今天是第2241期日報(bào)。

王軍+宋默識+張發(fā)明：菌群代謝物甲硫氨酸影響宿主生物鐘基因表達(dá)和活性氧水平

Protein & Cell[IF:15.328]

① 在小鼠和人體腸道菌群中，菌群代謝物甲硫氨酸及其相關(guān)代謝通路有明顯的晝夜節(jié)律模式；② Caco-2細(xì)胞（腸屏障功能研究模型）中，甲硫氨酸處理提高了細(xì)胞mRNA甲基化水平，上調(diào)調(diào)控時(shí)鐘基因的AHCY，增加了時(shí)鐘基因BMAL1、CLOCK、NR1D2和PER2的表達(dá)，并降低活性氧（ROS）水平；③ 在睡眠剝奪模型小鼠中，補(bǔ)充膳食甲硫氨酸降低了血清皮質(zhì)酮和腸道ROS水平，并減少了炎癥相關(guān)免疫反應(yīng)的基因表達(dá)，改善腸道菌群失調(diào)。

Gut microbial methionine impacts circadian clock gene expression and reactive oxygen species level in host gastrointestinal tract
07-15, doi: 10.1093/procel/pwac021

【主編評語】晝夜節(jié)律對于宿主健康和菌群穩(wěn)態(tài)都很重要。Protein & Cell近期發(fā)表了中科院微生物所王軍、中科院動(dòng)物所宋默識、南京醫(yī)科大學(xué)第二附屬醫(yī)院張發(fā)明與團(tuán)隊(duì)的研究，分析了小鼠和人體腸道菌群中共同存在的節(jié)律性代謝特征，并分析了其中的關(guān)鍵代謝物——甲硫氨酸對宿主和菌群的影響，包括對生物鐘基因的影響以及對活性氧的中和作用等，并在小鼠中證實(shí)補(bǔ)充膳食甲硫氨酸能改善睡眠不足對身體帶來的多種負(fù)面影響。（@mildbreeze）

趙方慶+張發(fā)明：提高FMT療效，如何選擇供-受體配對？

Gut Microbes[IF:9.434]

① 納入61例進(jìn)行FMT的IBD患者，結(jié)合額外14個(gè)FMT隊(duì)列數(shù)據(jù)（IBD和CDI），研究供/受體的腸道菌群特征與FMT療效的關(guān)系；② 根據(jù)菌群中的優(yōu)勢菌，發(fā)現(xiàn)受體和供體中各自普遍存在2種腸型（RCPT/E和B，DONOR/P和B）；③ 分析供體和FMT前后受體菌群組成的相似程度，并計(jì)算受體FMT后的定植菌/土著菌的比值，表明供體細(xì)菌在受體中的植入有助于FMT應(yīng)答；④ 分析供-受體腸型表明，RCPT/E對2種供體腸型的應(yīng)答都較好，而RCPT/B對DONOR/P應(yīng)答較好；⑤ 通過機(jī)器學(xué)習(xí)建立基于腸型的供體選擇模型，在42例IBD的驗(yàn)證隊(duì)列中，符合該模型配對的FMT應(yīng)答率高達(dá)93.3%。

The interplay of gut microbiota between donors and recipients determines the efficacy of fecal microbiota transplantation
07-19, doi: 10.1080/19490976.2022.2100197

【主編評語】糞菌移植（FMT）在治療菌群失調(diào)相關(guān)疾病方面具有潛力，其治療效果與供體細(xì)菌在受體中的植入密切相關(guān)，這種植入情況部分取決于供體和受體之間的匹配程度。Gut Microbes最新發(fā)表了來自中科院北京生命科學(xué)研究院趙方慶團(tuán)隊(duì)與南京醫(yī)科大學(xué)第二附屬醫(yī)院張發(fā)明團(tuán)隊(duì)的合作研究，分析了FMT中供體和受體的腸道菌群的相互作用對FMT療效的影響，表明供體細(xì)菌在受體中的定植發(fā)揮了重要作用，并進(jìn)一步通過機(jī)器學(xué)習(xí)建立了一個(gè)基于腸型的供體選擇模型，可用于指導(dǎo)FMT的供-受體配對以改善療效，為實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)FMT奠定基礎(chǔ)。（@mildbreeze）

陳羽+何興祥：糞菌移植對NAFLD的療效

Frontiers in cellular and infection microbiology[IF:6.073]

① 招募75名NAFLD患者，其中47名接受經(jīng)結(jié)腸鏡的糞菌移植（FMT），28名口服益生菌；② 受試者均保持健康飲食，每天規(guī)律運(yùn)動(dòng)40分鐘以上，治療1個(gè)月后復(fù)查；③ FMT前后，患者的血脂和肝功能檢測結(jié)果差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義；④ FMT可通過改善腸道菌群紊亂（更趨近于健康人），以減少肝臟中的脂肪堆積，從而緩解NAFLD；⑤ 瘦和肥胖NAFLD患者的臨床特征和腸道菌群均有顯著差異，F(xiàn)MT對瘦NAFLD患者的治療效果優(yōu)于肥胖NAFLD患者。

Effect of Fecal Microbiota Transplantation on Non-Alcoholic Fatty Liver Disease: A Randomized Clinical Trial
07-04, doi: 10.3389/fcimb.2022.759306

【主編評語】南方醫(yī)科大學(xué)附屬第七醫(yī)院的陳羽團(tuán)隊(duì)與廣東藥學(xué)院附屬第一醫(yī)院的何興祥團(tuán)隊(duì)在Frontiers in cellular and infection microbiology上發(fā)表的一項(xiàng)隨機(jī)臨床試驗(yàn)結(jié)果，非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）接受糞菌移植后，腸道菌群得到改善，且肝臟脂肪堆積減少。另外，糞菌移植對瘦NAFLD患者的療效比肥胖NAFLD患者更明顯，腸道菌群的差異可能是主要原因。（@aluba）

張和平等：世界發(fā)酵乳史初探（綜述）

Science Bulletin[IF:20.577]

① 牛奶發(fā)酵可能起源中東和巴爾干半島，中國將牛奶制成發(fā)酵乳制品歷史可追溯到青銅器時(shí)代早期；② 對古人牙結(jié)石蛋白質(zhì)組分析，發(fā)現(xiàn)6千年前人類開始食用牛奶，新疆西北部居民食用牛奶或可追溯至5千年前；③ 約6千年前發(fā)酵品從撒哈拉以南非洲，經(jīng)尼羅河谷傳入埃及，然后到達(dá)美索不達(dá)米亞和亞洲，絲綢之路在傳播中發(fā)揮重要作用；④ 在乳糖耐受基因出現(xiàn)幾千年前，歐洲人和蒙古人已食用乳制品，因此，可以假設(shè)人類早在突變發(fā)生前就已掌握發(fā)酵技術(shù)。

Curious case of the history of fermented milk: tangible evidence
07-08, doi: 10.1016/j.scib.2022.07.013

【主編評語】人們經(jīng)常好奇為什么以及什么時(shí)候古人開始食用熟食？烹飪和發(fā)酵哪個(gè)最先出現(xiàn)？數(shù)千年來，發(fā)酵技術(shù)作為延長牛奶保質(zhì)期最古老技術(shù)之一，被廣泛應(yīng)用于發(fā)酵乳制品的生產(chǎn)。雖然目前對發(fā)酵乳的起源還沒有確切結(jié)論，但越來越多的考古證據(jù)表明，許多文明古國都擅長農(nóng)業(yè)和發(fā)酵牛奶的生產(chǎn)。近日，內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)張和平團(tuán)隊(duì)在Science Bulletin發(fā)表最新綜述，對世界發(fā)酵乳史初探，發(fā)現(xiàn)在6000年前人類已經(jīng)開始食用牛奶，而中國新疆西北部早期居民食用牛奶的習(xí)慣或可追溯至5000年前?？脊抛C據(jù)表明，大約6000年前，發(fā)酵品從撒哈拉以南的非洲，經(jīng)尼羅河谷傳入埃及，然后到達(dá)美索不達(dá)米亞（伊拉克）和亞洲，發(fā)酵乳制品通過絲綢之路傳播到中亞，利用反芻動(dòng)物乳汁生產(chǎn)奶酪的技術(shù)大約在5500年前通過內(nèi)亞山區(qū)走廊引入中國。此外，發(fā)現(xiàn)在乳糖耐受基因出現(xiàn)幾千年前，許多歐洲人和蒙古人就已經(jīng)開始食用乳制品。因此，可以假設(shè)人類早在該基因突變發(fā)生前就掌握了發(fā)酵技術(shù)。當(dāng)然，未來仍需要發(fā)掘更多來自非洲和中東地區(qū)的考古證據(jù)來追溯發(fā)酵乳制品的起源。（@九卿臣）

侯凱健+肖傳興：GLP-1或通過菌群改善糖尿病血管內(nèi)皮細(xì)胞功能

Frontiers in Molecular Biosciences[IF:6.113]

① 納入12名臨床新診斷或單用二甲雙胍控制不佳的2型糖尿病（T2DM）患者，給予每周一次皮下注射0.2 mg GLP-1；② GLP-1對T2DM患者有良好的降血糖作用，同時(shí)對血管內(nèi)皮功能有保護(hù)作用；③ GLP-1注射后，T2DM患者糞便菌群多樣性總體呈現(xiàn)先上升后下降的趨勢；④ GLP-1注射后的第0周、第4周和第8周，患者糞便菌群在屬、種和株水平上均存在顯著差異；⑤ GLP-1治療后不動(dòng)桿菌屬、擬桿菌屬水平變化與與血管內(nèi)皮細(xì)胞功能指標(biāo)相關(guān)。

Polyethylene Glycol Loxenatide Injection (GLP-1) Protects Vascular Endothelial Cell Function in Middle-Aged and Elderly Patients With Type 2 Diabetes by Regulating Gut Microbiota
06-15, doi: 10.3389/fmolb.2022.879294

【主編評語】汕頭大學(xué)醫(yī)學(xué)院第一附屬醫(yī)院侯凱健和廈門大學(xué)肖傳興與團(tuán)隊(duì)在Frontiers in Molecular Biosciences發(fā)表論文，對新診斷和二甲雙胍預(yù)后不佳的中老年2型糖尿病患者注射GLP-1受體激動(dòng)劑周制劑（GLP-1RA，聚乙二醇洛塞那肽），探究其臨床療效、血管內(nèi)皮功能的保護(hù)作用以及腸道菌群變化。注射4周/8周后，患者血糖水平和血管內(nèi)皮細(xì)胞功能呈改善趨勢，其腸道菌群屬水平和種、亞種水平上以及微生物多樣性方面均呈現(xiàn)先升后降的趨勢，但無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。治療后患者不動(dòng)桿菌屬、擬桿菌屬水平發(fā)生變化，且這些變化與血管內(nèi)皮細(xì)胞功能指標(biāo)相關(guān)，即GLP-1RA在糖尿病患者中的心臟保護(hù)功能可能與改變了腸道菌群的特異性差異菌有關(guān)。（@Johnson）

上海交大：補(bǔ)充乳酸桿菌對超重/肥胖成人的部分血糖及血脂指標(biāo)有益

Clinical Nutrition[IF:7.643]

① 納入9項(xiàng)隨機(jī)對照試驗(yàn)（共598名超重/肥胖受試者），總結(jié)補(bǔ)充乳酸桿菌對血糖及血脂指標(biāo)的影響；② 乳酸桿菌可顯著降低LDL膽固醇和總膽固醇，尤其是以膠囊、粉末或片劑形式，補(bǔ)充劑量≥1*10^10CFU，補(bǔ)充時(shí)長12周，或作為正常飲食的一部分；③ 補(bǔ)充乳酸桿菌可顯著降低攝入正常飲食受試者的甘油三酯，補(bǔ)充12周的乳酸桿菌可顯著降低空腹血糖；④ 乳酸桿菌對空腹血漿胰島素和血壓僅有短期的有益作用，對HDL膽固醇無明顯有益作用。

Effects of Lactobacillus supplementation on glycemic and lipid indices in overweight or obese adults: A systematic review and meta-analysis
06-29, doi: 10.1016/j.clnu.2022.06.030

【主編評語】上海交通大學(xué)的張靜團(tuán)隊(duì)在Clinical Nutrition上發(fā)表的一項(xiàng)薈萃分析結(jié)果，總結(jié)了9項(xiàng)隨機(jī)對照試驗(yàn)（共涉及598名超重/肥胖受試者）的數(shù)據(jù)，補(bǔ)充乳酸桿菌可顯著改善LDL膽固醇、總膽固醇、甘油三酯及空腹血糖。（@aluba）

非酒精性脂肪性肝和藥物性肝損傷患者的腸道菌群

Pharmacological Research[IF:10.334]

① 納入29名非酒精性脂肪性肝?。∟AFLD）、13名藥物性肝損傷（DILI）和20名健康對照者；② NAFLD和DILI患者腸道菌群組成顯著不同，DILI患者腸道內(nèi)擬桿菌門豐度增加，厚壁菌門豐度降低，以及多個(gè)菌屬豐度顯著變化；③ 腸桿菌屬、克雷伯氏菌屬、Sarcina和Turicibacter 4個(gè)屬可區(qū)分不同纖維化程度的NAFLD患者；④ 7種細(xì)菌代謝途徑僅在DILI中受損，其中大部分與代謝生物合成有關(guān)；⑤ NAFLD患者，細(xì)菌代謝途徑的大多數(shù)差異與脂肪酸和脂質(zhì)生物合成有關(guān)。

Microbiota diversity in nonalcoholic fatty liver disease and in drug-induced liver injury
07-08, doi: 10.1016/j.phrs.2022.106348

【主編評語】非酒精性脂肪性肝?。∟AFLD）是一種無過量飲酒史，由各種原因引起的干細(xì)胞內(nèi)脂肪堆積的一類疾病。先前多項(xiàng)研究發(fā)現(xiàn)腸道菌群可能在NAFLD的進(jìn)展中發(fā)揮重要作用，但其與藥物性肝損傷（DILI）的相關(guān)性尚不清楚。近日，研究人員在Pharmacological Research發(fā)表最新研究，發(fā)現(xiàn)NAFLD和DILI患者腸道菌群組成顯著不同，體現(xiàn)在DILI患者腸道內(nèi)擬桿菌門豐度增加，厚壁菌門豐度降低，多種細(xì)菌代謝途徑受損，其中大部分與代謝生物合成有關(guān)?？傊?，該研究為未來進(jìn)一步了解NAFLD和DILI病理和發(fā)展提供了依據(jù)。（@九卿臣）

HLA-B27基因或?qū)е录怪P(guān)節(jié)炎患者菌群失調(diào)

Arthritis and Rheumatology[IF:15.483]

① 對102名脊柱關(guān)節(jié)炎（SpA）患者和63名健康對照進(jìn)行糞便鳥槍法宏基因組測序；② SpA患者菌群紊亂，梭菌目等部分菌屬豐度降低，與疾病活動(dòng)指數(shù)負(fù)相關(guān)，而活潑瘤胃球菌、未分類的小桿菌屬及副擬桿菌屬顯著富集；③ 健康對照中有無HLA-B27基因的兄弟姐妹間菌群結(jié)構(gòu)也存在差異，在多樣性和菌群組成上SpA患者與HLA-B27陽性菌群更相似；④ SpA患者中擬桿菌腸型比例增加，藥物對菌群擾動(dòng)較小，葡萄膜炎、銀屑病或IBD病史也不會(huì)顯著影響SpA相關(guān)菌群。

Both disease activity and HLA-B27 determine gut microbiome dysbiosis in spondyloarthritis
07-11, doi: 10.1002/art.42289

【主編評語】這是發(fā)表在Arthritis and Rheumatology上的一份工作，作者通過脊柱關(guān)節(jié)炎（SpA）患者和健康人群對照的糞便宏基因組測序，揭示了SpA患者的菌群結(jié)構(gòu)變化與疾病發(fā)生的相關(guān)性，同時(shí)作者對腸型、藥物治療、其他疾病史以及人類白細(xì)胞抗原B27（HLA-B27）與SpA菌群結(jié)構(gòu)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，發(fā)現(xiàn)HLA-B27基因?qū)pA患者的菌群失調(diào)也有貢獻(xiàn)。此外有趣的是，活潑瘤胃球菌是同時(shí)在炎癥性腸?。↖BD）和SpA中豐度變化的細(xì)菌，可能將IBD與SpA相關(guān)聯(lián)。（@Johnson）

Cell子刊：高脂飲食破壞回腸菌群和基因表達(dá)的節(jié)律性，限食進(jìn)食來改善

Cell Reports[IF:9.995]

① 小鼠分為正常飲食、自由高脂飲食和8小時(shí)限時(shí)高脂飲食三組，喂養(yǎng)8周；② 發(fā)現(xiàn)回腸菌群和宿主轉(zhuǎn)錄組呈現(xiàn)晝夜節(jié)律性的變化模式，受飲食模式和進(jìn)食時(shí)間模式的影響，高脂飲食削弱了二者的節(jié)律性；③ 限時(shí)進(jìn)食部分恢復(fù)了高脂飲食下的回腸菌群和轉(zhuǎn)錄組的晝夜節(jié)律性，增加GLP-1釋放（伴隨Gcg上調(diào)、Dpp4下調(diào)），恢復(fù)回腸膽汁酸池和FXR信號及其節(jié)律性，或能解釋限時(shí)進(jìn)食的代謝益處；④ 提供了回腸菌群和轉(zhuǎn)錄組晝夜節(jié)律數(shù)據(jù)的網(wǎng)站資源。

Diet and feeding pattern modulate diurnal dynamics of the ileal microbiome and transcriptome
07-05, doi: 10.1016/j.celrep.2022.111008

【主編評語】Cell Reports發(fā)表的這項(xiàng)小鼠研究表明，不限時(shí)間的高脂飲食會(huì)使小腸（回腸）菌群和宿主基因表達(dá)喪失晝夜節(jié)律變化，而限時(shí)進(jìn)食可部分恢復(fù)這些有害變化，包括恢復(fù)回腸菌群震蕩、晝夜節(jié)律基因、膽汁酸信號和GLP-1調(diào)節(jié)。（@mildbreeze）