淝水之戰(zhàn)后，東晉統(tǒng)治者內(nèi)部又發(fā)生了一系列矛盾沖突，而與此同時(shí)，由于長期積累的社會(huì)矛盾，又爆發(fā)了由孫恩、盧循領(lǐng)導(dǎo)的農(nóng)民戰(zhàn)爭(zhēng)。在戰(zhàn)亂中逐漸成長起來的北府兵將領(lǐng)劉裕，憑借對(duì)桓玄叛亂與孫恩、盧循起義的鎮(zhèn)壓以及對(duì)外的北伐勝利，最終奪取了東晉政權(quán)，建立了南朝（420-589年）的第一個(gè)政權(quán)。

謝安在淝水之戰(zhàn)后，遭到會(huì)稽王司馬道子（晉孝武帝同母弟）的排擠，為晉孝武帝所疏遠(yuǎn)。司馬道子的勢(shì)力逐漸膨脹，成為東晉有名的權(quán)臣。謝安死后，司馬道子領(lǐng)揚(yáng)州刺史、錄尚書事、都督中外諸軍事。

太元十七年（392年），東晉朝廷命殷仲堪為都督荊、益、寧三州諸軍事，荊州刺史，出鎮(zhèn)江陵。時(shí)桓溫之子南郡公桓玄（369-404年）在荊州，因桓氏在荊州經(jīng)營數(shù)十年，為東晉朝廷所忌，不得重用，與司馬道子矛盾也很深。殷仲堪不能控制桓玄，反倒對(duì)桓玄有敬畏之心。

隆安元年（397年），鎮(zhèn)守京口的王恭起兵反對(duì)司馬道子，并約荊州殷仲堪進(jìn)兵。次年，王恭第二次舉兵，為部下劉牢之背叛，被殺。這時(shí)，楊佺期、殷仲堪、桓玄的軍隊(duì)也逼近了建康。此時(shí)司馬道子與其子司馬元顯專權(quán)，聚斂無度，即將走向崩潰的邊緣?；感魯∫笾倏?、楊佺期，奪取了西軍大權(quán)。元興元年（402年），司馬元顯畏懼桓玄的勢(shì)力，出兵討伐，很快失敗?；感杆僬莆樟藮|晉朝政，并打算廢晉自立。

元興二年（403年），桓玄正式廢晉自立，國號(hào)楚。次年東晉大臣共推舉北府兵將領(lǐng)劉裕為盟主，收復(fù)建康，后溯江而上，迅速消滅了桓玄，安帝復(fù)位。桓玄死后又過了幾年，其部下才漸被消滅。

1982年版《中國歷史地圖集》東晉圖 淝水之戰(zhàn)前

桓玄之亂使得東晉的統(tǒng)治陷入巨大的危機(jī)。淝水之戰(zhàn)后，東晉統(tǒng)治者內(nèi)部的斗爭(zhēng)逐漸激化，而社會(huì)矛盾也日益尖銳。在桓玄之亂的同時(shí)，孫恩、盧循相繼領(lǐng)導(dǎo)的農(nóng)民戰(zhàn)爭(zhēng)，也沉重打擊了東晉在東南地區(qū)的統(tǒng)治。

王恭起兵時(shí)，孫泰在三吳憑借道教召集軍隊(duì)、聚集資金，意圖推翻晉朝，后被司馬元顯誘殺。孫泰之侄孫恩（？-402年）逃到海島上，依靠道教來發(fā)動(dòng)百姓。

當(dāng)時(shí)，荊州等地由桓玄勢(shì)力控制，江北則為北府兵控制，東晉朝廷能夠直接控制的只有江東地區(qū)。隆安三年（399年），司馬元顯將江東由奴婢免為客的百姓發(fā)配建康充兵役，號(hào)稱樂屬，這使得原本就受到東晉朝廷盤剝的江東百姓更加痛苦，社會(huì)矛盾迅速激化。孫恩由此再度起兵。

孫恩攻打會(huì)稽郡（治今浙江紹興），殺內(nèi)史王凝之。八郡（會(huì)稽郡、吳郡、吳興郡、義興郡、臨?？ぁ⒂兰慰?、東陽郡、新安郡，約當(dāng)今江蘇東南部、浙江大部地區(qū)）百姓應(yīng)者云集，十?dāng)?shù)日間，起義軍達(dá)到數(shù)十萬之眾。東晉對(duì)這場(chǎng)突如其來的暴動(dòng)十分畏懼，加之江東是其當(dāng)時(shí)的根本，因此迅速派北府兵等軍隊(duì)前往鎮(zhèn)壓。北府兵是東晉勁旅，因此孫恩很快撤退到海島上。隆安四年（400年），孫恩再攻會(huì)稽郡，殺東晉官吏謝琰。次年六月，孫恩率軍十余萬、樓船千余艘，由海上溯江進(jìn)至丹徒（今江蘇鎮(zhèn)江），建康大震。不久孫恩又被劉牢之、劉裕等人率領(lǐng)的北府兵所擊敗，退走海島。大亨元年（402年）三月，孫恩進(jìn)攻臨海郡（治今浙江臺(tái)州椒江北章安鎮(zhèn)）兵敗，投海而死。

孫恩死后，其部下推舉他的妹夫盧循為首領(lǐng)。盧循受到劉裕的打擊，自海上南渡，元興三年（404年）十月攻占番禺（今廣東廣州）。這時(shí)桓玄之亂剛被平定不久，東晉尚無力鎮(zhèn)壓，暫時(shí)任盧循為廣州刺史。

義熙五年（409年），劉裕北伐南燕，徐道覆建議盧循趁機(jī)北上進(jìn)攻建康，盧循猶豫不決。次年，盧循、徐道覆率軍北進(jìn)。東晉朝廷急召劉裕回朝。由于盧循缺乏決斷，坐失戰(zhàn)機(jī)，被劉裕擊敗，次年春南逃龍編（今越南河內(nèi)東），最終戰(zhàn)敗，投水自殺。至此，前后長達(dá)十三年的農(nóng)民戰(zhàn)爭(zhēng)最終失敗。