初五迎財神，晦氣去去去，事業(yè)順順順，運道旺旺旺，新年發(fā)發(fā)發(fā)！

最騷不過中西合璧呀！

要說生物醫(yī)學界的財神，個人以為TCGA數(shù)據(jù)庫算一個，畢竟給廣大人民群眾帶來了無數(shù)的數(shù)據(jù)和文章！今天就給大家扒拉扒拉TCGA數(shù)據(jù)庫的正確打開方式。TCGA，The cancer genome altas，https://cancergenome./

TCGA的里蘊藏著大量的數(shù)據(jù)，但是如何獲取這些數(shù)據(jù)，成為了第一道門檻。之前給大家介紹過生信人開發(fā)的簡易TCGA數(shù)據(jù)下載的小工具這么好用的TCGA數(shù)據(jù)下載工具？！，工具還是相當給力的，但是如若要進一步篩選想要的樣本，又或者說有些腫瘤的數(shù)據(jù)下不下來（比如AML的），那還是得用到TCGA自帶的下載工具。

我們首先在TCGA網(wǎng)站里勾選好想要下載什么樣的樣本，以及數(shù)據(jù)類型（比如是RNA-seq的count數(shù)據(jù)，或者是臨床信息）

選好之后下載Manifest

然后打開GDC Apps下載TCGA官方的下載工具

解壓之后就這么一個文件，我們把剛才下載的Manifest也保存在這個文件夾里

打開命令提示符cmd

然后在DOS界面里進入到剛才那個文件夾，我是放在D盤里的，所以先輸入D：進入D盤，如果放到E盤里就輸入E：

如果是放到C盤里，就輸入CD..，退回到C盤的最初目錄

接下來復制這個文件夾的地址（在地址欄右鍵鼠標）

粘貼過來之后

改成下圖這樣，cd\表示進入該目錄

然后輸入以下命令：

gdc-client download -m gdc_manifest.2018-02-20.txt

即可開始下載

其中g(shù)dc_manifest.2018-02-20是那個manifest的名字，但是切記要加上文件后綴——.txt。

下載好的文件就在當前文件夾里了

覺得這個方法太復雜了？好吧，教你個傻瓜的。。

UCSC Xena (https:///heatmap/)

先選數(shù)據(jù)集

輸入感興趣的基因列表

我比較憨，我對自己芯片結(jié)果里所有的差異基因都感興趣，所以我就把整個差異基因的Gene list搬運到了這里。右邊這個表可以和左邊的一毛一樣，也可以隨便填一下。

數(shù)據(jù)量大了，自然就會很卡，畢竟1000X1000的矩陣。。。所以最好還是悠著點，不要像我這樣劃船不靠槳全靠浪。

右上角可以下載數(shù)據(jù)結(jié)果，也可以下載熱圖的PDF，和基因表達數(shù)據(jù)的矩陣文件

在彈出無數(shù)次的以下頁面后，我終于把自己浪死了！

所以還是不要用力太猛，悠著點，我們減少點基因數(shù)量重新來過。。。

下載的PDF結(jié)果

TSV文件剛包含了基因表達信息和對應的樣本信息矩陣，走過TCGA分析流程的童鞋就會知道，能一下子得到這下面這張表格是多么方便的一件事情！節(jié)省了多少工作量！

好了！今天兩個TCGA的工具——TCGA自帶下載工具GDC Apps和UCSC Xena就介紹到這里了！祝大家文章基金全都有，金銀財寶滾滾來！

關(guān)注后獲取《科研修煉手冊》1、2、3、4、5、6，基金篇精華合集