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宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示海洋水體中微生物獨(dú)特的小RNA

 tyg0705 2018-03-21

研究背景:

使用全RNA表達(dá)的宏轉(zhuǎn)錄組研究可以揭示最自然的微生物群落組成,同時(shí)也包含了轉(zhuǎn)錄本的全部信息。


研究方法:

研究人員獲取通過對海洋水體進(jìn)行宏轉(zhuǎn)錄組測序獲得了大量DNA序列信息。包括了大量已知sRNA和未知的psPNA。


1.前二十種sRNA的豐度分布與注釋


研究結(jié)果:這些psRNA通過和微生物基因比對,map到了基因間區(qū),并且二級結(jié)構(gòu)指向了功能調(diào)控基因。通過測序深度的分析,將這些psRNA分配到對應(yīng)物種中,發(fā)現(xiàn)其分布很廣泛,但不同組別間的差異又指示參與了生態(tài)適應(yīng)的過程。


結(jié)論:使用宏基因組學(xué)的方法可以揭示新的信息,包括最自然狀態(tài)下,微生物物種的分布豐度,sRNA的組成以及可能參與的代謝過程。


原文鏈接:

Metatranscriptomicsreveals unique microbial small RNAs in the ocean’s water column

http://www./nature/journal/v459/n7244/full/nature08055.html

Nature 459, 266-269 (14 May 2009) | doi:10.1038/nature08055;Received 31 October 2008; Accepted 9 April 2009


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