內(nèi)容簡(jiǎn)介：近日，ASCO和CAP聯(lián)合推薦發(fā)表了《癌癥序列變異解讀和報(bào)告》，基因慧編譯整理要點(diǎn)，僅供參考，歡迎指正交流。
本文目錄 1.導(dǎo)讀 2.數(shù)據(jù)庫(kù) 2.1 基因組數(shù)據(jù)庫(kù) 2.1.1 大型腫瘤基因組數(shù)據(jù)庫(kù) 2.1.2 體細(xì)胞序列變異解釋相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù) 2.1.3 臨床實(shí)驗(yàn)室在應(yīng)用公共數(shù)據(jù)庫(kù)時(shí)一般的注意事項(xiàng) 2.2 參考序列數(shù)據(jù)庫(kù)
2.3 群體遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù) 2.4 腫瘤特異性數(shù)據(jù)庫(kù) 2.5 原發(fā)性變異數(shù)據(jù)庫(kù) 2.6 內(nèi)部數(shù)據(jù)庫(kù)（實(shí)驗(yàn)室產(chǎn)生） 3. 預(yù)測(cè)算法和軟件 4. 序列變異鑒定與注釋 5. 基于證據(jù)的體細(xì)胞變異分類(lèi)的指導(dǎo)意見(jiàn) 6. 檢測(cè)結(jié)果報(bào)告與解讀 7. 結(jié)論
8. 免責(zé)聲明
1 導(dǎo)讀 基于二代測(cè)序技術(shù)的腫瘤檢測(cè)已越來(lái)越多的應(yīng)用于臨床實(shí)驗(yàn)室中，但目前在不同實(shí)驗(yàn)室間存在檢測(cè)方法、報(bào)告內(nèi)容等方面的差異，這對(duì)遺傳檢測(cè)的解讀以及普及應(yīng)用造成了一定的影響。因此，在不同實(shí)驗(yàn)室間建立統(tǒng)一的分子檢測(cè)結(jié)果的解讀和報(bào)告標(biāo)準(zhǔn)，及建立行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)，顯得尤為迫切。 在2015年春天，在美國(guó)專(zhuān)門(mén)成立了一個(gè)以臨床實(shí)驗(yàn)室為核心的工作組，其組成包含了分子病理協(xié)會(huì)（AMP）、美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)協(xié)會(huì)（ACMGG）、美國(guó)臨床腫瘤學(xué)會(huì)(ASCO）與美國(guó)病理學(xué)家協(xié)會(huì)（CAP)的一線專(zhuān)家，該工作組的主要工作為對(duì)腫瘤及疑似腫瘤相關(guān)的序列變異檢測(cè)建立檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)并在行業(yè)達(dá)成共識(shí)。 該工作組首先對(duì)北美地區(qū)超過(guò)40家的臨床檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行了問(wèn)卷調(diào)查，結(jié)果顯示不同實(shí)驗(yàn)室在檢測(cè)組織類(lèi)型、檢測(cè)基因數(shù)量、是否檢測(cè)腫瘤組織全外顯子組或全基因組、以及其他細(xì)節(jié)方面都存在較大差別，此外在不同單位的檢測(cè)報(bào)告的報(bào)告內(nèi)容方面也存在較多差異。該工作組認(rèn)為，為醫(yī)療機(jī)構(gòu)提供分類(lèi)的遺傳變異報(bào)告對(duì)病人及整個(gè)醫(yī)療行業(yè)都極為重要，包括：提供精確的腫瘤對(duì)靶向治療反應(yīng)性信息；建立國(guó)家級(jí)別的醫(yī)療指南；以及與臨床試驗(yàn)合作，對(duì)建立不同實(shí)驗(yàn)室間的通用標(biāo)準(zhǔn)提供支持?；谝陨线@些考量，工作組專(zhuān)家們根據(jù)已有數(shù)據(jù)、文獻(xiàn)報(bào)道和專(zhuān)業(yè)知識(shí)，給出以下指南建議.
圖1 AMP對(duì)NGS技術(shù)及NGS結(jié)果解讀的調(diào)研 A: MAF閾值. B: 變異分類(lèi)數(shù)目 C:報(bào)告中是否包含治療性建議 . D: 報(bào)告中是否包含潛在的生殖細(xì)胞突變. E: 報(bào)告是否包含變異等位頻率Variant allele frequency (VAF) F: 報(bào)告是否包含基因組坐標(biāo) G: 報(bào)告是否包含轉(zhuǎn)錄本ID(Transcript accession) H: 報(bào)告是否包含不符合質(zhì)控的基因/區(qū)間
2 數(shù)據(jù)庫(kù)
2.1 基因組數(shù)據(jù)庫(kù)搜索
2.1.1 大型腫瘤基因組數(shù)據(jù)庫(kù) 常見(jiàn)的有： The National Cancer Institute’s Genome Data Commons，包含了The Cancer Genome Atlas, Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Therapies, 和 the Cancer Genome Characterization Initiative Catalog of Somatic Mutations in Cancer
2.1.2 體細(xì)胞序列變異解釋相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)（不完全統(tǒng)計(jì)）： Table 1 Databases Relevant to Interpretation of Somatic Sequence VariantsUtility/function | Database | Location (web address) | | Population databases to exclude polymorphisms | 1000 Genomes Project16 | http://browser. | | Exome Variant Server | http://evs.gs./EVS | | dbSNP17 | http://www.ncbi.nlm./snp | | dbVar18 | http://www.ncbi.nlm./dbvar | | ExAC | http://exac. | | Cancer-specific variant databases | Catalog of Somatic Mutations in Cancer19 | http://cancer./cosmic | | My Cancer Genome | http://www. | | Personalized cancer therapy, MD Anderson Cancer Center | https://pct. | | cBioPortal, Memorial Sloan Kettering Cancer Center20 | http://www. | | Intogen21 | https://www./search | | ClinicalTrials.gov | https:// | | IARC (WHO) TP53 mutation database22 | http://p53. | | Pediatric Cancer Genome Project (St. Jude Children's Research Hospital–Washington University) | http:// | | International Cancer Genome Consortium23 | https://dcc. | | Sequence repositories and data hosts | NCBI Genome | http://www.ncbi.nlm./genome | | RefSeqGene24 | http://www.ncbi.nlm./refseq/rsg | | Locus Reference Genomic25 | http://www. | | UCSC table browser26 | https://genome./cgi-bin/hgTables | | Ensemble BioMart27 | http://useast./biomart/martview | | Other disease/mutation databases useful in the context of variant interpretation for cancer genomics | ClinVar28 | http://www.ncbi.nlm./clinvar | | Human Gene Mutation Database29 | http://www. | | Leiden Open Variation Database30 | http://www. | | dbNSFP (compiled database of precomputed in silico prediction scores for nonsynonymous SNVs)31 | https://sites.google.com/site/jpopgen/dbNSFP | | Ensemble Variant Effect Predictor15 | http://www./info/docs/tools/vep/index.html |
2.1.3 臨床實(shí)驗(yàn)室在應(yīng)用公共數(shù)據(jù)庫(kù)時(shí)一般的注意事項(xiàng)： 了解數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)容及數(shù)據(jù)組織形式； 特別注意數(shù)據(jù)庫(kù)的限制，避免檢測(cè)結(jié)果過(guò)度解讀； 注意基因組與轉(zhuǎn)錄組的組裝版本，應(yīng)與Human Genome Variation Society (HGVS)注釋一致； 根據(jù)已有資源評(píng)估基因組測(cè)序質(zhì)量； 確認(rèn)用于病理診斷的數(shù)據(jù)質(zhì)量。
2.2 參考序列數(shù)據(jù)庫(kù)搜索
常見(jiàn)參考序列數(shù)據(jù)庫(kù)（Reference Sequence Databases) 用于人類(lèi)基因組組裝及相關(guān)信息，包括基因組坐標(biāo)，轉(zhuǎn)錄本版本，外顯子邊界等等。常見(jiàn)的有：
2.3 群體遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)搜索
群體遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)（Population Databases）提供基因多態(tài)性、人群等位基因頻率等信息，用于區(qū)分測(cè)序結(jié)果中的多態(tài)性與突變，常見(jiàn)的有：
2.4 腫瘤特異性數(shù)據(jù)庫(kù)搜索
腫瘤特異性數(shù)據(jù)庫(kù)（Cancer-Specific Databases ）提供匯總之后的不同腫瘤類(lèi)型及亞型間的序列變異發(fā)生率、外顯率等信息： 數(shù)據(jù)庫(kù)列表見(jiàn)2.1.1 Table 1
2.5 原發(fā)性變異數(shù)據(jù)庫(kù)搜索
原發(fā)性變異數(shù)據(jù)庫(kù)（Constitutional Variant Databases）主要用于區(qū)分生殖系變異與體細(xì)胞變異，常用的有:
2.6 內(nèi)部數(shù)據(jù)庫(kù)（實(shí)驗(yàn)室產(chǎn)生）搜索
實(shí)驗(yàn)室根據(jù)內(nèi)部資源獨(dú)立建立的數(shù)據(jù)庫(kù)，可用于變異注釋?zhuān)瑢?lái)將會(huì)逐步整合到公共數(shù)據(jù)庫(kù)資源中。
3 預(yù)測(cè)算法和軟件
預(yù)測(cè)算法和軟件常用于預(yù)測(cè)基因中核苷酸的變化是否會(huì)影響基因的結(jié)構(gòu)和蛋白質(zhì)的功能，總體上看，目前的生物信息學(xué)算法還無(wú)法保證足夠高的特異性，因此建議不要將預(yù)測(cè)結(jié)果作為臨床分類(lèi)與臨床決策的唯一證據(jù)。
Table 2 Algorithms for Computational Prediction of Functional Impact of Sequence Variant/Splice Site ChangesUtility/function | Algorithm/software | Location (web address) | | Missense SNV | PolyPhen237 | http://genetics.bwh./pph2 | | SIFT38 | http://sift. | | MutationAssessor39 | http:// | | MutationTaster41 | http://www. | | PROVEAN45 | http://provean./index.php | | Condel46 | http://bg./blog/2012/12/condel-for-prioritization-of-variants-involved-in-hereditary-diseases-and-transfic-for-cancer | | CoVEC40 | https:///projects/covec/files | | CADD47 | http://cadd.gs. | | GERP++48 | http://mendel./sidowlab/downloads/gerp/index.html | | PhyloP and PhastCons49 | http://compgen.bscb./phast | | Splice site prediction | Human Splicing Finder42 | http://www./HSF3 | | MaxEntScan43 | http://genes./burgelab/maxent/Xmaxentscan_scoreseq.html | | NetGene244 | http://www.cbs./services/NetGene2 | | NNSplice50 | http://www./seq_tools/splice.html | | GeneSplicer51 | http://www.cbcb./software/GeneSplicer/gene_spl.shtml |
4 變異鑒定與注釋 通常由軟件來(lái)鑒定和注釋變異。臨床實(shí)驗(yàn)室需注意軟件工具的局限性。測(cè)序深度、等位基因頻率等信息需加以考慮。目前較為通行的注釋文件格式為VCF格式，可從中分析相關(guān)信息。常見(jiàn)軟件有： Variant caller | | | https://www./cancer/cga/mutect | | https://www./gatk/guide/tooldocs/org_broadinstitute_gatk_tools_walkers_cancer_m2_MuTect2.php | | http://dkoboldt./varscan/ | | https://github.com/AstraZeneca-NGS/VarDict | | https://sites.google.com/site/strelkasomaticvariantcaller/ | | https://github.com/ekg/freebayes | | | | http://gmt.genome./packages/pindel/ | | | Torrent Suite Variant Caller | https://github.com/iontorrent/TS | | http://gmt.genome./packages/somatic-sniper/ |
5 基于證據(jù)的體細(xì)胞變異分類(lèi)的指導(dǎo)意見(jiàn) 基于循證醫(yī)學(xué)的體細(xì)胞變異分類(lèi)的指導(dǎo)意見(jiàn)（Proposed Guideline for Evidence-Based Categorization of Somatic Variants），根據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道及工作組專(zhuān)家共識(shí)，提議將基因檢測(cè)相關(guān)臨床及實(shí)驗(yàn)證據(jù)分為4級(jí)： A級(jí)：可作為FDA批準(zhǔn)治療某種特異性腫瘤的生物標(biāo)志物（biomarker），或被收錄于某些特殊類(lèi)型腫瘤的診斷、治療、預(yù)后評(píng)價(jià)的權(quán)威指南； B級(jí)：可作為基于強(qiáng)力臨床試驗(yàn)證據(jù)和專(zhuān)家共識(shí)的治療某種特異性腫瘤的生物標(biāo)志物，或用于診斷、預(yù)后評(píng)估； C級(jí)：可用于指導(dǎo)FDA批準(zhǔn)的標(biāo)注外用藥，或基于多個(gè)小規(guī)模研究的證據(jù)的診斷/預(yù)后評(píng)估； D級(jí)：結(jié)果不確定的臨床前研究，可作為輔助標(biāo)志物，基于小規(guī)模研究且未達(dá)成共識(shí)。
相應(yīng)的，可將體細(xì)胞基因組變異的臨床影響力分為4級(jí)： I級(jí)：具有強(qiáng)臨床意義的變異（A級(jí)和B級(jí)證據(jù)）； II級(jí)：具有潛在臨床意義的變異（C級(jí)或D級(jí)證據(jù)）； III級(jí)：變異的臨床意義不確定； IV級(jí)：與良性或疑似良性相關(guān)的變異。
6 檢測(cè)結(jié)果報(bào)告與解讀
所有檢測(cè)到的變異都需要根據(jù)臨床影響力4級(jí)分級(jí)系統(tǒng)進(jìn)行分級(jí)標(biāo)識(shí)； 所有檢測(cè)到的變異都需要按照HUGO基因命名委員會(huì)規(guī)則注釋與報(bào)告，報(bào)告中也應(yīng)包含其他必要信息； 生殖系變異在報(bào)告中可不加以區(qū)分，若報(bào)告生殖系變異需符合當(dāng)?shù)胤膳c政策（患者需簽署知情同意書(shū)等）； 報(bào)告檢測(cè)到變異的臨床意義； 報(bào)告可隨相關(guān)醫(yī)學(xué)知識(shí)的更新而發(fā)生變化，當(dāng)有特殊需求時(shí)可考慮更新報(bào)告； 實(shí)驗(yàn)方法應(yīng)隨檢測(cè)結(jié)果一同報(bào)告； 可將檢測(cè)報(bào)告與電子病歷系統(tǒng)整合。
在癌癥基因組譜中越來(lái)越多地使用NGS技術(shù)，給臨床實(shí)驗(yàn)室?guī)?lái)了新的挑戰(zhàn)。分子專(zhuān)業(yè)人員的關(guān)鍵任務(wù)之一是，基因測(cè)序檢測(cè)到的癌癥相關(guān)序列變體的解釋和報(bào)告的標(biāo)準(zhǔn)化。擬議的“癌癥中序列變異的解釋和報(bào)告標(biāo)準(zhǔn)和指南”代表了工作組成員的專(zhuān)家一致意見(jiàn)及他們代表的利益相關(guān)者的意見(jiàn)。該建議描述了一個(gè)基于證據(jù)的變量分類(lèi)系統(tǒng)，以及變量注釋?zhuān)诸?lèi)和報(bào)告的過(guò)程。該報(bào)告還列出了常用于NGS數(shù)據(jù)分析的有用的生物信息學(xué)工具和數(shù)據(jù)庫(kù)。這些建議應(yīng)作為臨床實(shí)驗(yàn)室專(zhuān)業(yè)人員和腫瘤學(xué)家的教育資源，以輔助變體解釋和臨床決策。我們希望本文提供的指南將在癌癥基因組學(xué)領(lǐng)域得到廣泛應(yīng)用，并推動(dòng)癌癥患者的基因組檢測(cè)和精確治療實(shí)踐。
分子病理學(xué)協(xié)會(huì)（AMP）臨床實(shí)踐指南和報(bào)告的開(kāi)發(fā)，旨在為實(shí)踐和特定領(lǐng)域的實(shí)踐提供指導(dǎo)和建議，幫助實(shí)驗(yàn)室和其他衛(wèi)生保健專(zhuān)業(yè)人員。指南或報(bào)告不應(yīng)被視為包括所有正確的方式或方法，或排除其他方式或方法。指南或報(bào)告不能保證任何具體結(jié)果，也不能建立一種護(hù)理標(biāo)準(zhǔn)。指南或報(bào)告不是要指定對(duì)特定患者的治療。治療決定必須基于健康護(hù)理提供者和每個(gè)患者的個(gè)體情況的獨(dú)立判斷。 AMP對(duì)本指南或報(bào)告不作任何明示或暗示的保證，特別不包括任何對(duì)特定用途或目的適銷(xiāo)性或適用性的保證。 AMP對(duì)與使用本文所含信息相關(guān)的直接，間接，特殊，偶然或繼發(fā)性損失概不負(fù)責(zé)。
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