之前也有不少文章對GEPIA做過有針對性的推薦，而本帖則主要將GEPIA的功能做一次全面的分析。

GEPIA平臺對TCGA數(shù)據(jù)的分析足以滿足大部分處于科研金字塔底層的勞動人民的日?？蒲醒a圖需求，那么GEPIA可以提供哪些直接可用的功能和圖呢？

1. 對選定癌種的差異基因分析匯總，并具體在每一條染色體表示。

2. 對選定基因的表達量（基于TPM值）分析。

選定癌種和閾值（log2FC和q-value）以及差異分析方法（ANOVA、LIMMA）以及納入的樣本（單純腫瘤組織、還是腫瘤與配對正常組織，還是包含了除TCGA數(shù)據(jù)庫外的GTEx數(shù)據(jù)匯總），就可以得到相應(yīng)的各個癌種的表達圖。

這項功能特別適用于某個基因的pancancer分析。

3. 對特定基因的特定癌種的正常組織對比腫瘤組織的表達分析。

選定癌種，選定閾值以及納入組織類型，就可以得到即用的表達箱圖，有紅色星星的表示有差異。

4. 對特定基因在特定癌種中的不同病理分期中的表達差異分析。同樣，選定癌種，選定大范圍粗略的Stage分析（Stage I，II，III，IV）還是精細的Stage分析（包含Ia-IVb）。所得結(jié)果圖也是即用型（這里說明這個基因在Stage I沒有相應(yīng)結(jié)果）。

這項功能特別適用于某個基因的clinicopathological 的補充分析，比如某些reviewer讓你補充基因在癌種中的隨病情的表達變化，這就是絕好的材料。

5.對多個目標基因的表達分析。

6.對特定基因的生存分析，這個是經(jīng)典中的經(jīng)典。

7. 對特定病種里所有與預(yù)后差異顯著相關(guān)的基因的匯總。這個適合找課題。

8. 想了解目標基因有哪些類似基因的情況下，可以用這個類似基因篩選功能。

9.如果想了解兩個基因之間的關(guān)聯(lián)性，可以用這個功能。

總的來說，GEPIA目前提供的功能非常全面和簡潔。非常適合對常規(guī)實驗室文章的臨床數(shù)據(jù)補充和驗證。