相信大家都各有各的喜悅和苦惱，苦惱啥呢？太多了。

咱們今天就來關(guān)注一下科研汪比較頭大的課題設(shè)計(jì)和數(shù)據(jù)挖掘，這也是開題報(bào)告和基金申請(qǐng)中最重要的一部分了。

咱們就介紹的神器的網(wǎng)站叫做circlncRNAnet，一個(gè)自詡碾壓所有非編碼RNA數(shù)據(jù)庫(kù)的網(wǎng)站，其實(shí)剛開始師兄是不信，看著看著就跪了。

教大家如何10分鐘就找到課題設(shè)計(jì)思路，甚至做出一篇生信文章的素材。

（1）數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址

首先來看下它的網(wǎng)站首頁(yè)

http://app./circlnc/

有三種分析的選項(xiàng)，咱們首先來試試“l(fā)ncRNA-TCGA”，基于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)，類似這種功能的數(shù)據(jù)庫(kù)也是不少的，像CRN、cbioportal等，不過絕對(duì)沒有這個(gè)好用。

（2）選擇疾病類型，Start！

咱們看到，有多達(dá)20個(gè)腫瘤類型，咱們隨手點(diǎn)開“BRCA(Breast Invasive Carcinoma )”

（3）不需要R，不需要?jiǎng)e人幫忙，一鍵分析

然后乳腺癌的樣本分析就出來了！就出來了！

咱們只需要選擇“LogFC”“P值”來初篩一下基因（有些童鞋表示這種小兒科寡人也會(huì)），然后你點(diǎn)擊“CSV”就可以下載到自己桌面了。

（4）課題設(shè)計(jì)選lncRNA分子

但是lncRNA依然很多啊，怎么辦，那咱們就調(diào)整篩選條件，至于是logFC=8還是20，你看著辦吧。

例如咱們提高篩選標(biāo)準(zhǔn)后，就出現(xiàn)了少數(shù)幾個(gè)lncRNA了，那咱們自己查下信息，認(rèn)為重要的那個(gè)或者幾個(gè)（請(qǐng)注意，可以多選哦）

這個(gè)時(shí)候?yàn)g覽器再次進(jìn)入假死狀態(tài)，請(qǐng)記住是假死，不是真死！不要暴躁地摔電腦！

（5）5分鐘之后.......

等待了5分鐘之后，分析的結(jié)果出來了，看看都有什么

①　LncRNA在組織中表達(dá)水平箱式圖

②　LncRNA和共表達(dá)靶基因的共表達(dá)散點(diǎn)圖

③　共表達(dá)基因的熱圖、GO注釋和KEGG富集

④　共表達(dá)基因的Circos圖

⑤　LncRNA-RBP網(wǎng)絡(luò)圖

⑥　LncRNA-miRNA網(wǎng)絡(luò)圖

呵呵，生信文章可以寫寫了

 （6）lncRNA互作關(guān)系可下載

這些圖有時(shí)候很慢才出來，要有耐心（陰險(xiǎn)臉）

喜歡lncRNA和miRNA互作的胖友有福了，一鍵下載有木有！

想要研究lncRNA的結(jié)合蛋白R(shí)BP的胖友有福了，一鍵下載有木有！

（7）生存分析曲線

至于lncRNA的生存曲線嘛，看看這個(gè)文章，生存分析，這個(gè)網(wǎng)站還不錯(cuò)！

（8）可DIY分析自己的芯片或者測(cè)序數(shù)據(jù)

另外這個(gè)網(wǎng)站也給咱們提供了分析自己lnc、circ芯片或者測(cè)序數(shù)據(jù)的選項(xiàng)

Demo file的樣子如下，你需要首先區(qū)分開編碼的和非編碼的RNA，分別導(dǎo)入txt格式

circlncRNAnet自詡碾壓以下所有數(shù)據(jù)庫(kù)：

什么Starbase、NONCODE、miRanda、lncRNA2Function、Co-LncRNA、lncRNA2Target、LNCipedia、lncPro、Circ2Traits、CircNet等等，反正就是給人的感覺，沒有一個(gè)其他數(shù)據(jù)庫(kù)是它看得上的（哭臉）。