拿一套GEO數(shù)據(jù)集用DECenter來花式做差異詳解

之前很多人使用DECenter出現(xiàn)各種奇奇怪怪的錯誤，然后程序猿一直希望將學(xué)習(xí)成本降到最低，經(jīng)過多次努力，已更新到了第四版本

GAP地址V4：http://gap./tool/10/

百度云下載地址：

64bit：鏈接：http://pan.baidu.com/s/1mi3OiwS 密碼：ppra

32bit：鏈接：http://pan.baidu.com/s/1pL0unIr 密碼：ayfd

這次就用V4來做一下一套GEO芯片數(shù)據(jù)的差異分析

這套芯片數(shù)據(jù)為：GSE15781，這套芯片是直腸癌的數(shù)據(jù)，樣本總共有42個，做差異分析之前我們都應(yīng)該先看懂咱們自己的數(shù)據(jù)，如下圖，從圖中可以看出這套數(shù)據(jù)使用的平臺是GPL2986,42個樣本，分別有四類

1、腫瘤樣本

2、正常樣本

3、經(jīng)過放療的正常樣本

4、經(jīng)過放療的癌癥樣本

進一步的我們下下載這套GEO的數(shù)據(jù)集使用GEO芯片轉(zhuǎn)換器進行數(shù)據(jù)提取，不會的回頭看如何提取GEO的數(shù)據(jù)

最終我們會得到兩個表：

現(xiàn)在我們需要修改一下SampleInfo.xls文件以便對這些樣本進行更好的分組比較，打開這個表格（Excel 會提示如：https://www./question/386），看到如下圖的文件表格（注意你的數(shù)據(jù)中每個后面帶了分號，我這里把分號替換掉了）

現(xiàn)在我們需要分組，假設(shè)我們設(shè)想的比較方式是這樣的：

1、癌癥樣本與正常樣本比較

2、放療樣本與非放療樣本比較

3、癌癥放療樣本與非癌癥放療樣本比較

那么從上面的三種比較方式我們可以看出需要以下幾組樣本

1、癌癥樣本，使用Tumor表示

2、正常樣本，使用Normal表示

3、放療樣本，使用Irrad表示

4、非放療樣本，使用NoIrrad表示

5、癌癥放療樣本，使用TumorIrrad

6、非癌癥放療樣本，使用NoTumorIrrad

然后我們將這六組樣本分別拿出來比如第一組，注意哦，我在Excel里面重新建了個表

加入第二組樣本，即正常樣本如：

加入第三組樣本，即放療樣本如：

依次類推往表格后面加就行,所有組加完了另存為一個文本文件就行，比如下圖：new_sample.txt

用文本打開new_sample.txt看看格式有沒有壞，整齊的就好：

數(shù)據(jù)準備完畢了之后導(dǎo)入我們的DECenter軟件如

注意箭頭處一定要選對，點擊運行并選擇結(jié)果保存目錄。

然后等待程序運行完成即可，根據(jù)數(shù)據(jù)量和電腦配置，時間長短不一，最終結(jié)果如下：