高通量技術(shù)測(cè)序與生物信息學(xué)的飛速發(fā)展，各種類型的RNA都像浩瀚海洋中的一條條魚被發(fā)現(xiàn)并打撈上岸，而后不同類型的魚或因珍貴程度、或因營(yíng)養(yǎng)價(jià)值、或因研究需求等受到人們不同的處理方式，或被食用、或被保護(hù)、或被研究、或被觀賞......LncRNA是目前研究的熱點(diǎn)與難點(diǎn)，如何更好地研究它呢，往下看，或許能帶來些許幫助。

我是誰？

我（LncRNA）就是長(zhǎng)鏈非編碼RNA，目前的大明星，雖然是一類不編碼蛋白，轉(zhuǎn)錄本長(zhǎng)度超過200nt（nucleotide，核苷酸）的RNA分子。我主要是住在叫細(xì)胞核的房子里，我們的個(gè)性很強(qiáng)（不同物種間保守性較差），完全順應(yīng)了時(shí)代發(fā)展的潮流，數(shù)量上遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過我們的姐妹（mRNA），有時(shí)候我們很像，如果不小心辨認(rèn)，我們會(huì)被錯(cuò)認(rèn)。關(guān)于我的故事有很多很多，想多了解我一點(diǎn)，就趕緊行動(dòng)起來，高通量測(cè)序是就是認(rèn)識(shí)我最強(qiáng)大的一個(gè)武器哦。

我本領(lǐng)？

我不能像mRNA那樣，赤裸祼地表達(dá)著自己的喜怒哀樂，我會(huì)以一種含蓄而神秘的方式來展現(xiàn)自己，時(shí)而扮演特定信號(hào)的角色，代表新生活的開始（時(shí)空特異性表達(dá)）；時(shí)而扮演大學(xué)導(dǎo)師的角色，指導(dǎo)學(xué)生們的課題方向（指導(dǎo)蛋白復(fù)合物定位到特定調(diào)控位點(diǎn)）；時(shí)而扮演學(xué)生干部的角色，組織各組成員管理班級(jí)（與蛋白和/或RNA形成各種復(fù)合物）；時(shí)而扮演嫵媚女子的角色，吸引著許多已婚或者未婚人未婚人（引誘其它調(diào)控RNA或蛋白與之結(jié)合）......不管何種方式，最終目的是調(diào)控靶基因。

我靶標(biāo)？

我存在的目的是調(diào)控靶基因的表達(dá)，那么怎么樣來尋找我的靶基因呢？信息時(shí)代，只要你上網(wǎng)搜索，會(huì)有很多結(jié)果。

• 如果你知道我的大名（已知gene symbol 的LncRNA），可以直接通過軟件數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行查看。比如：

starBase：http://starbase./index.php

ChIPBase：http://rna./chipbase/index.php

NONCODE：http://www./index.php

• 如果我是新發(fā)現(xiàn)的呢？如何查找？可以從我作用模式來研究。我對(duì)基因的調(diào)控要么順式（cis）作用，要么是反式（trans）作用，根據(jù)這兩種方式分別進(jìn)行預(yù)測(cè)。

順式作用靶基因預(yù)測(cè)認(rèn)為L(zhǎng)ncRNA的功能與其坐標(biāo)臨近的蛋白編碼基因相關(guān)，位于編碼蛋白上下游的LncRNA可能與啟動(dòng)子或者共表達(dá)基因的其他順式作用元件有交集，從而在轉(zhuǎn)錄或者轉(zhuǎn)錄后水平對(duì)基因的表達(dá)進(jìn)行調(diào)控。確定一個(gè)LncRNA具有順式調(diào)控作用通常要滿足3個(gè)條件：1是它與附近的基因表達(dá)情況保持一致；2是它失活后會(huì)影響周圍基因的表達(dá)；3是它會(huì)影響附近同一位點(diǎn)的基因表達(dá)。方法在于首先要找出位于LncRNA上游或者下游附近（10K）的編碼蛋白基因，通過對(duì)編碼蛋白的功能富集分析，從而預(yù)測(cè)LncRNA的主要功能，為后續(xù)順式作用分析打下基礎(chǔ)。 

反式作用靶基因預(yù)測(cè)認(rèn)為L(zhǎng)ncRNA的功能跟編碼基因的位置關(guān)系沒有關(guān)系，而與其共表達(dá)的蛋白編碼基因相關(guān)。當(dāng)它與一些距離較遠(yuǎn)的基因在表達(dá)量上存在正相關(guān)或負(fù)相關(guān)的情況時(shí)，就可以通過樣本間LncRNA與蛋白編碼基因的表達(dá)量相關(guān)性分析或基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析來預(yù)測(cè)其靶基因。LncRNA的反式作用靶基因預(yù)測(cè)只適合于樣本量大的情況，如果樣本量太少（如6個(gè)以下），分析將不可靠

• LncRNA 除了順式與反式作用調(diào)控后，還可參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控，這里主要是針對(duì)miRNA等這樣的小RNA，通過堿基互補(bǔ)的方式發(fā)生關(guān)系。反義LncRNA可與正義鏈的mRNA結(jié)合調(diào)控基因沉默與轉(zhuǎn)錄進(jìn)程，可以利用RNAplex等軟件預(yù)測(cè)LncRNA與mRNA之間的互補(bǔ)配對(duì)關(guān)系，計(jì)算最小自由能來預(yù)測(cè)最佳堿基配對(duì)關(guān)系。

核實(shí)我？

根據(jù)預(yù)測(cè)與生物學(xué)意義，選定LncRNA，后續(xù)我們還可以做的驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)：

最常用的方法：

①　qPCR的方法驗(yàn)證LncRNA與mRNA的關(guān)系；

②　ceRNA調(diào)控機(jī)制研究；

③　功能研究（基因敲除或者過表達(dá)，查看相關(guān)基因的表達(dá)或者細(xì)胞表型變化）；

④　免疫共沉淀研究：RNA pull down、RNA-RIP、ChIP-seq等方法檢測(cè)與LncRNA結(jié)合的DNA、RNA、蛋白質(zhì)；

⑤　LncRNA表觀調(diào)控研究；

⑥　......

參考資料：

https://sanwen8.cn/p/2abSAHX.html