上回我們說到國自然基金的創(chuàng)新性，創(chuàng)新性是國自然項目評議要點的第一條。評議要點的第二條是針對研究內(nèi)容、研究目標及擬解決的關(guān)鍵科學問題進行評議。這回，我們就來聊聊研究內(nèi)容如何設(shè)計。

研究內(nèi)容的設(shè)計與創(chuàng)新點息息相關(guān)，不能脫離創(chuàng)新點，研究內(nèi)容就是圍繞創(chuàng)新點進行實驗設(shè)計，論證創(chuàng)新點的正確性。

上回我們說到，臨床疾病基礎(chǔ)研究，最好的創(chuàng)新點在于基因，新功能基因。也就是說，A基因在D疾病中發(fā)揮功能，是我首次提出并論證。我們這回以此創(chuàng)新點為例，探討這類課題的研究內(nèi)容如何設(shè)計。

先看完整性設(shè)計要求。一個疾病基礎(chǔ)研究課題設(shè)計，怎么評估完整性呢。在發(fā)育生物學領(lǐng)域有個說法，“一個成體的個體發(fā)育過程，重演了這個物種進化的歷史。”想想本科時第一次看到多物種發(fā)育的圖，很是震驚，在發(fā)育的前面幾個階段，不管是人還是蜥蜴，都非常像，很難進行區(qū)分。一個疾病基礎(chǔ)研究課題是否完整，也要看這個課題設(shè)計是否重演了疾病研究的歷史。還是拿出寶圖。

一共5大部分。

臨床表現(xiàn)，這個與做實驗沒有關(guān)系，但標書的第一段，發(fā)文章的第一段，都是寫這個。核心是，突出本項目研究問題的重要性，臨床意義。為啥腫瘤容易發(fā)高分，因為發(fā)病率高，致死率高，特別是臨床基本上沒得治。

下面的4個，就是臨床課題的4要素了。“A基因通過調(diào)控B信號通路影響C疾病的D功能”。臨床基礎(chǔ)研究課題研究內(nèi)容的設(shè)計，就圍繞這4個要素，論述創(chuàng)新點A基因與其他3個要素BCD的關(guān)系。

一共3大步驟。臨床相關(guān)性（A-C），功能（A-D），機制（A-B）。

這里檢測的是基因在疾病組織與正常組織間的差異。

1、QPCR檢測的是mRNA水平的差異，WB和組化檢測的是蛋白水平的差異。不過，組化還有一個優(yōu)點是，可以直觀看到表達差異的細胞類型，組織結(jié)構(gòu)。

2、有差異后，再看看這個差異對于疾病的意義大小。也就是這個差異與疾病的嚴重程度是否相關(guān)。腫瘤研究的CNS文章，一般A基因都與病人的預后相關(guān)。

3、對于取不到人的樣品的疾病研究，可以用動物模型來代替。比如Alzheimer病研究。

做研究的人都知道，有臨床相關(guān)性差異的基因不一定是有功能的，季博的說法是，有臨床相關(guān)性差異的基因，我們能夠證明有功能的很少。這就是做科研的風險。

如何證明我找到的A基因在C疾病的發(fā)生發(fā)展中是發(fā)揮功能的呢。在細胞水平和動物水平進行基因干預，檢測細胞功能表型的改變，以此證明A基因在C疾病的發(fā)生發(fā)展中是發(fā)揮促進還是抑制的功能。

這個步驟需要注意的核心問題有兩個，模型及檢測指標。這個部分，我們下回分解。

另外，這里的基因干預，基因操作工具的選擇，還是有講究的。激酶類的抑制劑，做預實驗初步探索是可以的，正式實驗，就必須采用正式的基因操作工具了。基因操作工具，季博分成三種，過表達，RNAi和cas9。今年的諾貝爾獎給了自噬，2006年的諾貝爾獎給的是RNAi，為啥把諾貝爾獎給這么個技術(shù)呢，因為RNAi針對的是細胞內(nèi)內(nèi)源的基因進行操作，拿到的數(shù)據(jù)比過表達工具的數(shù)據(jù)更靠譜，所以把諾貝爾獎給了她。所以，我們在研究中能夠用RNAi的，盡量用RNAi來進行我們的實驗。Cas9怎樣呢，今年雖然給了自噬，不過，張鋒可是今年的候選人之一。估計他再活個50年沒有問題，所以在后面的50年中，特別是cas9在人類遺傳病的研究和治療上發(fā)揮重大作用后，cas9拿諾貝爾獎是早晚的事情。好工具的選擇對文章分值是有提升作用的。

A基因的臨床相關(guān)性，功能，決定了一個課題的生死。決定一個課題的深度，是機制。

上回給出的科研課題提升的路徑，機制三大類。是從論證分子間關(guān)系嚴謹性角度來分類的（具體的描述，可以參看“課題設(shè)計思路”）。季博講座中說，直接互作機制是10分以上雜志對于機制論述嚴謹性的要求。如果文章要發(fā)表得更高，那么就要看機制的細分方向是否為投文章時候的熱點了。

做這張PPT的時候，把自噬放第一個，不是預測到今年會拿諾貝爾獎。13年國自然基金提出課題設(shè)計要完整的要求，也就是需要包含ABCD四要素。14年國自然中標項目統(tǒng)計，有個熱門詞匯叫自噬，14年開始，課題設(shè)計機制上需要有細分方向了。今年，估計自噬相關(guān)的項目又會多起來了。您趕緊看看您的基因是否與自噬相關(guān)，B信號通路就變成自噬了。