之前介紹過一些關(guān)于生物學(xué)某一個方面的綜合性數(shù)據(jù)庫，例如 [[SNP是什么東西？#SNP 數(shù)據(jù)庫]] 以及 [[Mesh-主題詞查詢數(shù)據(jù)庫]]。在這些數(shù)據(jù)庫里面可以分析多個不同的疾病和這個生物學(xué)特征的關(guān)系。那既然有這樣的數(shù)據(jù)庫。反過來也就會有某一個疾病和多個生物學(xué)特征關(guān)系的數(shù)據(jù)庫。其中就有比如 [[malacards-疾病相關(guān)信息查詢數(shù)據(jù)庫]] 這樣綜合性疾病查詢的數(shù)據(jù)庫。今天來介紹一個和腦部疾病有關(guān)的綜合性數(shù)據(jù)庫 : BrainBase: https://ngdc./brainbase/index

背景數(shù)據(jù)集介紹

BrainBase 是集中分析疾病-基因相關(guān)性，藥物-靶點相互作用以及多組學(xué)分析的數(shù)據(jù)庫。

首先通過 BrainBase 利用 2768 篇發(fā)表的文獻以及 8 個公共數(shù)據(jù)庫來收集和腦部疾病相關(guān)的信息來了解以往的研究情況。同時通過 5 個藥物相互數(shù)據(jù)庫 ( ChEMBL, DrugBank , CMap ,  PharmGKB  and CTD) 來收集多個腦部疾病和藥物的關(guān)系。

進一步，高通量測序的結(jié)果可以發(fā)現(xiàn)一些沒有研究的結(jié)果。因此 BrainBase 又納入了 GEO TCGA, GTEx, HPA , Ivy GAP and CGGA 在內(nèi)的多個高通量測序的結(jié)果。利用這些測序數(shù)據(jù)，最終來確定腦部特征性表達(dá)基因以及和膠質(zhì)瘤特征性的基因。

數(shù)據(jù)庫使用

在 BrainBase 當(dāng)中只需要輸入想要查詢的基因/疾病即可。例如這里輸入TP53基因。

結(jié)果結(jié)果主要包括：總結(jié)，疾病相關(guān)，藥物相關(guān)，相關(guān)基因，膠質(zhì)瘤組學(xué)特征以及膠質(zhì)瘤的組學(xué)表達(dá)特征

其中在膠質(zhì)瘤組學(xué)特征里面收集了和TP53有關(guān)的文獻信息，例如 TP53 的分子特征，調(diào)控信息以及實驗檢測結(jié)果

同時在膠質(zhì)瘤表達(dá)特征當(dāng)中則是通過 TCGA/GETx 來分析多組學(xué)的表達(dá)特征 (基因組，轉(zhuǎn)錄組以及表觀遺傳組)。

總的來說

以上就是 BrainBase 的主要內(nèi)容。隨著公共數(shù)據(jù)的增多一些基于某一類疾病的數(shù)據(jù)庫也是一種新的數(shù)據(jù)庫方式。這類的數(shù)據(jù)庫可以快速的了解某一個方面的全部信息。至于 BrainBase 而言，目前來說高通量表達(dá)數(shù)據(jù)只包括了類似膠質(zhì)瘤這個方面的。其他疾病的雖然沒有 TCGA 那么容易獲得。但是也可以在 GEO 里面查到的。希望在 2.0 版本包括其他疾病的表達(dá)情況吧。