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對(duì)于所有開(kāi)展植物科學(xué)相關(guān)研究的科研工作者和學(xué)生群體而言，各類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)和分析平臺(tái)的建立和更新維護(hù)為植物的組學(xué)、功能、進(jìn)化以及遺傳育種等方面研究提供了豐富的資源，具有重要的理論指導(dǎo)意義和應(yīng)用價(jià)值。通過(guò)總結(jié)目前已有的植物科學(xué)相關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)資源和分析平臺(tái)，調(diào)查其使用頻率和應(yīng)用程度，可以為大家更好地開(kāi)展科研工作提供便利。 Mol Plant植物科學(xué)公眾號(hào)在今年6月份推出了《植物科學(xué)常用數(shù)據(jù)庫(kù)和生物信息學(xué)工具調(diào)研2020版》，收到大家的廣泛關(guān)注和積極評(píng)論，也被各大植物科學(xué)公眾號(hào)分享轉(zhuǎn)載。通過(guò)大家的交流和留言及MP團(tuán)隊(duì)的后期收集，我們補(bǔ)充更新了一些沒(méi)有關(guān)注到的資源，進(jìn)一步整合后推出《植物科學(xué)常用數(shù)據(jù)庫(kù)和生物信息學(xué)工具 2020正式版》分享給大家。  News 通用數(shù)據(jù)庫(kù) http://bigd./databasecommons/ 國(guó)家基因庫(kù)下屬數(shù)據(jù)庫(kù)，涵蓋各種生物的全面公開(kāi)可用的數(shù)據(jù)信息 https://www.ncbi.nlm./ 美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)信息中心的生物醫(yī)學(xué)和基因組信息門(mén)戶網(wǎng)站 https://www./nar/database/cat/13 牛津大學(xué)出版社提供的植物科學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)的匯總網(wǎng)站 http://abc./index.php 北京大學(xué)應(yīng)用生物信息學(xué)中心 https://www./ 瑞士生物信息研究所的生物信息資源門(mén)戶網(wǎng)站，涵蓋各種生物研究數(shù)據(jù)庫(kù)和軟件工具 http://www.bioinfo./ 作物基因組、遺傳和育種研究的分析計(jì)算工具和數(shù)據(jù)庫(kù) https://www./ 農(nóng)業(yè)生物數(shù)據(jù)庫(kù)和相關(guān)資源綜合平臺(tái) https://phytozome.jgi./pz/portal.html 植物比較基因組學(xué)資源庫(kù) https://bioinformatics.psb./plaza/ 植物比較基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù) http://www. 集成植物基因組學(xué)、表型和遺傳學(xué)數(shù)據(jù)的共享型平臺(tái) http://harvest./ 作物EST序列及相關(guān)分子信息數(shù)據(jù)平臺(tái) http://www./ 用于作物和模式物種的比較功能基因組學(xué)分析的綜合平臺(tái) https://www./ 蛋白質(zhì)序列和功能信息資源數(shù)據(jù)庫(kù)和分析平臺(tái) http://urgi.versailles./ 針對(duì)有農(nóng)學(xué)意義的植物研究生物信息平臺(tái) http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/index.php# GO分析工具包和數(shù)據(jù)庫(kù)綜合平臺(tái) http://www./AraQTL 基于Web的用于表達(dá)定量性狀位點(diǎn)（eQTL）研究的工作臺(tái)和數(shù)據(jù)庫(kù) http://www./ 植物基因組序列數(shù)據(jù)庫(kù) https://mpss./index.php 二代測(cè)序（NGS）數(shù)據(jù)庫(kù)，包括植物的RNA和基因組信息資源 http://pgsb./plant/plantsdb.jsp 植物基因組數(shù)據(jù)庫(kù) http://systemsbiology.cau.edu.cn/chromstates/ 植物染色質(zhì)狀態(tài)信息數(shù)據(jù)庫(kù) http://bioinf.scri./cgi-bin/plant_snorna/home 植物snoRNA基因數(shù)據(jù)庫(kù) http://bioinformatics.psb./webtools/plantcare/html/ 植物順式調(diào)控元件、增強(qiáng)子和抑制子數(shù)據(jù)庫(kù) http://metacrop. 作物代謝途徑數(shù)據(jù)庫(kù) http://podb./Organellome 植物器官研究數(shù)據(jù)庫(kù) http://www. 植物細(xì)胞的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)分析數(shù)據(jù)庫(kù) http://www. 植物-病原體相互作用的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)物質(zhì)成分?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù) http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/ 植物轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫(kù) http://plntfdb.bio./v3.0/ 植物轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫(kù) http://psorf./ 植物小型開(kāi)放閱讀框架（sORF）數(shù)據(jù)資源庫(kù) http://uorflight./ 植物uORF翻譯調(diào)控相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù) https://apex./apex/f?p=116:1 作物EST數(shù)據(jù)庫(kù) https://www.dna.affrc./PLACE/?action=newplace 植物順式調(diào)控DNA元件數(shù)據(jù)庫(kù) https://webapps.plantenergy./applications/mpic/ 植物線粒體蛋白運(yùn)輸元件數(shù)據(jù)庫(kù) https://bioinformatics.cse./fat-ptm 用于分析蛋白質(zhì)和代謝途徑的翻譯后修飾數(shù)據(jù)庫(kù) http://sundarlab./smrnas/ 谷物特別是水稻和玉米的小RNA數(shù)據(jù)庫(kù) http://ppdb.tc./default.aspx 擬南芥和玉米蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫(kù) http:/// 基于互秩指數(shù)統(tǒng)計(jì)特性的植物共表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù) http://ibi./plantcircbase/ 植物Circular RNAs數(shù)據(jù)庫(kù) http:///cgi-bin/crispr/index.cgi 植物基因編輯數(shù)據(jù)庫(kù)，收集CRISPR / Cas9技術(shù)產(chǎn)生植物的信息 https://www./TryWeb/Home.php 植物性狀全球數(shù)據(jù)庫(kù) http://chibba.agtec./duplication/ 植物基因和基因組加倍的數(shù)據(jù)庫(kù) http://www./ 生物microRNA數(shù)據(jù)庫(kù) http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/ 植物microRNA數(shù)據(jù)庫(kù) http://bis./pmirkb/ 模式植物擬南芥和水稻的microRNA數(shù)據(jù)庫(kù) http://genome.ppws./cgi-bin/MLST/home.pl 植物相關(guān)微生物的多基因座序列分型和分析數(shù)據(jù)庫(kù)及網(wǎng)站 http://structuralbiology.cau.edu.cn/PlantGSEA 植物基因集富集分析平臺(tái) http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD 植物非編碼RNA數(shù)據(jù)庫(kù) http://amp.pharm./datasets2tools/landing/tool/PLncDB 植物長(zhǎng)非編碼RNA數(shù)據(jù)庫(kù) http:///prgdb/ 植物抗病R基因數(shù)據(jù)庫(kù) https://www./aranet/ 擬南芥和一些非模式植物的功能基因網(wǎng)絡(luò)改進(jìn)數(shù)據(jù)庫(kù) http://greenc./wiki/Main_Page 基于Wiki的植物長(zhǎng)非編碼RNAs數(shù)據(jù)庫(kù) http://ppdb.agr./ppdb/cgi-bin/index.cgi 植物啟動(dòng)子數(shù)據(jù)庫(kù) http://www./ 植物miRNA綜合數(shù)據(jù)庫(kù) http://www./ 水稻、小麥和大豆的分子育種資源庫(kù) http://epigenome.genetics./PlantMethylome/ 植物DNA甲基化數(shù)據(jù)庫(kù) http//bioinfo.sibs.ac.cn/plant-regulomics 從植物多組學(xué)數(shù)據(jù)中檢索獲取上游調(diào)控因子的數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)平臺(tái) http://autosnpdb./ 植物SNP檢索數(shù)據(jù)庫(kù) http://www./ 植物蛋白磷酸化數(shù)據(jù)庫(kù) http://phytamp./main.php 植物天然抗菌肽數(shù)據(jù)庫(kù) http://bis./pcernadb/index.jsp 植物競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA數(shù)據(jù)庫(kù) http://www./plamom/ 用于檢索，分析和預(yù)測(cè)植物移動(dòng)大分子包括RNA和蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)庫(kù)平臺(tái) https://cvalues.science./ 用于獲取和比較植物基因組大小的數(shù)據(jù)庫(kù) https://plantreactome./index.php?lang=en 植物代謝和調(diào)控通路數(shù)據(jù)庫(kù) http://plantpis.ba.itb./ 植物蛋白酶抑制劑數(shù)據(jù)庫(kù) http:/// 植物DNase I超敏位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù) http://bis./pnatdb/ 植物天然反義轉(zhuǎn)錄本（Natural Antisense Transcripts）數(shù)據(jù)庫(kù) http://linux1./berry.phtml?topic=plantprom&group=data&subgroup=plantprom 植物啟動(dòng)子數(shù)據(jù)庫(kù) http://www./PMDBase/ 用于研究植物物種和基因組進(jìn)化中的微衛(wèi)星DNA和標(biāo)記開(kāi)發(fā)的數(shù)據(jù)庫(kù) http://pogs./#/ 旨在促進(jìn)有關(guān)植物基因功能和基因模型的跨物種推斷的關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù) http://plants./ 植物蛋白復(fù)合物組分以及蛋白間穩(wěn)定互作圖譜數(shù)據(jù)庫(kù) News 擬南芥 www.arabidopsis.org 最為常用的擬南芥遺傳和分子生物學(xué)數(shù)據(jù)資源庫(kù) http://rarge.gsc./ 擬南芥cDNA、突變體和微陣列數(shù)據(jù)庫(kù) https:/// 1001 Genomes：擬南芥遺傳變異目錄 https://aragwas./#/ AraGWAS：用于擬南芥的GWAS標(biāo)準(zhǔn)結(jié)果的公共人工管理數(shù)據(jù)庫(kù) http://www./ 擬南芥的全基因組范圍的假定的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù) https://www./ 擬南芥的基于側(cè)翼序列標(biāo)簽（FST）的T-DNA插入突變體查找?guī)? http://www.plprot./ 擬南芥質(zhì)體蛋白數(shù)據(jù)庫(kù) http:/// 擬南芥發(fā)育關(guān)鍵基因數(shù)據(jù)庫(kù) http:/// 擬南芥蛋白的亞細(xì)胞定位數(shù)據(jù)庫(kù) http:/// 基于RNA-seq分析的擬南芥基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫(kù) http://atrm.cbi.pku.edu.cn/ 擬南芥轉(zhuǎn)錄調(diào)控圖譜數(shù)據(jù)庫(kù) http://wanglab./rootatlas/ 擬南芥根部單細(xì)胞RNA測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù) http://ipf./pub/athrna/ 擬南芥RNA-seq數(shù)據(jù)資源，可探索20,000多種已發(fā)布的擬南芥RNA-Seq庫(kù) News 水稻 http://www./index.htm 國(guó)家水稻數(shù)據(jù)中心 https:///bgi-ris-tool BGI-RIS：水稻以及其他谷類(lèi)作物和植物基因組研究的信息資源和分析平臺(tái) http://rapdb.dna.affrc./ 粳稻日本晴基因組注釋計(jì)劃 http://rice.plantbiology./ 粳稻日本晴基因組注釋計(jì)劃 http://redb./ 水稻EST數(shù)據(jù)庫(kù) http://rmd./ 水稻突變體數(shù)據(jù)庫(kù) http://signal./cgi-bin/RiceGE 水稻功能基因組表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù) https://tos.nias.affrc./ 水稻逆轉(zhuǎn)座子Tos17插入突變數(shù)據(jù)庫(kù) http://urgi.versailles./OryzaTagLine/ 水稻T-DNA插入突變數(shù)據(jù)庫(kù) http://server./ricd/ 秈稻cDNA數(shù)據(jù)庫(kù) https://shigen./rice/oryzabase/ 水稻遺傳學(xué)和基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù) https://ricefrend.dna.affrc./ 水稻基因共表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù) https://ricephylogenomics./cellwalls/gt/ 水稻糖基轉(zhuǎn)移酶數(shù)據(jù)庫(kù) http://rice./rice/ 秈稻基因組的綜合生物信息學(xué)平臺(tái) https://www.genome./cgi-bin/rite/index.cgi 稻屬和假稻屬的重復(fù)序列和轉(zhuǎn)座因子（TEs）數(shù)據(jù)庫(kù) https://ricexpro.dna.affrc./index.html 水稻表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫(kù) http://ricevarmap./v2/ 水稻基因組變異及其功能注釋綜合數(shù)據(jù)庫(kù) https://snpseek./index.zul 水稻SNP檢索數(shù)據(jù)庫(kù) http://funricegenes./ 水稻已克隆基因的數(shù)據(jù)庫(kù) http://ibi./ricerelativesgd/ 水稻相關(guān)物種基因組數(shù)據(jù)庫(kù) http://www./rice/index.html 水稻專(zhuān)屬的表觀組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù) News 其他重要植物 http://www./ 小麥基因組信息數(shù)據(jù)庫(kù) https://www./ 小麥基因圖譜和數(shù)據(jù)共享的綜合基因組平臺(tái) http://wheat.cau.edu.cn/TGT/ 小麥族同源基因數(shù)據(jù)庫(kù) https:/// 小麥蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫(kù) http://202.194.139.32/ 小麥組學(xué)大數(shù)據(jù)可視化網(wǎng)站 http://wheat.pw. 小麥族和燕麥屬的分子和表型信息數(shù)據(jù)庫(kù) http://wheat.cau.edu.cn/Wheat_SnpHub_Portal/ 小麥及其祖先的基因組變異數(shù)據(jù)庫(kù) http://earth./~dclust/cgi-bin/index.cgi 大麥種質(zhì)資源和基因組分析數(shù)據(jù)庫(kù) https://apex./apex/f?p=284:10:::::: 大麥基因組資源平臺(tái) http://maize./ 玉米基因組數(shù)據(jù)庫(kù) https://www./ 玉米基因組和遺傳分析平臺(tái) https://www./ 玉米及其野生近緣種的基因組工程資源庫(kù) http://bioinformatics.cau.edu.cn/MCENet/ 玉米多組學(xué)基因網(wǎng)絡(luò)分析平臺(tái) http://www./ 適應(yīng)玉米多組學(xué)時(shí)代的綜合數(shù)據(jù)庫(kù) https:/// 大豆基因組學(xué)和分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù) http://proteome.dc.affrc./cgi-bin/2d/2d.cgi 大豆蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫(kù) http://www./LegumeWeb/ 國(guó)際豆科植物數(shù)據(jù)庫(kù)和信息服務(wù) https://www./ 棉花基因組學(xué)，遺傳學(xué)和育種數(shù)據(jù)庫(kù) http://structuralbiology.cau.edu.cn/GraP/ 棉花功能基因組學(xué)數(shù)據(jù)分析平臺(tái) http://magen./ 錦葵科比較基因組數(shù)據(jù)庫(kù) http://structuralbiology.cau.edu.cn/gossypium/ 二倍體和多倍體棉花基因網(wǎng)絡(luò)與功能模塊比較分析平臺(tái) http://ted.bti./ 番茄功能基因組數(shù)據(jù)庫(kù) https://www./tomatonet/ 番茄的復(fù)雜性狀挖掘的全基因組協(xié)同網(wǎng)絡(luò)平臺(tái) http://ted.bti./epigenome/ 番茄表觀基因組數(shù)據(jù)庫(kù) http://tea./ 番茄基因及其產(chǎn)物的高分辨率圖譜和搜索工具 http://tomexpress.toulouse./ 番茄轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可視化和分析平臺(tái) https:/// 茄科物種基因組測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù) http://tropgenedb./ 管理熱帶作物的遺傳和基因組信息的數(shù)據(jù)庫(kù) http://medicinalplantgenomics./participants.shtml 藥用植物基因組和代謝組資源庫(kù) http:///projects/Pomamo/ 馬鈴薯生物信息數(shù)據(jù)庫(kù) http://vitisgdb./ 葡萄育種和遺傳信息綜合數(shù)據(jù)庫(kù) http://structuralbiology.cau.edu.cn/sorghum/ 高梁功能基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù) http://structuralbiology.cau.edu.cn/SIFGD/ 谷子功能基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù) http://pepperhub./pegnm/ 辣椒基因組信息數(shù)據(jù)庫(kù) https://www./wheatnet/ 面包小麥的全基因組規(guī)模功能基因網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù) http:///brad/ 重要蕓苔屬作物全基因組規(guī)模的遺傳數(shù)據(jù)庫(kù) http://rapeseed./home 油菜種質(zhì)資源遺傳信息共享平臺(tái)網(wǎng)站 http://cbi./bnapus 甘藍(lán)型油菜泛基因組數(shù)據(jù)庫(kù) http://www./ 蕓苔屬作物基因組數(shù)據(jù)庫(kù) http:/// 葫蘆科植物基因組數(shù)據(jù)庫(kù) http:/// 咖啡基因組學(xué)、遺傳學(xué)、育種數(shù)據(jù)和分析工具 http://tropgenedb./tropgene/JSP/index.jsp 管理熱帶作物基因組，遺傳和表型信息的數(shù)據(jù)庫(kù) https://www./ 薔薇科植物基因組數(shù)據(jù)庫(kù) News 可用于植物研究的生信工具 https://ols/ 生物信息學(xué)和生命科學(xué)軟件工具門(mén)戶 http://abc./tools.php 北京大學(xué)應(yīng)用生物信息學(xué)中心工具庫(kù) https://github.com/CJ-Chen/TBtools/releases Tbtools：用于生物大數(shù)據(jù)交互式分析的集成工具包 http://www.cbs./services/TargetP/ TargetP：亞細(xì)胞定位/N端功能肽預(yù)測(cè) http://bioinformatics.cau.edu.cn/easygo/ EasyGo：提供一系列待查基因的功能注釋以及微陣列探針信息 http://smart./ SMART：蛋白保守結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)工具 http://biology-assets./GenAlEx/Welcome.html GenAlEx：群體遺傳分析軟件 https://mapman./mapman-download/ MapMan：適用于多組學(xué)數(shù)據(jù)分析的蛋白質(zhì)分類(lèi)和注釋框架 https:/// GENEVESTIGATOR: 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘比對(duì)云平臺(tái) http://skl./ CRISPR-GE: 用于CRISPR基因組編輯的便捷軟件工具包 http://skl./dsdecode/ DSDecode：基于Web的用于對(duì)目標(biāo)突變基因型的序列色譜圖進(jìn)行解碼的工具 https://github.com/srbehera11/stag-cns STAG-CNS：一種可用于任意數(shù)量物種的順序保守非編碼序列發(fā)現(xiàn)工具 http://www./FED FED：基因組編輯外源成分檢測(cè)平臺(tái) https:/// GeneCloud：使用語(yǔ)義技術(shù)來(lái)掃描特定基因列表的基因描述 https://mafft./alignment/server/ MAFFT：在線的序列比對(duì)工具 http://wlab./protter/start/ Protter：在線蛋白結(jié)構(gòu)繪制工具 https://www./evolview/ EvolView：用于可視化，注釋和管理系統(tǒng)樹(shù)的網(wǎng)絡(luò)工具 https://itol./ iTOL：用于顯示，注釋和管理系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的在線工具 https://orthovenn2./ OrthoVenn2：多物種直系同源基因簇比較和注釋在線服務(wù)工具 http://bioinformatics.cau.edu.cn/ARSER/ ARSER: 生物節(jié)律表達(dá)譜波形分析 News 植物研究專(zhuān)用工具 http://www.bar./welcome.htm BAR：植物生物學(xué)分析工具平臺(tái) http://crispr./CRISPR2/ CRISPR-P: 用于植物基因組編輯的改進(jìn)的CRISPR / Cas9工具包 https://www./act/ ACT：擬南芥共表達(dá)分析工具 http://orygenesdb./ OryGenesDB：用于水稻反向遺傳學(xué)研究的交互式工具 http://signal./cgi-bin/tdnaexpress T-DNA Express：擬南芥基因定位工具 http://plantgrn./pssRNAit/ pssRNAit: 通過(guò)全基因組脫靶基因評(píng)估設(shè)計(jì)有效和特異性的植物RNAi siRNA http://www.personal./sma3/CLIMtools.html CLIMtools：基于網(wǎng)絡(luò)的研究擬南芥基因型、表型和環(huán)境相關(guān)性的交互式數(shù)據(jù)庫(kù)工具 http://bioinfo.bti./cgi-bin/MetGenMAP/home.cgi Plant MetGenMAP：在生化途徑的背景下全面挖掘和整合基因表達(dá)和代謝物變化的網(wǎng)絡(luò)工具 http://itak./cgi-bin/itak/index.cgi iTAK：用于識(shí)別和分類(lèi)植物轉(zhuǎn)錄因子和蛋白激酶的軟件包 http://plantpan2.itps./ PlantPAN：檢測(cè)植物轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的工具 http://guoweilong./SnpHub/ SnpHub：用于探索大規(guī)模基因組變異數(shù)據(jù)的統(tǒng)一的網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器框架  致謝 |
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