今天是第1780期日?qǐng)?bào)。

陳家亮、黃秀娟等：糞菌移植+生活方式干預(yù)，對(duì)肥胖+糖尿病患者效果如何？

Gut[IF:19.819]

① 61名2型糖尿病+肥胖患者隨機(jī)分為3組：糞菌移植（FMT）+生活方式干預(yù)（LSI）、FMT、LSI，每4周干預(yù)一次至第12周，F(xiàn)MT溶液來(lái)自6名健康瘦供體；② FMT+LSI組、FMT組及LSI組患者達(dá)到主要終點(diǎn)（在第24周獲得≥20%的瘦供體相關(guān)菌群）的比例分別為100%、88.2%和22%；③ 重復(fù)FMT顯著增加了瘦供體相關(guān)菌群的定殖，F(xiàn)MT或FMT+LSI顯著增加了丁酸鹽產(chǎn)生菌；④ 與基線相比，F(xiàn)MT+LSI組在第24周時(shí)，總膽固醇、LDL膽固醇及肝臟硬度顯著降低。

Microbiota engraftment after faecal microbiota transplantation in obese subjects with type 2 diabetes: a 24-week, double-blind, randomised controlled trial
03-30, doi: 10.1136/gutjnl-2020-323617

【主編評(píng)語(yǔ)】香港中文大學(xué)團(tuán)隊(duì)近期在Gut上發(fā)表一項(xiàng)隨機(jī)雙盲對(duì)照試驗(yàn)研究，肥胖+2型糖尿病患者進(jìn)行為期糞菌移植和生活方式的單獨(dú)干預(yù)或聯(lián)合干預(yù)，發(fā)現(xiàn)重復(fù)糞菌移植可顯著促進(jìn)供體菌群的定殖，而糞菌移植+生活方式干預(yù)可減少總膽固醇及LDL膽固醇，并降低肝臟硬度。（@szx）

Nature子刊：用微生物組科學(xué)造福大眾健康（觀點(diǎn)）

Nature Medicine[IF:36.13]

① 把微生物組科學(xué)整合到公共衛(wèi)生研究和實(shí)踐中，將助力發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物、療法和分子機(jī)制；② 需完善微生物組流行病學(xué)研究設(shè)計(jì)、相關(guān)資源平臺(tái)和分析方法；③ 微生物組在保健、發(fā)育和衰老、營(yíng)養(yǎng)、慢性病、傳染病和環(huán)境衛(wèi)生等公共衛(wèi)生領(lǐng)域有轉(zhuǎn)化應(yīng)用前景；④ 大量基于微生物組的標(biāo)記物和治療產(chǎn)品正處于早期研發(fā)階段，微生物組在制藥和臨床試驗(yàn)中也將發(fā)揮更大作用；⑤ 微生物組學(xué)需納入教育課程，公共衛(wèi)生從業(yè)人員也應(yīng)學(xué)習(xí)，政策法規(guī)也需跟上。

A framework for microbiome science in public health
04-05, doi: 10.1038/s41591-021-01258-0

【主編評(píng)語(yǔ)】微生物組與人類健康息息相關(guān)。如何將迅猛發(fā)展的微生物組科學(xué)整合到公共衛(wèi)生領(lǐng)域中？Nature Medicine本周發(fā)表的觀點(diǎn)文章，從科學(xué)研究、產(chǎn)業(yè)轉(zhuǎn)化、教育和政策制定等方面，圍繞該問(wèn)題展開(kāi)詳細(xì)探討，對(duì)相關(guān)領(lǐng)域的未來(lái)發(fā)展具有指導(dǎo)意義，值得專業(yè)人士仔細(xì)閱讀。（@mildbreeze）

Cell子刊：0-5歲的腸道菌群發(fā)育軌跡

Cell Host and Microbe[IF:15.923]

① 對(duì)471名瑞典兒童從出生、4個(gè)月、12個(gè)月、3歲、5歲進(jìn)行腸道菌群分析，并與成年瑞典人的腸道菌群進(jìn)行對(duì)比；② 兒童腸道菌群的成熟具有相似的軌跡，但是速度不同，其中甲烷諾桿菌和克里斯滕森菌科定植較晚，5年后未達(dá)到成年水平，且這些晚期定植菌與兒童和成人的α多樣性增加相關(guān)；③ 不同的微生物在發(fā)育中的腸道菌群中遵循離散的軌跡；④ 剖腹產(chǎn)影響腸道菌群，但這種影響在3-5歲消失；⑤ 5歲兒童的腸道菌群尚未達(dá)到成人的復(fù)雜程度。

Developmental trajectory of the healthy human gut microbiota during the first 5 years of life
03-31, doi: 10.1016/j.chom.2021.02.021

【主編評(píng)語(yǔ)】腸道是一個(gè)復(fù)雜的生態(tài)系統(tǒng)，出生時(shí)就建立了腸道菌群。然而，不同細(xì)菌進(jìn)入腸道微生物群的順序仍然相對(duì)未知。Cell Host and Microbe近期發(fā)表的文章，對(duì)471名兒童的腸道菌群發(fā)育進(jìn)行縱向研究，發(fā)現(xiàn)5歲兒童已經(jīng)獲得高群落豐富度的微生物，但腸道菌群仍然在發(fā)育中，未達(dá)到成人的復(fù)雜程度。腸道菌群發(fā)育具有個(gè)體動(dòng)態(tài)性，可能表明腸道菌群在生命早期發(fā)育中具有不同時(shí)間的敏感點(diǎn)。（@愛(ài)的抉擇）

分娩方式對(duì)新生兒會(huì)產(chǎn)生哪些影響？這些影響能持續(xù)多久？

ISME Journal[IF:9.18]

① 剖腹產(chǎn)（CSD）組嬰兒兩歧雙歧桿菌、糞便擬桿菌、活潑瘤胃球菌豐度降低，順產(chǎn)（VD）組嬰兒柔嫩梭菌、短雙歧桿菌等增多；② 出生1年后，CSD組嬰兒的促炎免疫反應(yīng)升高；③ VD組嬰兒1歲時(shí)碳青霉烯和吩嗪的合成顯著增加，VD和CSD組均存在細(xì)菌耐藥(AMR)基因，CSD組嬰兒出生后第5天，抗利膽醇、截短側(cè)耳素和二氨基嘧啶的基因豐度開(kāi)始增加；④ 包括噬菌體和質(zhì)粒在內(nèi)的可移動(dòng)遺傳元件，能編碼AMR基因，如糖肽、二氨基嘧啶和多藥耐藥相關(guān)基因。

Persistence of birth mode-dependent effects on gut microbiome composition, immune system stimulation and antimicrobial resistance during the first year of life
03-26, doi: 10.1038/s43705-021-00003-5

【主編評(píng)語(yǔ)】剖腹產(chǎn)(CSD)破壞了母親對(duì)新生兒的特定微生物菌株的傳遞以及相關(guān)的免疫系統(tǒng)啟動(dòng)。ISME Journal近期發(fā)表的文章，研究了嬰兒微生物組成及其對(duì)宿主生理的影響是否在1歲時(shí)仍然存在差異。研究納入9對(duì)順產(chǎn)母嬰對(duì)和11對(duì)剖腹產(chǎn)母嬰對(duì)，采集出生后5天、1個(gè)月、6個(gè)月和1年后糞便樣品，進(jìn)行宏基因組分析。結(jié)果表明，出生方式對(duì)新生兒的影響能持續(xù)到出生后一年，比如CSD出生嬰兒表現(xiàn)出的延遲免疫刺激可能影響自身的免疫耐受性等。未來(lái)需進(jìn)一步對(duì)兒童進(jìn)行長(zhǎng)期跟蹤隨訪，以了解出生方式對(duì)兒童健康的影響。（@nana）

Nature子刊：構(gòu)建慢性疾病共患病的危險(xiǎn)因素-代謝物-疾病關(guān)聯(lián)對(duì)應(yīng)圖

Nature Medicine[IF:36.13]

① 基于1.1萬(wàn)余人數(shù)據(jù)，使用基線非靶向血漿代謝組學(xué)分析超過(guò)1000種代謝物，描述其與27種非傳染性疾?。∟CD）或跨病種的相關(guān)途徑；② 鑒定出至少2個(gè)NCD之間共有的420種代謝物，占所有640種代謝物-疾病顯著關(guān)聯(lián)的65.5％；③ 整合50多種臨床危險(xiǎn)因素和特征的基線數(shù)據(jù)，確定這些代謝物提示的可干預(yù)的共通途徑；④ 肝腎功能、脂質(zhì)和葡萄糖代謝、低度炎癥、腸道菌群多樣性以及與健康相關(guān)的特定行為是常見(jiàn)NCD多發(fā)病的前兆，或可利用它們作早期預(yù)防。

Plasma metabolites to profile pathways in noncommunicable disease multimorbidity
03-11, doi: 10.1038/s41591-021-01266-0

【主編評(píng)語(yǔ)】同時(shí)患有多種慢性疾病的共患病是一個(gè)日益嚴(yán)重的全球健康問(wèn)題，研究其決定因素是非常急迫的需求。Nature Medicine近期發(fā)表的文章，通過(guò)對(duì)1.1萬(wàn)的使用電子健康記錄的住院和癌癥人群進(jìn)行非靶向血漿代謝組學(xué)分析，系統(tǒng)性地建立了全面的危險(xiǎn)因素-代謝物-疾病關(guān)聯(lián)之間對(duì)應(yīng)關(guān)系，并發(fā)現(xiàn)肝腎功能、脂質(zhì)和葡萄糖代謝、低度炎癥、腸道菌群多樣性以及與健康相關(guān)的特定行為是常見(jiàn)慢性疾病多發(fā)病的前兆，具有用作早期預(yù)防的潛力。同時(shí)研究結(jié)果整合到一個(gè)開(kāi)放訪問(wèn)的web服務(wù)器(https:///apps/mwascience/)，可用于進(jìn)一步的研究和薈萃分析。（@愛(ài)的抉擇）

上海交大：幫助控糖的新型口服納米復(fù)合物

Science Advances[IF:13.116]

① 開(kāi)發(fā)一種能吸收糖類的含硼酸聚合物納米復(fù)合物（Nano-Poly-BA），可防止糖類在腸道內(nèi)吸收，且具不溶性和無(wú)毒性；② 在野生型、1型和2型糖尿病小鼠模型中，口服Nano-Poly-BA能顯著降低碳水化合物（葡萄糖、麥芽糖、蔗糖、糊精）和高碳水化合物食物（可樂(lè)、藍(lán)莓醬、粥）的餐后血糖；③ 在果糖誘導(dǎo)的非酒精性脂肪肝小鼠種，Nano-Poly-BA能減少果糖吸收和肝臟脂肪生成；④ 口服Nano-Poly-BA或可幫助前驅(qū)糖尿病、糖尿病、超重患者及健康人群控糖。

Orally administered saccharide-sequestering nanocomplex to manage carbohydrate metabolism disorders
03-31, doi: 10.1126/sciadv.abf7311

【主編評(píng)語(yǔ)】吃過(guò)多的碳水化合物，可能引發(fā)多種代謝疾病，比如糖尿病、脂肪肝和肥胖等。上海交通大學(xué)張?jiān)娨藞F(tuán)隊(duì)近期在Science Advances發(fā)表重要研究，首次報(bào)道了一種可口服的納米復(fù)合物，能夠吸收所有類型的糖類，從而幫助減少糖類在腸內(nèi)的吸收、控制餐后血糖，或能用于管理與膳食碳水化合物相關(guān)的代謝疾病。（@mildbreeze）

國(guó)內(nèi)團(tuán)隊(duì)：蘆薈多糖的益生效果

Carbohydrate Polymers[IF:7.182]

① 采用超聲波提取法提取蘆薈多糖（APs），其分子量為78.8±2.3kDa，單糖組成為甘露糖：葡萄糖：半乳糖：鼠李糖（82.2：7.2：4.6：2.2）；② 是以β-(1→4)-甘露聚糖為主鏈且支鏈上連有乙酰基的乙酰甘露聚糖；③ 正常小鼠灌胃APs3周后，可顯著增加糞便短鏈脂肪酸含量及擬桿菌和Parabacteria（主要降解菌）菌屬豐度，降低厚壁菌門(mén)和梭菌門(mén)豐度；④ 通過(guò)上調(diào)果糖-二磷酸醛縮酶等17種酶基因表達(dá)，促進(jìn)果糖和甘露糖代謝；⑤ APs或具有腸道益生元功能。

Extraction, characterization of aloe polysaccharides and the in-depth analysis of its prebiotic effects on mice gut microbiota
03-02, doi: 10.1016/j.carbpol.2021.117874

【主編評(píng)語(yǔ)】大量研究證實(shí)蘆薈多糖（AP）有益健康，然而AP對(duì)腸道菌群及短鏈脂肪酸的影響仍不清楚，國(guó)內(nèi)江南大學(xué)錢(qián)和團(tuán)隊(duì)在Carbohydrate Polymers上發(fā)表的一項(xiàng)研究，對(duì)AP進(jìn)行超聲提取并對(duì)其結(jié)構(gòu)組成進(jìn)行了分析，同時(shí)發(fā)現(xiàn)AP能促進(jìn)小鼠腸道中產(chǎn)丁酸的“益生”菌種的豐度，增強(qiáng)果糖和甘露糖的代謝，推斷AP可能對(duì)腸道菌群起到有益作用。（@Vera）

脫靶擴(kuò)增或可導(dǎo)致帕金森患者腦部細(xì)菌檢測(cè)假陽(yáng)性

Microbiome[IF:11.607]

① 16S rRNA基因擴(kuò)增子測(cè)序在人類和小鼠大腦樣本中能檢測(cè)到細(xì)菌信號(hào)，但樣本中的細(xì)菌生物量極低；② 嚴(yán)格分析表明這些細(xì)菌信號(hào)是由外源DNA污染(54.8%)和宿主DNA假陽(yáng)性擴(kuò)增(34.2%，脫靶擴(kuò)增子)引起的；③ 脫靶擴(kuò)增是低細(xì)菌/高宿主DNA情況下的主要混雜因素，脫靶擴(kuò)增的人類或小鼠DNA序列在多數(shù)測(cè)序管道中聚集并被錯(cuò)誤地匹配為細(xì)菌；④ 在獨(dú)立評(píng)估樣本中大腦16S rRNA基因序列中也會(huì)出現(xiàn)脫靶擴(kuò)增；⑤ 脫靶擴(kuò)增似乎與組織的無(wú)菌特性有關(guān)。

Much ado about nothing? Off-target amplification can lead to false-positive bacterial brain microbiome detection in healthy and Parkinson’s disease individuals
03-26, doi: 10.1186/s40168-021-01012-1

【主編評(píng)語(yǔ)】最近的研究表明，人類大腦存在微生物。這些微生物或與帕金森病(PD)和阿爾茨海默病(AD)中所見(jiàn)的神經(jīng)炎癥變化有關(guān)，或作為健康患者大腦樣本中的大腦微生物組而存在。Microbiome最近發(fā)表的研究，通過(guò)檢測(cè)健康和帕金森患者個(gè)體大腦不同區(qū)域微生物組成，及作為種間對(duì)照的小鼠大腦微生物組成，結(jié)果發(fā)現(xiàn)，沒(méi)有證據(jù)支持帕金森病患者大腦中存在微生物組或細(xì)菌感染，檢測(cè)到的細(xì)菌信號(hào)是由外源DNA污染和宿主DNA假陽(yáng)性擴(kuò)增引起的。（@nana）

用于交互式菌群分析和可視化的R包：animalcules

Microbiome[IF:11.607]

① animalcules是一款易于使用的交互式菌群分析R包，可用于16S rRNA測(cè)序數(shù)據(jù)，鳥(niǎo)槍DNA宏基因組學(xué)數(shù)據(jù)和基于RNA的宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)分析；② 該工具包結(jié)合了新穎和現(xiàn)有的分析，可視化方法以及機(jī)器學(xué)習(xí)模型。例如，該工具包具有傳統(tǒng)的菌群分析（alpha/beta多樣性和差異豐度分析），同時(shí)引入了諸如生物標(biāo)記識(shí)別的新方法；③ animalcules具有強(qiáng)大的互動(dòng)和動(dòng)態(tài)圖形，可通過(guò)R Shiny交互式界面或各種命令行進(jìn)行菌群分析。

animalcules: interactive microbiome analytics and visualization in R
03-28, doi: 10.1186/s40168-021-01013-0

【主編評(píng)語(yǔ)】本文介紹了animalcules，這是一個(gè)R包，用于通過(guò)R Shiny提供的交互式界面或各種命令行函數(shù)進(jìn)行交互式菌群分析。它是第一個(gè)支持所有16S rRNA、基于DNA的鳥(niǎo)槍宏基因組學(xué)和基于RNA測(cè)序的宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)集分析的菌群分析工具包。animalcules可以從GitHub網(wǎng)站https://github.com/compbiomed/animalcules上免費(fèi)下載，也可以通過(guò)Bioconductor網(wǎng)站https://www./packages/release/bioc/html/animalcules.html進(jìn)行安裝。（@劉永鑫-中科院-宏基因組）