最強(qiáng)攻略 | 常用藥物靶點(diǎn)、蛋白靶點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)匯總（很全）

遠(yuǎn)方不遠(yuǎn)sdou1z 2023-06-29 發(fā)布于廣東

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藥物靶點(diǎn)（drug target）是機(jī)體內(nèi)與藥物直接接觸結(jié)合以產(chǎn)生相互作用的生物分子，通常是蛋白質(zhì)，與特定的疾病過(guò)程內(nèi)在相關(guān)。藥物靶點(diǎn)可以分為受體、酶、離子通道、DNA、激素與生長(zhǎng)因子等幾種類型。

本文整理了常用的十個(gè)藥物靶點(diǎn)、蛋白靶點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)，方便廣大科研技術(shù)人員高效獲取靶點(diǎn)信息，用于新靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)、藥物篩選、藥物設(shè)計(jì)、疾病治療及藥理學(xué)機(jī)制研究等領(lǐng)域。

一

常用的藥物靶點(diǎn)、蛋白靶點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)

本文整理了以下10個(gè)常用藥物靶點(diǎn)、蛋白靶點(diǎn)搜索數(shù)據(jù)庫(kù)，供參考：

DrugBank
Therapeutic Target Database
ChEMBL
PubChem
DGIdb
TCMID(Traditional Chinese Medicine Information Database)
PharmSnap全球新藥情報(bào)庫(kù)、藥融云、藥渡
The Human Protein Atlas

二

藥物靶點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)

DrugBank

https://go./drugs

DrugBank于2006年在阿爾伯塔大學(xué)的David Wishart博士實(shí)驗(yàn)室成立。包含有關(guān)藥物和藥物靶點(diǎn)的信息，作為生物信息學(xué)和化學(xué)信息學(xué)資源，將詳細(xì)的藥物（即化學(xué)、藥理和藥物）數(shù)據(jù)與全面的藥物靶標(biāo)（即序列、結(jié)構(gòu)和途徑）信息相結(jié)合，是目前最大的綜合性藥物數(shù)據(jù)庫(kù)。

Therapeutic Target Database

https://db./ttd/

Therapeutic Target Database(TTD)藥物靶點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)提供有關(guān)已知和探索的治療性蛋白質(zhì)和核酸靶點(diǎn)，靶向疾病，通路信息以及針對(duì)每個(gè)靶點(diǎn)的相應(yīng)藥物的信息，由新加坡國(guó)立大學(xué)開發(fā)，截止2022年收錄3500+個(gè)藥物靶點(diǎn)，38000+個(gè)藥物分子。

目標(biāo)信息可以通過(guò)交叉鏈接從以下搜索字段訪問(wèn)UniProtKB，PDB，KEGG，OMID和Brenda數(shù)據(jù)庫(kù)。

ChEMBL

https://www./chembl/

ChEMBL是歐洲生物信息研究所（European Bioinformatics Institute，EBI）開發(fā)的一個(gè)靶點(diǎn)與生物活性藥物數(shù)據(jù)庫(kù)，收集的是藥物研究和開發(fā)過(guò)程中的藥物化學(xué)數(shù)據(jù)和知識(shí)，比如臨床實(shí)驗(yàn)藥物和批準(zhǔn)藥物的治療靶標(biāo)和適應(yīng)癥，這是一個(gè)非常便利的查詢靶點(diǎn)或化合物的生物活性數(shù)據(jù)的平臺(tái)。

PubChem

https://pubchem.ncbi.nlm./

PubChem是一個(gè)有機(jī)小分子生物活性數(shù)據(jù)庫(kù)，是一個(gè)生環(huán)化材中應(yīng)用分子的數(shù)據(jù)模型庫(kù)。這里面包含了大量分子材料的理化性能介紹，對(duì)應(yīng)每個(gè)有機(jī)分子的應(yīng)用都能夠追根溯源到較為全面的文獻(xiàn)報(bào)道。可以按名稱，分子式，結(jié)構(gòu)和其他標(biāo)識(shí)符搜索化學(xué)物質(zhì)來(lái)查找化學(xué)和物理性質(zhì)，生物活性，安全性和毒性信息，專利，文獻(xiàn)引用等等。

DGldb

https:///

DGIdb數(shù)據(jù)庫(kù)（Drug–Gene Interaction Database）整合現(xiàn)有的文獻(xiàn)報(bào)道中藥物與基因互作關(guān)系，以及DrugBank、PharmGKB、Chembl、Drug Target Commons和TTD等30多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中藥物與基因互作關(guān)系，提供兩類數(shù)據(jù)：第一類，基于文獻(xiàn)報(bào)道的已知藥物與基因相互作用關(guān)系；第二類，根據(jù)藥物或基因家族之間功能、結(jié)構(gòu)等特征預(yù)測(cè)的潛在藥物與基因相互作用關(guān)系。

TCMID

https://ngdc./databasecommons/

TCMID(Traditional Chinese Medicine Information Database)是一個(gè)中醫(yī)藥綜合數(shù)據(jù)庫(kù)，收錄了約4.7萬(wàn)個(gè)處方，8159種草藥，25210種化合物，6828種藥物，3791種疾病和17521個(gè)相關(guān)目標(biāo)，這是中醫(yī)藥研究相關(guān)領(lǐng)域最大的數(shù)據(jù)庫(kù)。

TCMID通過(guò)使用草藥和化合物作為橋梁將TCM公式與蛋白質(zhì)連接起來(lái)，可用于分析配方的多目標(biāo)效應(yīng)，并探索每種配方的潛在分子機(jī)理，還將草藥成分與疾?。∣MIM）和藥物（Drugbank）連接在一起。

PharmSnap全球新藥情報(bào)庫(kù)

https://synapse./

智慧芽全球新藥情報(bào)庫(kù)（PharmSnap），不僅有新藥上市信息、還有靶點(diǎn)、適應(yīng)癥臨床進(jìn)展、專利檢索等詳細(xì)的藥物信息，以及最新資訊等，還能免費(fèi)下載藥物研發(fā)月度報(bào)告。

通過(guò)它能有效及時(shí)的更新數(shù)據(jù)，檢索方式也很方便，可以根據(jù)專利，臨床，藥物，靶點(diǎn)等信息進(jìn)行高級(jí)檢索，數(shù)據(jù)展示方式也很直觀可以看出各個(gè)藥物從研發(fā)到臨床的分布，最重要的是這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)是免費(fèi)的。

藥融云

https://www./

藥融云數(shù)據(jù)庫(kù)整合全球已上市及處于不同研發(fā)階段的藥物詳細(xì)信息，一鍵獲取藥物研發(fā)代碼、研發(fā)企業(yè)、適應(yīng)癥、治療領(lǐng)域、靶點(diǎn)、研發(fā)階段、工藝技術(shù)等信息，同時(shí)擴(kuò)展藥物的研發(fā)狀態(tài)、關(guān)鍵性臨床以及銷售額等信息。

藥渡

https://data./

藥渡數(shù)據(jù)庫(kù)以“藥物”為主線，包括全球藥物、全球批準(zhǔn)、中國(guó)注冊(cè)、靶點(diǎn)信息、專利信息、文獻(xiàn)信息、臨床試驗(yàn)、不良反應(yīng)、臨床路徑、美國(guó)橙皮書、日本橙皮書、參比制劑、藥品說(shuō)明書、上市藥品目錄集、全球銷量、國(guó)家藥品集采和一致性評(píng)價(jià)等四十多個(gè)子庫(kù)。

三

蛋白靶點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)的使用（舉例）

（一）待檢測(cè)蛋白信息查詢

實(shí)驗(yàn)前，進(jìn)行蛋白靶點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)搜索，是重要且必要的一步，以便于了解靶點(diǎn)蛋白表達(dá)情況（是否特異性表達(dá)，是否需要條件刺激，表達(dá)豐度如何以及亞細(xì)胞定位）（如免疫熒光染色）

（二）靶點(diǎn)查詢網(wǎng)站The Human Protein Atlas

HPA數(shù)據(jù)庫(kù)亮點(diǎn)

（1）十二大版塊分類齊全
（2）常用版塊（組織，細(xì)胞，病理）一網(wǎng)打盡
（3）不做實(shí)驗(yàn)也能看到實(shí)驗(yàn)結(jié)果

基于組織的人類蛋白質(zhì)組圖譜

來(lái)自44種正常人體組織類型的蛋白表達(dá)數(shù)據(jù)基于免疫組化的抗體蛋白分析。涵蓋15323個(gè)基因(76%)的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)都有可用抗體。mRNA表達(dá)數(shù)據(jù)來(lái)自256種不同正常組織類型的RNA (RNA-seq)深度測(cè)序。

1.進(jìn)入HPA主頁(yè)面，選擇“TISSUE”

2.在“The tissue section - Tissue-based map of the human proteome”頁(yè)面，查看詳細(xì)介紹

人類細(xì)胞系的表達(dá)譜

細(xì)胞系部分包含有關(guān)1055種人類細(xì)胞系（包括985種癌細(xì)胞系）中人類蛋白質(zhì)編碼基因的全基因組RNA表達(dá)譜的信息。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析包括基于27種癌癥類型的特異性分析的分類、所有細(xì)胞系的分布和表達(dá)聚類分析以及針對(duì)選定癌癥類型的細(xì)胞系與其相應(yīng)癌癥類型的相似性分析。

1.在HPA數(shù)據(jù)庫(kù)主頁(yè)面選擇“CELL LINE”版塊

2.在“The cell line section - Explore the expression profiles in human cell lines”頁(yè)面，查看詳細(xì)介紹

3.點(diǎn)擊“Brain cancer ”進(jìn)入主頁(yè)面后，查看與腦癌相關(guān)的細(xì)胞系

以線粒體標(biāo)志物HSP60/HSPD1為例進(jìn)行詳細(xì)介紹

1.在HPA主頁(yè)面輸入HSP60/HSPD1，點(diǎn)擊“Search”

2.選擇搜索名稱的最佳匹配項(xiàng)，進(jìn)入HSP60/HSPD1主頁(yè)面

3.在HSP60/HSPD1主頁(yè)面選擇“Tissue Atlas”版塊，查看其在各個(gè)組織器官的表達(dá)情況

4.在HSP60/HSPD1主頁(yè)面選擇“CELL LINE”版塊，查看其在各個(gè)細(xì)胞系中的表達(dá)情況

5.在HSP60/HSPD1主頁(yè)面選擇“SUBCELLULAR”版塊，可看到其在各細(xì)胞系中的表達(dá)水平與亞細(xì)胞定位情況

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