信息，如化合物名稱、CAS號、SMILES等。

應用于文獻驗證搜靶標

FAFDrugs4網(wǎng)站  （查詢化合物的ADME信息）

https://fafdrugs4.rpbs./

Lagorce D, Bouslama L, Becot J, Miteva MA, Villoutreix BO. FAF-Drugs4: free ADME-tox filtering computations for chemical biology and early stages drug discovery. Bioinformatics. 2017 Nov 15;33(22):3658-3660.

•  基因映射

(1)不同模式生物的同源基因映射，即，其他物種（如豬、鼠等）的ID映射成人的

STRING網(wǎng)站：https://cn./

(2)同一物種的不同基因ID轉(zhuǎn)換

Uniprot數(shù)據(jù)庫：http://www./        Retrieve/ID mapping

DAVID網(wǎng)站：https://david./          Gene ID Conversion

• 靶點預測工具

化合物結(jié)構(gòu)式轉(zhuǎn)換工具：OpenBabel軟件

(1)用化學相似性預測靶點

(1.1)STITCH網(wǎng)站：http://stitch./

(1.2)SwissTargetPrediction網(wǎng)站：http:///

(1.3)SEA：Similarity ensemble approach網(wǎng)站：http://sea.

(2)基于藥效團模型的藥靶預測

PharmMapper網(wǎng)站：http:///pharmmapper/        一般發(fā)現(xiàn)新型分子的時候用

在PubChem上下載化合物的sdf文件；提交化合物文件；等待結(jié)果；檢查結(jié)果

(3)用QSAR（quantitative structure activity relationships）模型預測靶點

TargetNet網(wǎng)站：http://targetnet.（獵豹瀏覽器）

Lipinski Rule of Five——里賓斯基五規(guī)則

化合物的分子量小于500道爾頓

化合物結(jié)構(gòu)中的氫鍵給體（包括羥基、氨基等）的數(shù)量不超過5個

化合物中氫鍵受體的數(shù)量不超過10個

化合物的脂水分配系數(shù)的對數(shù)值（logP）在-2到5之間

化合物中可旋轉(zhuǎn)鍵的數(shù)量不超過10個

2.識別中藥所治療疾病的相關(guān)基因

•  疾病基因數(shù)據(jù)庫

OMIM網(wǎng)站Online Mendelian Inheritance in Man：https:///    遺傳性疾病相關(guān)

DisGeNET網(wǎng)站：http://www./

GeneCards網(wǎng)站：https://www./

• 轉(zhuǎn)錄表達數(shù)據(jù)庫

GEO網(wǎng)站：https://www.ncbi.nlm./geo/

用GEO2R進行分析：

(1)定義組名；(2)選取樣本入組；(3)觀察數(shù)據(jù)分布；(4)差異表達分析；(5)結(jié)果下載

• 西藥數(shù)據(jù)庫

DrugBank網(wǎng)站：https://www./

藥物分類號：https://www./atc