十八世紀(jì)末期，哈頓（James Hutton）出版的《地球概論》（Theory of the Earth）一書標(biāo)志著近代地質(zhì)學(xué)的開端。哈頓在該書中系統(tǒng)地闡述了“自然劃一原則”（The Principle of Uniformitarianism）。他的一句名言是：“今天乃是解釋過去的鑰匙?！币簿褪钦f，借著對現(xiàn)今地質(zhì)現(xiàn)象的觀察來解釋地球發(fā)展的歷史?，F(xiàn)代地質(zhì)學(xué)的奠基人、英國地質(zhì)學(xué)家賴爾（Charles Lyell）在他的著名的《地質(zhì)學(xué)綱要》（Principle of Geology）一書中進(jìn)一步完善了“自然劃一原則”，認(rèn)為所有地球的變遷乃是由現(xiàn)今的自然過程經(jīng)過漫長的時間逐漸積累而成。

與均變說相反，以法國古生物學(xué)家居維頁（Baron George Cuvier）為代表的災(zāi)變學(xué)說（Catastrophism）認(rèn)為，地質(zhì)記錄所顯示的乃是多次因天災(zāi)引發(fā)的突然劇變而非連續(xù)的均變。賴爾與達(dá)爾文是同代人。賴爾的均變論能提供達(dá)爾文的自然選擇理論所需要的漫長的歷史時間。達(dá)爾文推出《物種起源》后，賴爾的均變論逐漸被普遍接受。然而，化石的證據(jù)對均變論是相當(dāng)不利的。

化石記錄顯示，很多生物突然同時絕滅，然后很多新種突然同時出現(xiàn)，接著是一段長期穩(wěn)定的時期。其中最著名的兩次物種大絕滅是二疊紀(jì)大絕滅(Permian Extinction)和“K-T” 大絕滅。

二疊紀(jì)是一個地質(zhì)時期（被認(rèn)為約在2.5億年前）。在那次絕滅中，海洋中百分之五十的無脊椎動物的“科”（Family），百分之九十以上的動物的“種”一同絕滅。

K-T表示白堊紀(jì)（Cretaceous）和第三紀(jì)（Tertiary）這兩個地質(zhì)時期的交界處。恐龍在白堊紀(jì)（被認(rèn)為約在六千五百萬年前）非常多，但進(jìn)入第三紀(jì)立即消失得無影無蹤。到現(xiàn)在為止，恐龍絕滅之謎仍未解開。多數(shù)證據(jù)趨向于認(rèn)為是天災(zāi)（如大量的殞石撞擊地球等）所致。

人們的常識也不利于均變論。比如說，煤是植物的遺體形成的，而石油是動物的遺體變成的。世界各地都常常發(fā)現(xiàn)大片大片的煤田和含油的巖層。說明在這些區(qū)域，動、植物是同時大量死亡、同時被埋藏在地下的。物種形成后是相對穩(wěn)定的。

“活化石”清楚表明這一點(diǎn)?！盎罨笔侵溉藗兿仍诨邪l(fā)現(xiàn)，其后方知至今仍然活著的生物。銀杏 (Ginkgo Biloba) 和水杉屬植物(Metasequoia) 是中生代(The Mesozoic) 的著名松柏類植物，有完整的化石記錄。幾十年前才知道，這兩類樹在中國仍然活著!這些活樹與化石相距一、兩億年(按同位素測年法)之遙，兩者的性狀卻無差異。腔棘魚(Coelacath)也是這樣的活化石(見后述)。

一般人都以為，化石為進(jìn)化論提供了充分依據(jù)。其實(shí)，達(dá)爾文主義的最大困難正是化石的證據(jù)。進(jìn)化論最大的敵人不是宗教領(lǐng)袖而是研究化石的專家們。

達(dá)爾文發(fā)表《物種起源》不久，在德國的一個石灰?guī)r層發(fā)現(xiàn)一個動物化石，被取名為“始祖鳥”（Archaeopteryx），兼具爬行動物和鳥類的特征，被認(rèn)為是由爬行類進(jìn)化到鳥類的中間類型。進(jìn)化論者為之雀躍，以為進(jìn)化論已找到充分的證據(jù)。然而達(dá)爾文本人十分清楚，化石的證據(jù)顯明中間類型的缺失，對他的理論是致命傷。但他推諉于化石記錄的不完全。

經(jīng)過一百多年的努力，科學(xué)家們已發(fā)現(xiàn)許多保存相當(dāng)完整的地層，對其中所保存的化石也作了深入而系統(tǒng)的研究，中間類型的化石仍難尋覓。如果動物真是從無脊椎到脊椎動物，從魚類到兩棲類、爬行類，然后再到鳥類和哺乳類這樣進(jìn)化來的，那么中間類型的活物或化石應(yīng)該隨處可見，俯首皆拾才對。如果說達(dá)爾文當(dāng)年尚有借口，那么今天的進(jìn)化論者面對化石的難題再不能自圓其說了。

更有甚者，像始祖鳥、腔棘魚(Coelacath)這兩種著名的中間類型的化石現(xiàn)已得而復(fù)失了。始祖鳥的某些爬行動物的特征(如前肢有爪)，已在今天的活鳥中發(fā)現(xiàn) 。

其次，原以為始祖鳥是半爬半飛的；現(xiàn)據(jù)其爪的形狀，已被認(rèn)為是一種已能棲息在樹上的鳥。

第三，中國科學(xué)家近年在遼寧省發(fā)現(xiàn)了與始祖鳥同期的現(xiàn)代鳥的化石，說明始祖鳥并非鳥類的祖先  。

由上述發(fā)現(xiàn)，始祖鳥已失去鳥的祖先的地位。腔棘魚化石的骨骼粗壯，而且胸鰭中有小骨；古生物學(xué)家推想：一旦胸鰭變?yōu)榍爸涂梢缘顷懀兂蓛蓷惲恕?/p>

一九三八年，漁夫在西印度洋捕獲一種魚，其骨骼與腔棘魚化石幾乎完全一樣。然而，它根本沒有適應(yīng)陸地生活的任何生理特征(如肺等)。

不管怎么說，始祖鳥、腔棘魚多少沾一點(diǎn)“中間類型”的邊兒。相比之下，骨骼在外、肉質(zhì)部分在內(nèi)的軟體動物（如蝸牛、蛤蚌等）是如何翻個個兒變成骨骼在內(nèi)、肉質(zhì)部分在外的脊椎動物的，一點(diǎn)線索都沒有。由單細(xì)胞生物進(jìn)化到軟體動物的證據(jù)也找不到，連借口也難尋。

按自然選擇理論，適者生存。達(dá)爾文說：“如果我們看每一種生物都是從另一種不知名的生物傳下來的話，那么它的父母及其它過渡期的中間型應(yīng)該被這新的更完美的新種消滅了。制造新種的同時就消滅了舊種”。

按此，始祖鳥應(yīng)該比爬行類更進(jìn)化，而鳥類又較始祖鳥的適應(yīng)力強(qiáng)。可為什么比始祖鳥原始的爬行類和比始祖鳥更進(jìn)化的鳥類現(xiàn)在都存活于世，而唯獨(dú)始祖鳥被淘汰了呢？

推而廣之，在現(xiàn)今的地球，從最原始的病毒到最高級的人類，各種類型的動、植物都共存著，恰恰中間類型都沒有了；在現(xiàn)存的物種中沒有，在化石中也找不到。這是進(jìn)化論違反常理之處。符合邏輯的解釋是，這些中間類型的生物也許根本沒有出現(xiàn)過。

分子生物學(xué)的發(fā)展，使人們可以詳盡比較生物間的大分子的分子結(jié)構(gòu)?；谶M(jìn)化時間與分子差異成正比的假設(shè)，提出了“分子鐘”的概念。然而，分子鐘并不支持進(jìn)化的預(yù)期。

潘伯滔博士說：“從人類和猩猩中提煉出來的四十三種蛋白質(zhì)被上述的核酸雜交法、免疫法測驗、電泳測度法和比較氨基酸排列的方法測量后，所得的結(jié)論乃是：在同科(Family)不同屬(Genera)的種(Species)中，其遺傳距離比猩猩與人類之間的距離還大得多；而猩猩與人類乃是屬于兩個不同的科”。細(xì)胞色素C(Cytochrome)是被人研究得最詳盡的蛋白。對不同動物C的細(xì)胞色素的氨基酸的差異是否支持進(jìn)化論，仍有分歧。

綜上所述，達(dá)爾文的自然選擇的假說與事實(shí)之間有很多矛盾。隨著時間的推移和研究的深入，這些矛盾變得更加尖銳而不可調(diào)和。詹腓力尖銳地指出：“在此我要提出一個最基本的問題。既然達(dá)爾文主義有這么多問題，進(jìn)化論又缺乏更理論的構(gòu)架來取代，為什么我們不重估整個構(gòu)架？科學(xué)家有什么理由絕對確知所有的生物真是從唯一的簡單生物開始的呢”

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