【原】RNA結(jié)合蛋白，你了解多少?

醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫百科 2021-01-08

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RNA-蛋白復(fù)合物已成為許多關(guān)鍵細(xì)胞過程中的核心參與者，這些過程與健康和疾病具有重大關(guān)聯(lián)。RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物已成為我們對許多細(xì)胞途徑及其相關(guān)疾病的理解的重要組成部分。隨著對它們重要性的日益提高的認(rèn)識，與RNA直接相互作用的蛋白質(zhì)，RNA結(jié)合蛋白（RBP）越來越受到關(guān)注，不少發(fā)表的SCI也是針對RBP來進(jìn)行后續(xù)分析。那么我手里有一個(gè)蛋白，如何知道是不是RBP呢，我也想寫RBP的文章怎么辦？

好啦，既然這么重要，那么小編今天就來給大家介紹一個(gè)識別RBP的數(shù)據(jù)庫：RBP2GO（https://rbp2go./），是一個(gè)包含所有當(dāng)前可用的RBPs蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)集的數(shù)據(jù)庫。涵蓋了從人類到細(xì)菌的13個(gè)物種的信息，包括53個(gè)研究和105個(gè)基礎(chǔ)數(shù)據(jù)集，共識別出22552個(gè)RBP候選對象，致力于分析RNA結(jié)合蛋白，它們的相互作用和功能。

RBP2GO為每種物種提供了三個(gè)搜索選項(xiàng)，可以通過SEARCH SPECIES下的側(cè)欄進(jìn)行訪問。可以從以下三個(gè)方面進(jìn)行檢索，每個(gè)項(xiàng)目輸出結(jié)果如下圖。

從RBP2GO主頁的側(cè)邊欄菜單可以訪問特定物種的搜索引擎。對于每種物種，三個(gè)搜索選項(xiàng)“蛋白質(zhì)搜索”，“ GO搜索”和“高級搜索”可用，每個(gè)選項(xiàng)都包含用于輸入搜索項(xiàng)的查詢字段和其他選項(xiàng)，具體取決于該物種可用的數(shù)據(jù)類型。

1. Protein Search

這里支持輸入單個(gè)蛋白質(zhì)。

例如，我們這里輸入基因HNRNPC，提交后，會給出輸入蛋白的評分（反映蛋白質(zhì)成為RBP的可能性）。點(diǎn)擊下圖藍(lán)色區(qū)域，可以得到5個(gè)方面的信息。

其中RBP2GO得分是根據(jù)該蛋白質(zhì)在該物種的所有數(shù)據(jù)集中被列為RBP的頻率以及與該蛋白互作的前10個(gè)互作蛋白（依據(jù)STRING得分）被列為RBP的頻率的平均數(shù)計(jì)算的。蛋白質(zhì)被列為RBP的頻率與它的最高互作蛋白被列為RBP的頻率之間呈正相關(guān)，即與多個(gè)RBP相互作用的蛋白質(zhì)本身經(jīng)常是RBP。

可以根據(jù)內(nèi)容將搜索結(jié)果下載為CSV或TXT文件，以進(jìn)行進(jìn)一步處理。

2. Go Search

該項(xiàng)目可以篩選與特定GO term關(guān)聯(lián)的RBP候選者?？梢暂斎隚O term，例'GO:0003723'或僅輸入'0003723'，也可以輸入關(guān)鍵詞搜索，例如'RNA binding'。但關(guān)鍵詞搜索的準(zhǔn)確性不如GO term直接搜索，并且可能會檢索與多個(gè)不同的匹配GO term相對應(yīng)的更多條目?？傊?，該通用搜索模塊因此使用戶可以專門搜索鏈接到任何感興趣功能或過程的RBP。

這里我們輸入GO:0003723，提交。

結(jié)果包括“生物過程”，“分子功能”和“細(xì)胞成分”這三部分，并顯示相應(yīng)的匹配數(shù)。因?yàn)槲覀冞@里輸入特定的GO條目，所以顯示的僅為分子功能方面的RBP。點(diǎn)擊GO Molecular Function，右側(cè)會顯示RBP的詳細(xì)信息，包括Entry name，Uniport ID、RBP2GO score、氨基酸長度、蛋白質(zhì)分子質(zhì)量等。我們可以在“蛋白質(zhì)搜索”部分中選擇目標(biāo)蛋白質(zhì)以獲得特定信息。