清朝和臺灣的兩次談判失敗之后，南方發(fā)生了“三藩之亂”,吳三桂造反了，另立王朝，戰(zhàn)火迅速燃遍了南中國。鄭經(jīng)（鄭成功的兒子）立即放棄了和清政府的一切談判，乘機與吳三桂、耿精忠勾結(jié),全力反攻大陸，不久，他們就占領(lǐng)廈門與漳州、泉州、潮州、惠州各地。

幾年后，吳三桂被清軍打敗，鄭經(jīng)也在清軍的重重攻擊之下退了回臺灣。清朝再一次主動找臺灣談判。鄭經(jīng)的要求是：臺灣必須有琉球、高麗等附屬國一樣的待遇?？滴趸实蹐詻Q不同意,雙方談判再次不歡而散。

不久,鄭經(jīng)病逝了，他兒子鄭克接權(quán)。清廷再次開始討論如何解決臺灣問題。當時贊同用武力和反對武力人爭論了很久都沒有結(jié)果，最終，康熙皇帝排除了眾多反對意見,決定采取邊談邊打的方針。

臺灣遠離大陸，攻打必須要有水師，而清朝的滿族將士只善于騎馬射箭，對水上作戰(zhàn)一竅不通。于是，福建總督姚啟圣向康熙皇帝推薦了施瑯。

施瑯是福建晉江人，很早以前是鄭芝龍（鄭芝龍是鄭成功的父親）部下，后隨鄭芝龍投降清朝。為此，鄭成功將其留在福建的家人全部殺光，雙方因此結(jié)下深仇。歸降清朝后，施瑯在福建與鄭成功作戰(zhàn)多年，他不僅了解臺灣情況，而且還熟悉水上作戰(zhàn)。他一貫主張攻武裝收復(fù)臺灣,但因為是一名投降過來的人次，一直沒有取得清政府的信任，被安排在北京閑居了十三年。

康熙起用施瑯后，封他為福建水師提督，讓他放開手腳打，島上的人可以一個不留，但國土一寸不能丟，并讓福建總督姚啟圣全力為他提供后勤保障。

康熙二十二年六月十四日（1683年7月8日）施瑯率兵兩萬余人,乘戰(zhàn)船二百余艘出征。鄭克則派勇敢善戰(zhàn)的劉國軒守迎戰(zhàn)，所率兵將戰(zhàn)船與施瑯相當。很快，兩軍便在澎湖海域展開激戰(zhàn)，這一戰(zhàn)就是時七晝夜。雙方死傷慘重，施瑯也右眼負傷，最終清軍獲勝。在這一戰(zhàn)中，清軍擊沉敵船159艘,鄭軍死傷12000人,浮尸鋪滿海面。劉國軒僅率31艘船逃回臺灣。

澎湖戰(zhàn)敗后，臺灣一片恐慌，施瑯趁機進行心理攻勢，對被俘的臺灣兵將以禮相待，大加封賞，對那些傷殘人員進行醫(yī)治，然后釋放回臺灣。很快，鄭氏集團的軍心就被瓦解，自感無抵抗，最終于7月27日無條件向清軍投降。康熙接受投降,并且優(yōu)待了所有投降將士。

康熙二十三年（1684年）,清朝在臺灣設(shè)置了臺灣府，在臺灣、澎湖分別駐兵1萬，臺灣寶島得以統(tǒng)一于清朝政府之下。

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