這個問題也一直是我最關心的問題，我可以先簡單的回答一下。

這里的生物進化論應該特指達爾文的生物進化論。達爾文的生物進化論有一個核心:自然選擇。通俗的說就是達爾文認為所有物種都是從一個或幾個極少的原始生物演變而來的。

達爾文生物進化理論從誕生第一刻起，就是不完美的，在達爾文的《物種起源》里，達爾文自己也說到沒有搞清楚寒武紀生命大爆炸這一現(xiàn)象，并且當年達爾文把初稿送給當時著名的考古學家，古生物學家路易斯.阿加西斯，阿加西斯認為化石記錄尤其是寒武紀生物大爆炸的化石記錄是達爾文理論里無法逾越的難關。

達爾文的自然選擇產生新物種取決于三個不同因素:隨機產生的變異，變異的遺傳可能性，生存競爭。并且認為新物種的產生是一個漫長的積累過程。

現(xiàn)在所有的化石記錄均不能支持達爾文的觀點，沒有中間形態(tài)物種的化石?，F(xiàn)實中我們看到的新物種的產生都是一代產生的，植物里面的月見草，動物里面兩棲動物的孤雌生殖等現(xiàn)象都是一次突變產生新物種。

從分子生物學角度來看隨機產生的變異的話就更有意思啦，基因個別堿基產生的突變，大部分是無義突變和有害突變，并且突變一般產生的是新基因型，改變的只是基因的分布頻度，地理隔離無非造成的是基因的漂移，產生不了新基因，這樣的小變異產生不了新物種，只會豐富物種多樣性。

人和大猩猩的基因同源性在98%以上，但是是兩個物種，唯一的差異是人是23對染色體，而大猩猩是24對，微觀上看感覺是大猩猩和人的共同祖先的兩對染色體融合成一對染色體，即人的第二對染色體，導致人類的產生，但是像染色體級別的突變全部是有害突變，就有些像遺傳物質界發(fā)生了一次大的大陸板塊漂移一樣，這樣的發(fā)生概率本身非常的低，99.99%概率都是致死突變，如果歷史上真的是在自然的情況下發(fā)生的，就需要這樣的假設，第一，在同一個時間點，上下左右不超過20年吧，不然跨代太多啦，第二，同一個地點，不能超過100公里吧，古代有沒有電話什么高科技，第三，并且是男女同時發(fā)生了相同的位點融合;第四，媒婆還必須讓他們看上眼了并結合啦;第五，女方還必須要多子女或者，方圓百里同時產生了好多對這樣的突變才行，不然沒法產生下一代呀。

我假設說完了，大家什么感覺，這不像大自然的事件，倒像是實驗室的工作吧。

不知道有沒有提說過最簡機械理論，就是說一個有功能的機械裝置所需要的配件一個都不能少，少一個便不能工作，生命也是這樣由不同的機械裝置做成的，比如細菌的鞭毛，就是一個最簡單的搖動裝置，由如干個不同功能的蛋白組合在一起起到鞭毛擺動的功能，一旦缺少一個蛋白，鞭毛就無法工作，對于細菌來說就是有害突變，并且這幾個蛋白必須同時正確的產生，并且還是有目的性的。大自然有這么智慧嗎？有沒有感覺有點實驗室的味道呢？

表觀遺傳學的研究越來越熱，隨著研究的深入發(fā)現(xiàn)所謂表達蛋白的基因的作用越來越小，基因的調控越來越復雜，如果把遺傳物質(基因)看成一個菜譜的話，我們發(fā)現(xiàn)我們還沒有找到廚師，到底是誰在決定什么時候做什么菜，什么時候上菜，菜做多少量，菜譜(基因)里面并沒有記載。

隨著表觀遺傳學學的深入研究，拉馬克的用進廢退的觀點也并非一無是處，環(huán)境或食物對人的影響是可以遺傳的，生命科學的研究越來越進入了玄學，但也越來越清晰啦。

我舉過智能機器人的例子來形容達爾文的進化論，可以參看我的微頭條。

不在多說了，達爾文的進化論現(xiàn)在來看漏洞百出，只能解釋一個物種的演化，解釋不了物種的產生，這也許就是達爾文進化論所面臨的現(xiàn)狀。