前面我們已經介紹過circRNA的基礎概念: 首先了解一下circRNA背景知識，背景知識，以及 circRNA芯片分析的一般流程，還有circRNA-seq分析的一般流程。

看起來好像是把circRNA都介紹完了 ，不過在ceRNA芯片里面，其實也有一部分circRNA。其實ceRNA(competing endogenous RNAs，競爭性內源RNA) 是一種假說，是指一種全新的基因表達調控模式，我們已知miRNA可以通過結合mRNA導致基因沉默，而ceRNA（lncRNA、circRNA…）可以通過競爭性結合miRNA來調節(jié)基因表達，從而影響細胞的功能。

什么是ceRNA-芯片呢

ceRNA-芯片，其實就是大雜燴，包含了mRNA、lncRNA、circRNA的基因芯片，可同時獲得這三個層面的表達數據，同時作為lncRNA和circRNA兩種非編碼RNA調控功能研究的利器。

最出名的就是SBC human ceRNA array V1.0芯片, 但是呢，因為他們委托Agilent公司生產，所以在GEO數據庫里面，其實是https://www.ncbi.nlm./geo/query/acc.cgi?acc=GPL22120   Agilent-078298 human ceRNA array V1.0 4X180K [Probe Name Version]

可以看到，截止到（2019-12-11 ）看到的已經發(fā)表，并且使用了Agilent-078298 human ceRNA array 的研究，還公開其芯片數據的研究并不多。（主要是，太多的研究并不公布其芯片數據）

產品特點：

? 超值：覆蓋circRNA、lncRNA、mRNA，一份芯片數據同時得到三個層面的表達信息。circRNA和lncRNA作為典型的內源競爭性RNA，此款芯片可以讓您暢游ceRNA調控研究。挑戰(zhàn)性樣本（血清、血漿、外泌體）同樣適用。
? 高通量：包含88,371條circRNA，68,423條lncRNA、18,853條mRNA，讓您的篩選范圍更廣。
? 精準：利用芯片堿基互補雜交的方式，能夠對整體表達豐度較低的circRNA更靈敏、穩(wěn)定地進行檢測。
? 特異性高：環(huán)狀RNA -特異的反向剪接位點探針設計，保證每個探針檢測的特異性，避免與母基因之間的冗余影響。
? 簡單快速：最快一周交付，數據分析簡單、快速，報告圖片文章化。
? 加送增值分析：疾病相關環(huán)狀RNA預測。

其數據庫來源: Circbase（88371）、GENCODEv21 /Ensembl(18,100)、LNCipedia v3.1 (40,621)、Lncrnadb (28)、Noncode v4 (2,608)、UCSC (25,919)

3個方向獨立的差異分析

前面我們說到了ceRNA-芯片，其實就是大雜燴，包含了mRNA、lncRNA、circRNA這么多信息，那么就可以對不同的表達矩陣分開是走標準分析流程，火山圖，熱圖，GO/KEGG數據庫注釋等等。這些流程的視頻教程都在B站和GitHub了，目錄如下：

• 第一講：GEO，表達芯片與R

• 第二講：從GEO下載數據得到表達量矩陣

• 第三講：對表達量矩陣用GSEA軟件做分析

• 第四講：根據分組信息做差異分析

• 第五講：對差異基因結果做GO/KEGG超幾何分布檢驗富集分析

• 第六講：指定基因分組boxplot指定基因list畫熱圖

僅僅是最后得到的差異分子，并不是以前的mRNA后面的基因名，而是miRNA，lncRNA，甚至circRNA的ID，看起來很陌生罷了。感興趣可以細讀表達芯片的公共數據庫挖掘系列推文 ；

• 解讀GEO數據存放規(guī)律及下載，一文就夠

• 解讀SRA數據庫規(guī)律一文就夠

• 從GEO數據庫下載得到表達矩陣 一文就夠

• GSEA分析一文就夠（單機版+R語言版）

• 根據分組信息做差異分析- 這個一文不夠的

• 差異分析得到的結果注釋一文就夠

我們分享的文章是發(fā)表 September 19, 2019   https:///10.3892/ol.2019.10880 的Changing expression profiles of lncRNAs, circRNAs and mRNAs in esophageal squamous carcinoma ，其3個差異分析結果熱圖如下：

差異分析的策略

很簡單的，3個表達矩陣分別分析即可，如下：

所以就會有3個火山圖

最后的數據庫注釋，也是可以從3個方面的數據來。

也有公布芯片數據的研究

比如發(fā)表在 Front Genet. 2019 Sep 文章 CeRNA Expression Profiling Identifies KIT-Related circRNA-miRNA-mRNA Networks in Gastrointestinal Stromal Tumour ，就表明芯片數據上傳到了在 GSE131481. 該研究使用的是 Agilent-078298 human ceRNA array V1.0 4X180K [Probe Name Version] ，就是 SBC human ceRNA array V1.0芯片，一回事。

下載GSE131481數據集，得到文章里面的火山圖熱圖即可