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GEO芯片數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換器使用案例

 沙亮哥哥 2017-10-06
                          以GEO芯片數(shù)據(jù)GSE14520為例: 首先從GEO下載GSE14520數(shù)據(jù): 從圖中可以看出共有488個(gè)樣本,我們選擇MINiML格式的數(shù)據(jù)(軟件只支持該格式),下載完: 然后我們將該文件導(dǎo)入到軟件中: 從圖...

工具下載鏈接:http://gap./tool/8/

以GEO芯片數(shù)據(jù)GSE14520為例:

首先從GEO下載GSE14520數(shù)據(jù):

attachments-2017-08-FiAqJyyt598bc7ff2f78從圖中可以看出共有488個(gè)樣本,我們選擇MINiML格式的數(shù)據(jù)(軟件只支持該格式),下載完:attachments-2017-08-kciEDp0r598bc893ce0f

然后我們將該文件導(dǎo)入到軟件中:

attachments-2017-08-1jBNPftB598bc8d2e89b

從圖中可以看出,軟件將該文件解析出來兩個(gè)平臺(tái)的數(shù)據(jù)GPL571和GPL3921,樣本數(shù)與下載時(shí)頁(yè)面顯示一致,我們點(diǎn)擊導(dǎo)出樣本信息:

attachments-2017-08-zPcVfvKo598bc92a98b0

最終得到了SampleInfo.xls,打開文件看看如下:

attachments-2017-08-r4wlEzfF598bc97300a7

從圖中可以看出我們成功的導(dǎo)出了樣本的臨床信息,主要表中的分號(hào),分號(hào)分割的是多次隨訪,有些樣本可能存在多次回訪,所以該信息我們使用分號(hào)分割

下面我們導(dǎo)出樣本數(shù)據(jù)矩陣,首先我們需要選擇導(dǎo)出來的矩陣中是探針形式的還是genesymbol等其他ID形式的:

attachments-2017-08-5LY0KvBS598bc9f2a4be

如圖,我們選擇geneSymbol形式導(dǎo)出,下一步我們需要選擇導(dǎo)出的數(shù)據(jù)列,這個(gè)例子中只有兩列:Column1、Column2,從左側(cè)的表中我們可以知道Column2是數(shù)據(jù)列,所以在step2中選擇Column2,對(duì)于當(dāng)多個(gè)探針對(duì)應(yīng)一個(gè)基因是我們選擇其中位數(shù)代表該基因的表達(dá)值,當(dāng)然軟件提供了三種方式,都可以選擇,如下圖:

attachments-2017-08-7IGKWG3C598bca583ad0

點(diǎn)擊導(dǎo)出數(shù)據(jù)矩陣:

attachments-2017-08-ffao0suZ598bcaedc898這樣我們就將這套GSE數(shù)據(jù)中的GPL571平臺(tái)的43個(gè)樣本的數(shù)據(jù)導(dǎo)出來了,使用Excel打開數(shù)據(jù)Merge_GPL571.expro.txt如下:

attachments-2017-08-2iuNgLIG598bcb5c1f29后續(xù)就可以拿 這個(gè)表做各種分析啦,媽媽再也不用但是GEO數(shù)據(jù)下載后探針對(duì)應(yīng)問題啦


  • 發(fā)表于 2017-08-10 10:57
  • 閱讀 ( 752 )
  • 分類:軟件工具

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