蛋白參與的交互作用，都會用到一個共同的實驗原理，叫免疫共沉淀（Immunoprecipitation），即用一個蛋白的特異性抗體去沉淀這個蛋白，與它存在結合的其他分子會被一起沉淀下來，接下來對沉淀物里的其他分子進行鑒定，核酸就用測序，蛋白就用質(zhì)譜，就能分析得到與特定蛋白存在交互的其他分子。

理解了co-IP，ChIP和RIP是類似的原理，只是沉淀下來的物質(zhì)一個是DNA，另一個是RNA。

如果A和B兩個蛋白存在交互，我用A的抗體拉A，理論上就應該能在沉淀物中檢測到B（用WB的方法）。反過來，如果我用B的抗體拉B，也應該在沉淀物中檢測到A，兩個分子相互拉都能檢測到對方，才能嚴謹?shù)牡贸鰞烧哂薪换サ难芯拷Y論。所以解讀co-IP的實驗結果最關鍵的信息就在于用一個蛋白免疫沉淀的樣品（IP）里，有沒有另一個蛋白的信號，有條帶就是有交互，沒條帶就是沒交互。

在上圖的co-IP典型結果里，input是細胞裂解液，里面什么都有，所以用A、B抗體去檢測都有信號。IgG是跟抗體類似的但沒有特異性結合的蛋白，用IgG去免疫沉淀，不會沉淀到A和B，是體系的陰性對照。而關鍵的實驗結果是關注用A的抗體（anti-A）去免疫沉淀獲得的樣品里面有B的存在（上半圖），或者用B的抗體（anti-B）去免疫沉淀獲得的樣品里面有A的存在（下半圖），即紅色箭頭標注的組別有條帶，就說明A和B之間存在結合。

當然，用A的抗體沉淀下來的樣品中去檢測A，必然是存在陽性信號的，這也可以看作是實驗的陽性對照，如果用A抗體拉A都檢測不到，那么體系就有問題了，不可能有B的信號，即使有也是假陽性。

還有一種情況叫外源co-IP，相對于目的細胞里面自身有A和B的內(nèi)源表達和自然結合，外源co-IP是在工具細胞293中人為地制造A和B的過表達。

這樣單獨表達A或者單獨表達B的分組里，是不存在成功的交互結果的，只有同時轉(zhuǎn)染A和B的分組里，才有類似于內(nèi)源的用A抗體拉到B和用B抗體拉到A的結果。

之所以會有外源co-IP是因為一個蛋白的特異性抗體也挺貴的，而我們沒法一下子就猜對一組交互，還需要多個蛋白反復驗證，這時候抗體費用算是不小的負擔。外源表達的A和B可以接上蛋白標簽，比如Flag，His，HA等，這樣用標簽抗體結合融合表達了標簽的目的蛋白，可以用一組兩個抗體，驗證所有可能結合的交互蛋白分子，非常有效率。外源驗證成功的兩個分子組合，再去內(nèi)源驗證。