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解螺旋公眾號·陪伴你科研的第2570天 RNA-蛋白結合預測數(shù)據(jù)庫 “老板給了我一個RNA，讓我找直接作用機制，我該這么辦？” “先用catRAPID數(shù)據(jù)庫看一下與它結合的蛋白吧！” “這個數(shù)據(jù)庫怎么用?。俊?/span> “看這里呀！” catRAPID數(shù)據(jù)庫（http://service./page/catrapid_group）的開發(fā)者來自西班牙的 Universitat Pompeu Fabra，數(shù)據(jù)庫相關文章（PMID: 21623348）于2011年6月發(fā)表在Nature Methods雜志（2019IF=30.822）上。截至2021-05-13該數(shù)據(jù)庫相關文章已引用135次（數(shù)據(jù)來源：PubMed）。 開發(fā)者們利用多肽和核苷酸鏈的物理化學性質（二級結構、氫鍵和范德華力）評估蛋白質和RNA的相互作用，分為catRAPID fragments、catRAPID strength、catRAPID omics、catRAPID express、catRAPID signature和catRAPID interactions with large RNAs六個模塊。其中最重要的就是catRAPID omics模塊了，該模塊可以計算模型生物的分子（蛋白質/轉錄物）和參考集（轉錄物/核苷酸結合蛋白質）之間的相互作用。 換句話說，就是這個模塊可以用已知RNA來預測相互作用的蛋白，也可以用已知的蛋白來預測相互作用的RNA。 catRAPID omics模塊 在主頁點擊對應的超鏈接即可進入該模塊的頁面。 因為我們是已知RNA，則選擇相應的第2個項目。 我們以RepA為例，輸入序列即可。 然后有關于預測細節(jié)的3個設置，根據(jù)自己的需要設置即可。郵箱是可選項，如果不輸入郵箱的話記得不要關閉頁面。 待網頁運算完成之后刷新頁面即可得到結果。 首先是根據(jù)星級的統(tǒng)計餅狀圖。可以看到我們的結果絕大部分未中等星級。 星級評定系統(tǒng)幫助用戶對結果進行排名。分數(shù)是三個單獨值的總和：catRAPID標準化傾向、RNA/DNA結合域和無序區(qū)域的存在以及已知RNA結合基序的存在。 1）catRAPID標準化傾向：交互傾向在0和1之間線性標準化，并乘以分布分數(shù)。 2）RNA/DNA結合域和無序區(qū)域：蛋白質區(qū)域的得分如下：RNA域=1，DNA域=0.5，無序=0.5，DNA域+無序=1。 3）已知的RNA結合基序：基序的存在被賦值為1，否則賦值為0。 接下來是結果的完整列表。表中一共有9列，從左至右依次為編號、蛋白ID、RNA ID、Z值、區(qū)分能力、交互傾向、蛋白結構域、RNA基序和星級評定。 1）編號：就是結果的順序編號。 2）蛋白ID：就是預測到的蛋白，點擊會進入到UniProt網站的相應蛋白頁面。 3）RNA ID：就是我們輸入的RNA，點擊會顯示該RNA的序列。 4）Z值：在catRAPID omics模塊中，使用兩個參考數(shù)據(jù)集計算的平均值（23.25）和標準偏差（37.90）對Z評分進行標準化。 5）區(qū)分能力：用來評估快速交互傾向，它代表了預測的可信度，范圍從0%（不可預測性）到100%（可預測性）。高于50%的DP值表示可能發(fā)生相互作用，而高于75%表示高置信度預測。 6）交互傾向：是一個蛋白質（或區(qū)域）和一個RNA（或區(qū)域）之間相互作用概率的度量，是基于觀察到的核糖核蛋白復合物的組成部分表現(xiàn)出其物理化學特征的趨勢。 7）蛋白結構域：是通過分析帶有DNA和RNA相關術語注釋的Pfam匹配的蛋白質序列來進行鑒定的，并利用IUPred算法對蛋白質序列進行分析，識別無序區(qū)域。 8）RNA基序：RNA結合蛋白及其相關識別基序的圖譜來自公開數(shù)據(jù)庫（RBPDB和SpliceAid-F）和相關文獻。點擊會顯示相應的詳細基序信息及相應的證據(jù)來源。 9）星級評定：如前所述是一個綜合性評分。 catRAPID express模塊 當我們通過catRAPID omics確定了與RNA和相互作用的蛋白，我們還想進一步了解一下二者具體的精細結合位點，那么catRAPID express就派上了用場。 在主頁點擊對應的超鏈接即可進入該模塊的頁面（需要注意的是目前僅支持物種為人）。 根據(jù)自己的需要選擇相應的項目，這里我們以第一個來演示。 之后是輸入序列，與catRAPID omics類似，我們以NOP56和TSC2為例。
結果顯示我們輸入的蛋白質RNA分子相關的相關系數(shù)為0.79，下方有二者的熱圖，及之前catRAPID omics也會有的一些信息。點擊熱圖后方的（png）可直接下載熱圖。
下面是匹配結果和組織表達信息。匹配結果顯示了我們輸入的序列在Ensembl網站的匹配結果，這里我們的匹配結果都是100%。組織表達則顯示了蛋白和RNA在不同人組織中的表達情況。
怎么樣，這個數(shù)據(jù)庫是不是很好用啊，當你把你的結果交給你老板的時候，你老板也會被你驚艷到的。  一個竅門搞定生信創(chuàng)新性問題，也太太太太太太太簡單了吧！ 醫(yī)學人體解剖手繪：科學與藝術交織的生命真實 收稿范圍廣泛的國人友好Q1區(qū)SCI雜志 領 悟 科 研 優(yōu) 人 一 步 |
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