TCGAbiolinks是一個分析處理TCGA數據的R包，通過GDC API來查詢和下載TCGA的數據，同時提供了差異分析，生存分析，富集分析等常見的分析功能，網址如下

http:///packages/release/bioc/html/TCGAbiolinks.html

這個R包的基本用法如下

1. Query

和在線查詢類似，只不過是將網頁上的各種可選的屬性變成了對應的參數，基本用法如下所示

以project為核心進行查詢, 其他參數用來對數據進行過濾，常用的有以下幾個參數

1. datga.category

2. data.type

3. workflow.type

4. experimental.strategy

5. platform

6. access

以上參數和和網頁上的的各項選擇菜單相對應，示意如下

除此之外，還有幾個重要參數，legacy參數的默認值為FALSE,表示從harmonized database進行查詢，TRUE表示從 GDC legacy archive進行查詢；barcode參數用于選擇其中部分樣本的數據。

查詢結果的基本單位為Files， 可以通過以下代碼進行查看

結果是一個html的表格，通過網頁進行查看，每行代表一個表格，示意如下

2. Download

除了查看檢索結果外，還可以下載檢索結果，用法如下

這里分成了兩個步驟，第一步從GDC下載原始數據，可以使用API或者gdc-clinet進行下載， API的速度相對快一點；第二步對原始數據的結果進行整理，從GDC下載的原始數據是每個文件單獨分開的，需要先對結果進行整理，才可以用于后續(xù)分析。以表達譜數據為例，需要進行樣本的合并，樣本ID的轉換等，所有這些都可以通過GDCprepare完成。

整理好的結果存放在data對象中,  樣本的信息可以通過如下方式進行查看

結果示意如下

表達量矩陣的信息查看方式如下

結果示意如下

數據下載并整理好之后，就可以進行分析了。不同類型的數據對應的分析方法也不同，具體的分析方法請參考官方文檔。