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一篇文章發(fā)表403個(gè)新種是搞笑?

 kibcat 2021-02-06

著名分類學(xué)雜志Zookeys在本周發(fā)表了一篇名為《極簡(jiǎn)主義者的分類學(xué)修訂及403個(gè)來(lái)自哥斯達(dá)黎加的繭蜂科新種》的文章 。這篇文章光看標(biāo)題就很嚇人,一些分類學(xué)者究其一生都沒(méi)有完成過(guò)的數(shù)量,居然一篇文章就搞定?點(diǎn)開(kāi)文章明白了作者們?yōu)樯对跇?biāo)題里加了“極簡(jiǎn)主義”這個(gè)奇怪的詞之后,可能更讓很多分類學(xué)者目瞪口呆。這403個(gè)新物種,沒(méi)有完整的形態(tài)描述,大多數(shù)只附了一張照片和一串DNA序列,審稿人和雜志主編是腦子進(jìn)水了么?

原文截圖,最上邊那一串ATGC就是DNA序列

為了理解為什么分類學(xué)者會(huì)目瞪口呆,我們得簡(jiǎn)單復(fù)習(xí)一下分類學(xué),分類學(xué)顧名思義就是物種分門別類的學(xué)科,默認(rèn)是指現(xiàn)代分類學(xué),以林奈建立的物種雙命名法為基礎(chǔ)并不斷完善,幾乎每個(gè)被命名的物種都有一個(gè)統(tǒng)一的拉丁語(yǔ)化的學(xué)名。學(xué)名由屬名,種加詞,命名人,命名年四部分組成。統(tǒng)一的學(xué)名讓不同地區(qū)的學(xué)者不會(huì)因?yàn)檎Z(yǔ)言的不同產(chǎn)生雞同鴨講的效果。但因?yàn)槔碚撋先巳丝梢园l(fā)表新物種,很多物種會(huì)被不同的人在不同時(shí)間不同地點(diǎn)分別發(fā)表。而根據(jù)命名法規(guī)簡(jiǎn)單理解(完整版的法規(guī)三天兩夜也說(shuō)不完),只有最先發(fā)表的名稱才是這個(gè)物種的唯一學(xué)名,而其它的被稱為異名或無(wú)效名。分類學(xué)家除了描述新物種,一個(gè)非常重要的部分就是對(duì)比和整理歷史遺留的異名問(wèn)題(分類學(xué)版的造謠一張嘴,辟謠跑斷腿)。而整理異名最重要的手段便是對(duì)比模式標(biāo)本或查模式標(biāo)本的描述(發(fā)表學(xué)名和新物種時(shí)描述依照的原始標(biāo)本就是模式標(biāo)本)。如果兩個(gè)不同學(xué)名下的模式標(biāo)本得出了相同鑒定結(jié)果,那這兩個(gè)“物種”其實(shí)是同一個(gè),晚發(fā)表的學(xué)名就是異名。

命名法規(guī)條條框框可多了,而且學(xué)名的每個(gè)部分都可考,圖里的例子是望天樹(shù)Parashorea chinensis H.Wang, 的標(biāo)準(zhǔn)學(xué)名寫法應(yīng)該是 Parashorea chinensis Wang Hsie, 區(qū)別就在于H.Wang 是人名的縮寫,但Wang Hsie不是人(沒(méi)有罵人),而是好幾個(gè)人,是“望天樹(shù)協(xié)作組的簡(jiǎn)稱”,而廣西亞種的“Lin Chi”是“擎天樹(shù)協(xié)作組”的簡(jiǎn)稱。

套進(jìn)了分類學(xué)的思維再來(lái)看這篇文章,你可能會(huì)產(chǎn)生同樣的疑惑。這種一下子發(fā)表這么多新種,又沒(méi)有對(duì)應(yīng)的描述和圖片會(huì)不會(huì)太草率,將來(lái)出了偏差,該給后世分類學(xué)造成多大的困擾,能付得起責(zé)任么?但我覺(jué)得很多人更介意的是新種的描述只用了DNA條形碼而對(duì)形態(tài)描述一筆帶過(guò)。所謂的DNA條形碼是生物體內(nèi)一段DNA比較短的序列,這段序列在物種內(nèi)比較穩(wěn)定,而物種間區(qū)別較大,通過(guò)對(duì)比這些序列能夠確定物種的同異。對(duì)于昆蟲(chóng)來(lái)說(shuō),物種分辨率最高、最常用的DNA條形碼是位于線粒體上的一段基因COI這種以簡(jiǎn)便、上手零基礎(chǔ)為賣點(diǎn)的技術(shù)手段因?yàn)榉N種漏洞往往為形態(tài)分類學(xué)者詬病,原文章的開(kāi)頭里討論了更多DNA條形碼的缺點(diǎn),我就先列幾條我研究食蟲(chóng)-寄生蜂關(guān)系時(shí)親身體會(huì)到的:

1)首先是無(wú)法及時(shí)糾錯(cuò),DNA測(cè)序一般先要從昆蟲(chóng)身上掰條胳膊扯根腿,之后所有的步驟都抽離標(biāo)本,只通過(guò)標(biāo)本的標(biāo)簽聯(lián)系起來(lái),假設(shè)出現(xiàn)了標(biāo)簽和樣品混淆或者樣品污染,你可以把蝗蟲(chóng)測(cè)成貓,而最后得到的DNA序列也只是一段ATGC的字母,是無(wú)法像形態(tài)鑒定一樣通過(guò)肉眼直接看出端倪的。而不管如何小心,樣品污染太普遍了,昆蟲(chóng)體內(nèi)普遍存在共生細(xì)菌,最常見(jiàn)的便是Wolbachia沃爾巴克氏體。很多時(shí)候你以為你測(cè)到的是昆蟲(chóng)的DNA,實(shí)際上是這些細(xì)菌,而這些錯(cuò)誤只有在把序列輸入到條形碼網(wǎng)站(Barcode of life database: BOLD)上查詢時(shí)才會(huì)發(fā)現(xiàn)。

而這個(gè)條形碼網(wǎng)站雖然有分類學(xué)家負(fù)責(zé)人工審核這些序列的實(shí)物標(biāo)本是否鑒定正確,但百密一疏,對(duì)于一些冷門類群,網(wǎng)站上的序列對(duì)應(yīng)的物種鑒定可能一開(kāi)始就是錯(cuò)的。舉個(gè)假設(shè)的例子,你要鑒定一只灰蝶,測(cè)序輸入后發(fā)現(xiàn)99.9%的和網(wǎng)站上的錫冷雅灰蝶序列對(duì)應(yīng),本來(lái)是個(gè)毫無(wú)疑問(wèn)的鑒定結(jié)果,但如果那條和你序列匹配的序列來(lái)源標(biāo)本,實(shí)際上是錯(cuò)誤鑒定呢?而如果發(fā)表新物種時(shí)更大的問(wèn)題在于之前發(fā)表過(guò)的種類大多數(shù)都沒(méi)有DNA序列信息,如何證明這個(gè)新種不是異名相當(dāng)有挑戰(zhàn)。

2)其次雖然COI是昆蟲(chóng)里最好用的DNA條形碼,但這個(gè)結(jié)論是怎么來(lái)的呢,一般是分類學(xué)家把一堆已經(jīng)被形態(tài)分類學(xué)分好了的種類DNA測(cè)序,看COI序列對(duì)形態(tài)學(xué)分類的還原度有多少,大部分的研究都發(fā)現(xiàn)COI的區(qū)分度可以接受。但并不是所有的類群都有這樣的先驗(yàn)研究,也不是所有的先驗(yàn)研究都能發(fā)現(xiàn)COI是個(gè)好用的DNA條形碼,研究已經(jīng)發(fā)現(xiàn)一些昆蟲(chóng)是無(wú)法通過(guò)COI序列來(lái)區(qū)分的。

3)另外一個(gè)是條形碼技術(shù)是個(gè)技術(shù)壁壘,對(duì)于發(fā)達(dá)國(guó)家的分類學(xué)家來(lái)說(shuō)可能很方便,但如果對(duì)于發(fā)展中國(guó)家的分類學(xué)家,或者沒(méi)有資金支持的分類愛(ài)好者來(lái)說(shuō)想鑒定手里的一批物種,過(guò)去只需要找到原始描述文獻(xiàn)或者分類修訂文章里根據(jù)形態(tài)來(lái)的檢索表對(duì)比就可以了。如果新種的原始描述是DNA條形碼,就必須去找公司去測(cè)序,就得花錢了,而且因?yàn)樯厦娴膬蓷l原因,不上網(wǎng)查都不知道是不是花了錢測(cè)了個(gè)貓。測(cè)序的價(jià)格和數(shù)量和是不是自己先處理好樣品有關(guān),越多越便宜,文章里提到的加拿大一個(gè)樣品20人民幣左右,我在國(guó)內(nèi)拿到的報(bào)價(jià)是60-80左右,這得買多少個(gè)饃,我反正是沒(méi)骨灰到自己花錢去測(cè)序列這個(gè)程度。

但這些問(wèn)題都是可以討論的,原文作者們?cè)敿?xì)的回答了這些疑問(wèn),有興趣的可以看原文開(kāi)頭,文章的第一作沙奇(Michael sharkey)是個(gè)功力深厚的形態(tài)分類學(xué)家,從80年代就開(kāi)始了南美洲的繭蜂科的研究,編寫了1997年出版的《新大陸繭蜂科鑒屬指南》。文章的第二作者贊森(Danial Janzen,就是Janzen-Connel那個(gè)Janzen)從70年代開(kāi)始就開(kāi)始在哥斯達(dá)黎加的雨林里飼養(yǎng)蝶蛾幼蟲(chóng),文章里的繭蜂就是這幾十年里十幾萬(wàn)條蝶蛾幼蟲(chóng)飼養(yǎng)積累下來(lái)的行態(tài)分類學(xué)出身的沙奇很清楚DNA條形碼的局限,這403個(gè)新種都是經(jīng)過(guò)他仔細(xì)對(duì)比過(guò)各大博物館的模式標(biāo)本形態(tài)后認(rèn)定的(文章也同時(shí)處理了13個(gè)異名),異名的可能性很低,COI在繭蜂科里分種的有效性也是用形態(tài)分類驗(yàn)證過(guò)的了。而以他三十年來(lái)的形態(tài)分類經(jīng)驗(yàn)來(lái)說(shuō)很多種類形態(tài)上區(qū)分不大,但DNA序列有較大不同,再加上繭蜂科種類對(duì)寄主的選擇專一性比較高,贊森的寄主數(shù)據(jù)是一個(gè)非常重要的補(bǔ)充 (類似于鳴聲在鳥(niǎo)類分類上的作用)。因?yàn)橹荒芸考闹骱虳NA條形碼來(lái)區(qū)分,在這種情況下圖放了也是白放(所以大多數(shù)種類只是象征性的放了一張,這也是作者們選定用DNA條形碼來(lái)代替形態(tài)描述的原因之一。

《新大陸繭蜂科鑒屬指南》

作者們明明有詳細(xì)形態(tài)描述的能力,但卻花費(fèi)了比純形態(tài)描述更多的時(shí)間和金錢,更大的動(dòng)力是文章的第二作者贊森近年來(lái)一直在游說(shuō)政府所推動(dòng)的事情:和形態(tài)分類學(xué)家合作,大規(guī)模野外測(cè)序,并和博物館收藏的模式標(biāo)本建立關(guān)系。越多的形態(tài)分類學(xué)家參與到這樣的研究中,越能減少目前DNA條形碼技術(shù)的缺陷和不足,尤其是前面說(shuō)到的序列錯(cuò)誤和物種分辨率不確定的問(wèn)題。一旦這些問(wèn)題隨著更多形態(tài)分類學(xué)家的參與得到解決,DNA條形碼的優(yōu)勢(shì)就發(fā)揮出來(lái)了,如果十年后再去哥斯達(dá)黎加調(diào)查繭蜂科來(lái)看多樣性的變化,相比本文靠形態(tài)鑒定所花幾年時(shí)間,可能只花不到一個(gè)月的時(shí)間,這樣的便捷對(duì)于調(diào)查這些超級(jí)多樣的昆蟲(chóng)類群的種群和多樣性變化非常有用。

現(xiàn)在地球上的生物多樣性正在受到前所未有的威脅,而在這種情況下,我們連最基本的多樣性本地都沒(méi)有搞楚,更不要提如何量化生物多樣性喪失了。文章里引述了2000到2011年,平均每年有460多個(gè)新的姬蜂科和繭蜂科物種被描述,作為膜翅目中種類最豐富的類群,按照現(xiàn)在的描述速度和多樣性估計(jì),大概在2561年到3843年之間我們就能描述完這兩個(gè)類群了,而膜翅目只是昆蟲(chóng)幾個(gè)多樣超高類群里的一員。而在這樣的背景下,分類學(xué)在全球范圍內(nèi)卻受到排擠逐漸凋零,但讓形態(tài)分類學(xué)家失業(yè)的并不是DNA條形碼,而是政府對(duì)生物多樣性本底信息的不重視如果像這篇文章中這樣使用得當(dāng),DNA條形碼技術(shù)并不是形態(tài)分類的敵人,與其爭(zhēng)辯誰(shuí)優(yōu)誰(shuí)劣,兩者更應(yīng)該通力合作,共同應(yīng)對(duì)全球生物多樣性危機(jī)。

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