不論是做基礎(chǔ)研究還是臨床研究，TCGA都是“寶藏”數(shù)據(jù)庫(kù)，可是不會(huì)寫代碼，如何徒手挖掘TCGA？

來(lái)自北京大學(xué)的研究人員開(kāi)發(fā)了GEPIA，GEPIA讓沒(méi)有任何編程背景的科研工作者能夠輕松執(zhí)行各種基因表達(dá)分析。其相關(guān)研究成果已發(fā)表在《Nucleic Acids Research》。

用戶可以使用GEPIA2的相關(guān)模塊完成基于TCGA和GTEx數(shù)據(jù)的基因表達(dá)的一般性分析、差異表達(dá)分析、表達(dá)DIY、生存分析、Isoform分析、相關(guān)性分析、基因相似性分析、PCA分析。

在輸入框中輸入目標(biāo)基因名稱，即可得到該基因在不同組織中正常和癌癥中的表達(dá)交互人體圖、散點(diǎn)圖、柱狀圖以及異構(gòu)體/相似基因列表。

設(shè)置搜索條件：選擇癌癥類型，篩選差異的閾值和差異表達(dá)的方法。點(diǎn)擊plot可得到差異基因的不同染色體分布；點(diǎn)擊list得到差異基因列表。

• 目的基因表達(dá)量分析

• 特定基因的特定癌種的正常組織對(duì)比腫瘤組織的表達(dá)分析

• 特定基因在特定癌種中的不同病理分期中的表達(dá)差異分析

• 多個(gè)目標(biāo)基因的表達(dá)分析

• 對(duì)特定基因的生存分析

• 對(duì)特定病種里所有與預(yù)后差異顯著相關(guān)的基因的匯總（適合找課題）

• 多個(gè)基因在多個(gè)癌癥中與生存的關(guān)聯(lián)分析

對(duì)同一個(gè)基因不同轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)做分析，得到不同轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)豐度及Isoform結(jié)構(gòu)。

輸入基因或基因標(biāo)簽名稱，選擇癌種/樣本信息，即可完成基因相關(guān)性、相似性、PCA分析。

用戶可上傳自有數(shù)據(jù)，完成癌癥亞型分類及基因表達(dá)分析。