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如何合并多套GEO數(shù)據(jù)集?

 SCI狂人團隊 2020-11-13

首先,給大家看一張圖,如下:

有很多人會問,這樣圖是怎樣做的?下面,我們來告訴你

第一步,下載GDS3592和GDS1381數(shù)據(jù)集

第二步,分別對兩個數(shù)據(jù)集做差異表達分析

第三步,將保存好的差異表達文件放在同一文件夾,命名為GDS3592.txt,GDS1381.txt,使用RobustRankAggreg包進行合并就可以了

這里要說一下,不同數(shù)據(jù)集測序平臺不同,實驗室不同,操作人員等等都不同,這樣就會存在嚴(yán)重的批次差異,雖然分析的時候可以進行矯正,但是批次差異還是實實在在存在的,就像meta分析的異質(zhì)性一樣。所以關(guān)于合并有些人認(rèn)為可以,有些人認(rèn)為不可以,百家爭鳴。

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