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全面、高質(zhì)量的參考基因組是人類(lèi)腸道微生物群功能和分類(lèi)鑒定所必需的 2020年7月，由歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室歐洲生物信息學(xué)研究所（EMBL-EBI）領(lǐng)導(dǎo)的國(guó)際合作研究團(tuán)隊(duì)在《Nature Biotechnology》發(fā)表了迄今為止最全面的人類(lèi)腸道微生物組序列資源：統(tǒng)一的人類(lèi)胃腸道基因組（UHGG）和人類(lèi)胃腸道蛋白質(zhì)（UHGP）目錄，包括4,644個(gè)腸道微生物的204,938個(gè)非冗余基因組以及625,255,473個(gè)蛋白全長(zhǎng)序列。 “這個(gè)龐大的目錄是微生物組研究的里程碑，將成為科學(xué)家們開(kāi)始研究并希望了解每種細(xì)菌在人類(lèi)腸道生態(tài)系統(tǒng)中所扮演的角色的寶貴資源?！?/p> 共同一作，特倫托大學(xué)的首席研究員 Nicola Segata 不斷完善的 人類(lèi)腸道微生物組數(shù)據(jù)資源 從人類(lèi)微生物組計(jì)劃（HMP）到人類(lèi)腸道宏基因組計(jì)劃（MetaHIT），人類(lèi)腸道微生物組數(shù)據(jù)資源在不斷完善。其中，整合了HMP和MetaHIT項(xiàng)目的綜合基因目錄（IGC）已成功應(yīng)用于不同臨床背景下的微生物組關(guān)聯(lián)研究，但是由于IGC包含的基因與它們的起源基因組沒(méi)有直接的聯(lián)系，缺乏建立遺傳聯(lián)系并在基因組基礎(chǔ)上推斷微生物完整功能途徑的背景數(shù)據(jù)。而建立一個(gè)完整的微生物參考基因組和基因集合是準(zhǔn)確描述腸道微生物生態(tài)系統(tǒng)分類(lèi)和功能的重要步驟。 迄今為止最全面的 人類(lèi)腸道微生物組序列資源 EMBL-EBI領(lǐng)導(dǎo)的國(guó)際合作研究團(tuán)隊(duì)從人類(lèi)腸道微生物組數(shù)據(jù)中匯編和分析了204938個(gè)基因組和170602708個(gè)基因，生成了迄今為止最全面的人類(lèi)腸道微生物組序列資源：UHGG和UHGP。 與IGC數(shù)據(jù)庫(kù)相比，UHGP提高了115%的蛋白序列覆蓋度。另外，該研究發(fā)現(xiàn)超過(guò)70%的UHGG物種屬于未培養(yǎng)的物種，40%的UHGP缺乏功能注釋。 種內(nèi)基因組變異分析顯示了大量的輔助基因和單核苷酸變異，其中許多是人類(lèi)個(gè)體特有的。 UHGG組裝數(shù)據(jù)已保存至ENA，數(shù)據(jù)編號(hào)：ERP116715. UHGG/UHGP/SNV目錄、UHGG目錄的功能注釋、泛基因組結(jié)果和定制Kraken 2/Bracken數(shù)據(jù)庫(kù)均可以通過(guò)MGnify FTP站點(diǎn)獲?。?span style="font-family: -apple-system-font, BlinkMacSystemFont, "Helvetica Neue", "PingFang SC", "Hiragino Sans GB", "Microsoft YaHei UI", "Microsoft YaHei", Arial, sans-serif;text-align: left;background-color: rgb(255, 255, 255);">http://ftp./pub/databases/metagenomics/mgnify_genomes/. 本次研究的數(shù)據(jù)、UHGG目錄的BIGSI搜索索引、每個(gè)物種集群生成的Mash距離樹(shù)，還可通過(guò)MGnify網(wǎng)站交互訪(fǎng)問(wèn)： https://www./metagenomics/genomes. 公眾號(hào)又雙叒叕改版了，為了讓您能快速獲取我們發(fā)布的優(yōu)質(zhì)文章推送，建議您可以采取以下行動(dòng)： 參考文獻(xiàn)
Almeida, A., Nayfach, S., Boland, M. et al. A unified catalog of 204,938 reference genomes from the human gut microbiome. Nat Biotechnol (2020). https:///10.1038/s41587-020-0603-3. 圖片來(lái)源于nature官網(wǎng)和參考文獻(xiàn)，如有侵權(quán)請(qǐng)聯(lián)系刪除。
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