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“史上最悲壯論文”,班車司機與諾貝爾獎

 漢青的馬甲 2015-12-13

水晶水母,學名為維多利亞多管發(fā)光水母

來源:www.ecoxotic.com


文 | 朱勇(美國南加州生物技術(shù)公司Vivoscript科研副總裁)


“科學有時很殘酷。對于Douglas Prasher來說,在賣車行打一份一小時掙10美元的工,與獲得諾貝爾獎及其帶來的榮耀和120萬美金,只有一線之差?!?/span>

——Dr. Marc Zimmer, “Illuminating Disease: An Introduction to Green Fluorescent Proteins”


每年六、七月份,在美國西北太平洋海岸邊,都會出現(xiàn)成千上萬的水晶水母。它們直徑不超過10厘米,沒有頭,沒有有毒的觸角,全身都是透明的,在海水中搖曳著。當受到驚擾的時候,它們會在傘型身體的下緣發(fā)出一束束綠光。夏天一過它們又全都消失。日出日落,潮漲潮退,年復(fù)一年,周而復(fù)始,好像從遠古到永遠,都不會改變。


直到二十世紀六十年代初的一個夏天,幾個長桿撈網(wǎng)突然劃破海面的平靜,開始一網(wǎng)一網(wǎng)地捕撈水晶水母。


在此后的三十多年里,水晶水母(學名叫維多利亞多管發(fā)光水母)的綠色螢光的奧秘被一點一點發(fā)現(xiàn)。


綠色螢光蛋白(GFP)的發(fā)現(xiàn)和應(yīng)用成為生命科學革命性的里程碑, 而以GFP及其它熒光蛋白為基礎(chǔ)的現(xiàn)代分子成像技術(shù)成為生物醫(yī)藥科研的不可缺少的工具, 被譽為二十一世紀的顯微鏡。GFP的光輝照亮了世界的每個角落,徹底改變了人類對疾病的認知過程。


GFP的發(fā)現(xiàn)和普及過程跌宕起伏,涉及四個實驗室和六個關(guān)鍵人物,其中三人因此獲得諾貝爾化學獎。GFP的歷史在以前多有介紹,包括饒毅老師于2008年發(fā)表的博客[1],其中描述最為翔實的是Marc Zimmer教授今年出版的新書[3]。綠色螢光蛋白的故事仍值得我們一遍又一遍地重溫和回味。


- 下村修的假說 -


那些長桿撈網(wǎng)的主人是在美工作的日裔學者下村修(Osamu Shimomura)和他的實驗室老板Frank Johnson,及實驗室其他成員。


下村修出生于1928年,從小在日本和中國長大。當?shù)诙w原子彈爆炸在長崎時,當時年僅16歲的下村修正在附近的軍工廠工作。他目睹了閃光和巨大的蘑菇狀煙云。他在黑色的雨中跑回家,到家時身上的白襯衣已變成灰色。


下村修在1960年應(yīng)邀并憑借著福布萊特獎學金到美國普林斯頓大學做訪問學者。他先在普林斯頓大學工作22年,后又在伍茲霍爾海洋研究所做科研。他一直對生物發(fā)光感興趣。為什么水晶水母可以發(fā)綠光是他孜孜不倦不舍不棄想要回答的問題。


在將近20年的時間里,每年夏季他和家人從東海岸一路開車到西海岸,在華盛頓大學的“星期五港”實驗室外的棧橋上大批大批地捕撈水晶水母?;氐綄嶒炇遥置χ阉傅膫闵w下緣切下來,不厭其煩地分離和分析各種成分。剪切,擠壓,過濾,攪拌,沉淀……


幾十次實驗和數(shù)萬只水母之后,下村修終于弄清楚了綠色熒光的奧秘:


水母有兩個發(fā)光蛋白,第一個他命名為水母素(aequorin),是一個熒光素酶,在碰到鈣離子時會發(fā)出藍光[4]。第二個就是綠色熒光蛋白或GFP。水母素發(fā)出的藍光作為能量會傳給GFP,激發(fā)出綠色熒光。但GFP的含量在水母中遠低于水母素,從水母中提取GFP更加耗時耗力。


下村修用來切水母傘體下緣的機器,由他當時的老板Frank Johnson設(shè)計[2]。


水母素的發(fā)現(xiàn)導(dǎo)致了兩篇重要的論文發(fā)表[5, 6]。水母素被作為鈣離子的傳感器注射到藤壺的肌肉細胞和烏賊的神經(jīng)細胞里,當肌肉收縮時或是神經(jīng)細胞放電時,科研人員第一次在細胞里清楚地看到了明亮的藍色閃光。


科學界意識到了發(fā)光蛋白的可能應(yīng)用,但每一篇論文雖然只需要幾毫克的水母素,卻需要幾萬只水母來提煉。這種昂貴的技術(shù)注定無法普及。


下村修當時只對水母素蛋白感興趣,而并不在意GFP。他提出了一個假說:GFP蛋白僅靠它自己不能發(fā)熒光,需要水母體內(nèi)的酶加工才會變成熒光蛋白。


如果這個假說成立,GFP在生物科研中用處就不大了, 因為它在其它生物個體中無法獨立發(fā)光。但遺憾的是,該假說當時被普遍接受, 對以后GFP的研發(fā)有著深遠的負面影響。再加上GFP蛋白提取困難,在隨后的20多年里,GFP的科研幾乎沒有任何進展。


- 史上最悲壯論文 -


故事中的第二個人物是比下村修小23歲的Douglas Prasher博士。Prasher在喬治亞大學的MiltonCormier實驗室作博士后時候,和其他成員成功地從水母中找到并克隆了水母素的基因,并用該基因在大腸桿菌了表達了水母素蛋白。


這是一個不小的成就。同從水母中提取蛋白相比,用細菌表達制備蛋白要方便、省時、省力和便宜得多,也人道得多。


任何實驗室想要用水母素作為鈣離子的傳感器,都可以直接用細菌生產(chǎn)或以合理的價格購買。水母素的來源不再是一個瓶頸,直到今天它仍在實驗中被廣泛用來檢測鈣離子。


后來Prasher也在伍茲霍爾海洋研究所建立了自己的實驗室。他開始把目光投向了無人問津的GFP。他產(chǎn)生了一個獨特的想法,如果下村修的假說不成立呢?


也許GFP本身就能發(fā)熒光,并不需要水母的其它蛋白處理加工。如果這樣,GFP就可以通過基因拼接的方式被附著在任何蛋白的末端。而目標蛋白在活細胞內(nèi)甚至是活的個體內(nèi)的一切生理狀態(tài)下的活動都能被看得清清楚楚,就像時時刻刻有一盞探照燈照著它。


而那時候人們還沒有任何手段追蹤蛋白在活細胞或活體里的動態(tài)變化。驗證這一想法的第一步就是克隆GFP的基因?;蚴堑鞍椎脑闯绦颉S辛嘶?,后續(xù)工作就容易地多。


Prasher把自己的這些想法和計劃組織起來,作為科研基金的申請交了上去。但Prasher的假說與占主導(dǎo)地位的理論背道而馳,因而他不斷碰壁,申請一次次的被拒絕。但功夫不負有心人,終于Prasher從美國癌癥協(xié)會獲得了20萬美金的科研基金來支持這個項目。


從80年代初起,Prasher也開始一次次地在初夏前往西海岸“星期五港”實驗室,大批大批地撈水晶水母。但Prasher與下村修兩者的差異是,下村修感興趣的是蛋白,而Prasher搜尋的是GFP的基因。


由于在當時的條件下,很多現(xiàn)在普及的分子生物學的手段還沒有被發(fā)明,Prasher的工作量與下村修相比只多不少。


在將近3年的時間里,Prasher先從約7萬只水母中提取足夠的RNA建立水晶水母的基因庫(cDNA library),再用同位素標記的探針雜交的方法來大海撈針。一遍遍地嘗試,一遍遍地失敗,再嘗試,再失敗。直到他拿到了完整的GFP基因。他將GFP基因轉(zhuǎn)到了大腸桿菌里表達,又提取了GFP蛋白。


但殘酷的結(jié)果使他墜入了絕望的深淵:GFP并不能發(fā)綠熒光!看來下村修的理論是對的。他本來就有些動搖的自信心遭到致命一擊。


Prasher是一個孤獨的科學家,他不擅于和同行交流。


他和下村修在一個研究所共事多年,研究的課題緊密相關(guān),但兩人只有一次談話的場合,還是在遠離研究所的一次會議上。在他苦悶的時候,在他的實驗走到瓶頸的時候,他無人可以傾訴,可以交流。這時候他的20萬科研基金已經(jīng)用完了,再申請又被拒絕。他心灰意冷,徹底放棄了GFP。



在GFP發(fā)現(xiàn)和普及過程中的幾個關(guān)鍵人物。其中下村修,Chalfie和錢永健獲得2008年諾貝爾化學獎。


但在Prasher徹底告別GFP之前,他還是把克隆GFP基因的過程和結(jié)果寫成一篇論文,于1992年發(fā)表[7]。


在文中,他承認了GFP本身并不發(fā)熒光,下村修的理論是對的。這可能是歷史上最悲壯的一篇論文。在看似無邊的黑暗和疲倦中,Prasher不知道他與綠色的曙光有多么接近。


Prasher的這篇論文引起了兩位同行的注意:哥倫比亞大學的生物學家Martin Chalfie和加州大學圣地亞哥分校的錢永健 (Roger Tsien)教授。兩個教授都發(fā)電子信件向Prasher索要GFP基因。Prasher毫不猶豫地無條件給兩個實驗室寄去了。



Prasher于1992年發(fā)表的“歷史上最悲壯的論文”。


Chalfie是研究線蟲的專家。線蟲約一毫米長,經(jīng)常被用作模型來研究動物的發(fā)育過程和初級神經(jīng)系統(tǒng)。它的一大優(yōu)勢就是全身上下是透明的,這是驗證熒光蛋白標記技術(shù)最理想的動物模型。


Chalfie得到GFP的DNA后把它交給在實驗室里工作的研究生Ghia Euskirchen。Euskirchen發(fā)現(xiàn)Prasher的GFP基因并不齊整,在首尾各多了一些堿基,因此它表達的蛋白并不是天然的GFP蛋白,而是抻長版的GFP,前后都有些多余的氨基酸殘基。


原來Prasher在把GFP基因插到表達質(zhì)粒上時,用了當時的通行方法,用兩個限制性內(nèi)切酶切出來含有GFP基因的DNA片段,再接到質(zhì)粒上。限制酶方法方便但不精確。


為了精確地把GFP基因插到表達質(zhì)粒上,Euskirchen使用了剛發(fā)明不久還沒有普及的PCR技術(shù)。對于基因剪拼來說,限制酶方法是用斧頭砍,接縫的地方總是多一塊或少一塊,而PCR方法則是激光刀,可以把一個基因準確地切割下來,一個堿基不多,一個堿基不少。她把GFP基因嚴絲合縫地插入到質(zhì)粒里。


令她大吃一驚的是,表達該質(zhì)粒的細菌在培養(yǎng)的時候就是綠色的,在熒光顯微鏡下觀察竟然發(fā)出明亮的綠熒光。Euskirchen成為世界上第一個在大腸桿菌中看到GFP熒光的人。


至此下村修的理論被證明是錯誤的。GFP不需要其它酶加工。它的三個氨基酸構(gòu)成光核或發(fā)色團,而蛋白的其余部分折疊成一個桶狀,將發(fā)色團圍在中間,就象一個有燈罩的臺燈一樣。而Prasher的GFP蛋白由于首尾多了一些氨基酸,在細菌中不能形成正確的桶狀構(gòu)象,就發(fā)不了熒光。


Chalfie的團隊迅速地用GFP標記了線蟲的對接觸敏感的蛋白,觀察到它在線蟲體內(nèi)神經(jīng)細胞的表達。這一成果1994年發(fā)表在《科學》雜志上[8]。Prasher由于提供了基因,被列為論文的最后作者。那期《科學》的封面就是一張在黑色的背景中發(fā)綠色熒光的線蟲的照片。


文章的發(fā)表引起了世界性的轟動。千千萬萬個學者為這張照片而癡迷。用GFP作為工具監(jiān)測活的生物個體里的基因表達和蛋白變化為解決無數(shù)個生命不解之謎提供了鑰匙。


發(fā)表Chalfie論文的那期《科學》雜志封面。


錢永健差不多同一時間得到Prasher的GFP基因,但卻沒有立刻開展這個項目。


錢永健是錢學森的表侄,在美國出生,16歲就獲得西屋科學獎。他是化學方面的專家,他的實驗室缺乏有生物背景的人。錢在等他剛招的生物博士后Roger Heim來做這個項目。在Heim還沒有加入錢的實驗室之前,錢永健就聽說了Chalfie的實驗室在GFP上取得的突破。他們決定另辟蹊徑,在酵母里表達了GFP。


另外他們以GFP為基礎(chǔ),產(chǎn)生了一系列的突變蛋白,產(chǎn)生包括藍色,黃色和青色等不同顏色的熒光[9]。這樣在同一實驗中,兩或三個不同的蛋白可同時被跟蹤監(jiān)測。


他們還在GFP蛋白里置換了一系列的氨基酸,大大提高了GFP的穩(wěn)定性和發(fā)光強度。在今天生物醫(yī)學研究中大部分被使用的GFP都是錢的實驗室研制出的加強版GFP。


如果說Chalfie的那篇《科學》論文是向世界宣告一個工具的誕生,那錢的工作就是使這個工具更好用,更方便。洪水之門一下子被打開了,使用熒光蛋白技術(shù)的論文呈幾何級數(shù)增長。今天發(fā)表的生物醫(yī)藥領(lǐng)域科研成果有一半以上都用到這一技術(shù)。


2008年10月,瑞典皇家學院宣布諾貝爾化學獎將被授予對GFP的發(fā)現(xiàn)和應(yīng)用有突出貢獻的三位科學家:下村修,Chalfie,和錢永健。而也起了關(guān)鍵作用的Prasher卻遺憾地與諾貝爾獎失之交臂。


更令人感慨的是,Prasher此時已不再從事與科學有關(guān)的工作。當記者找到他時,他正在阿拉巴馬州的一家豐田車車行打工,開班車接送客人,掙著最低工資。


原來在放棄了GFP項目不久,Prasher離開了伍茲霍爾海洋研究所,在阿拉巴馬州找到一份政府科研的工作。但不幸的是,由于政府撤銷了對該科研項目的投資,Prasher失去了這份工作。他又不想離開那個城市,但那里的科研工作機會實在有限。為了養(yǎng)家糊口,Prasher無奈放棄了科學,找到了這份臨時工。


Chalfie和錢在記者采訪時和后來的諾貝爾獎演講時都強調(diào)了Prasher的關(guān)鍵作用。錢永健邀請并資助了Prasher一家去瑞典參加諾貝爾獎頒獎典禮。目前Prasher又重返科研,在錢的實驗室里工作。



通過Google Scholar檢索出的每年發(fā)表的提到GFP的論文數(shù)。


- 無論成敗都是英雄 -


GFP的故事令我感慨萬千。對這一段歷史,也許每個人得到的啟示都不一樣,可以探討的話題很多。


IQ和EQ與成功的關(guān)系;細節(jié)決定成敗的含義;每一個突破性成果的背后的研究生,博士后,和實驗員的貢獻;科學權(quán)威的理論對科學發(fā)展的影響;當代科研基金的評獎機制能否孕育出革命性的成果;運氣在科研中的作用(從80年代末起,每年夏天的水晶水母潮竟然神秘地消失了[2]);對前沿技術(shù)(比如90年代初的PCR)的早期使用所獲得的巨大優(yōu)勢……


但我今天只想談?wù)剝蓚€話題:科學與技術(shù),貢獻和榮譽。


一個月前(10月23日)華爾街時報刊登了一篇隨筆,題目為“基礎(chǔ)科學之謎”[10]。作者Matt Ridley是資深的生物學家和暢銷書作者。


他在文中的主要觀點是縱觀人類歷史,技術(shù)的發(fā)展是復(fù)雜的,和科學的進步關(guān)系并不大。往往是新技術(shù)的出現(xiàn)才帶來了科學的突破,而不是像人們普遍認為的那樣,科學的發(fā)展引發(fā)了技術(shù)的革新。


文中指出,是先有了蒸汽機,才建立起熱動力學;先有了X射線晶體技術(shù),才發(fā)現(xiàn)了DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)。文章的一個推論是政府耗巨資支持基礎(chǔ)科研是沒有必要的。


我認為Ridley的觀點有些以偏概全。就拿生物醫(yī)藥來說,也許在早期,這種現(xiàn)象確實普遍存在:先發(fā)現(xiàn)了阿斯匹林,幾十年后其機理才逐漸浮出水面。


但在今天,從生物機理(科學)到確定藥靶再到新藥研發(fā)和使用(技術(shù))是占主導(dǎo)地位的模式,而GFP的歷史更是一個典型的例子。


下村修在一次又一次地提取水母中的發(fā)光蛋白時,他只想去解決生命的奧秘之一。但一旦GFP的機理被弄清楚了,GFP蛋白標記技術(shù)就水到渠成呼之欲出。Chalfie的論文完成了由科學到技術(shù)蛻變的第一步,而錢永健的實驗室和銷售加強版GFP基因的公司則完成了第二步:新興技術(shù)的成熟化和產(chǎn)業(yè)化。


再舉一個例子。PCR技術(shù)雖然是1983年問世的,但真正使其推廣的關(guān)鍵是能夠耐高溫的TaqDNA聚合酶。這種酶是在六、七十年代搞基礎(chǔ)研究的生物學家在探索黃石公園的溫泉中生長的細菌時發(fā)現(xiàn)的[11]。一個技術(shù)的誕生和成熟過程可能來源于幾十年來科學的積累:PCR技術(shù)誕生就是建立在DNA復(fù)制過程理論基礎(chǔ)上,而其推廣則離不開Taq酶的發(fā)現(xiàn)。


GFP的歷史還告訴我們,科學和技術(shù)之間不能簡單地歸納為線性的單向關(guān)系,科學和技術(shù)之間有著非常復(fù)雜的動態(tài)作用過程。由于GFP的發(fā)現(xiàn)(科學),才有了熒光蛋白標記技術(shù),許多過去無法回答的生物問題才能迎刃而解(科學),包括許多疾病的分子機理,這又進一步促進了新藥的研發(fā)(技術(shù))。科學產(chǎn)生技術(shù),技術(shù)推動科學,科學再產(chǎn)生新的技術(shù),如此循環(huán)反復(fù)。


咱們再來談一下貢獻和榮譽。在今天,任何科研項目的成功都要依靠團隊的合作,而且這個趨勢只會愈演愈烈。據(jù)華爾街時報報道,擁有幾千個作者的論文也已不足為奇[12]。在這種時代的背景下,對任何一個科研成果來分析比較每位參與者的貢獻將會越來越困難。


在GFP的發(fā)現(xiàn)和推廣的過程中,下村修是開拓者,Prasher起到承前啟后的作用,Chalfie證實了自己的遠見,錢永健善于改進,而 Euskirchen和Heim擁有一流的實驗設(shè)計和執(zhí)行能力。


要想從中挑出三個人授予諾貝爾獎是一個很艱難的抉擇。我相信諾貝爾獎評委是想努力做到公平的,他們?yōu)榇苏J真調(diào)查了一年才做出的決定[3]。但由于每單項獎每年授予人數(shù)不能超過三個人,諾貝爾獎的評選結(jié)果注定有其不公平性。諾貝爾獎既是給個人的榮譽,更是對某個科研領(lǐng)域的肯定。


Prasher在GFP技術(shù)的發(fā)展中起到了關(guān)鍵作用,但功虧一簣,痛失諾貝爾獎。他在大眾的眼里被媒體塑造成悲劇的角色。當我們在為他嘆息的時候,我們有沒有想到我們是可以改變這一結(jié)局的?


每一個做出貢獻的人都應(yīng)該是我們的偶像,不管有沒有得到諾貝爾獎或其它榮譽。得到諾獎的人值得我們敬仰和歌頌,沒有得到的人更需要鮮花和喝彩。社會、媒介和政府都有責任,讓那些應(yīng)該得諾獎而沒有得到的人享受同樣的榮耀和待遇。


從古至今,人類憑借著自強不息的精神,對知識的好奇心,對真理的渴望,不斷推動科學和技術(shù)的交替進步,促進社會的發(fā)展。在漫漫的科技歷史長河中,既有牛頓和愛因斯坦這樣燦若星辰照亮世界的天才人物,也有Prasher在黑暗中躑躅而行的寂寥身影。他們都是英雄。


參考文獻:

1. 饒毅: 美妙的生物熒光分子與好奇的生物化學家. 《科學時報》2008-10-06. http://blog.sciencenet.cn/blog-2237-41568.html

2. Shimomura O: The discovery of aequorin and green fluorescent protein. Journal of microscopy 2005, 217(Pt 1):1-15.

3. Zimmer M: Illuminating disease : an introduction to green fluorescent proteins. Oxford ; New York: Oxford University Press; 2015.

4. Shimomura O, Johnson FH, Saiga Y: Extraction, purification and properties of aequorin, a bioluminescent protein from the luminous hydromedusan, Aequorea. Journal of cellular and comparative physiology 1962, 59:223-239.

5. Baker PF, Hodgkin AL, Ridgway EB: Depolarization and calcium entry in squid giant axons. The Journal of physiology 1971, 218(3):709-755.

6. Ridgway EB, Ashley CC: Calcium transients in single muscle fibers. Biochemical and biophysical research communications 1967, 29(2):229-234.

7. Prasher DC, Eckenrode VK, Ward WW, Prendergast FG, Cormier MJ: Primary structure of the Aequorea victoria green-fluorescent protein. Gene 1992, 111(2):229-233.

8. Chalfie M, Tu Y, Euskirchen G, Ward WW, Prasher DC: Green fluorescent protein as a marker for gene expression. Science 1994, 263(5148):802-805.

9. Heim R, Prasher DC, Tsien RY: Wavelength mutations and posttranslational autoxidation of green fluorescent protein. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 1994, 91(26):12501-12504.

10. Ridley M: The Myth of Basic Science. The Wall Street Journal 2015.

11. Chien A, Edgar DB, Trela JM: Deoxyribonucleic acid polymerase from the extreme thermophile Thermus aquaticus. Journal of bacteriology 1976, 127(3):1550-1557.

12. Hotz RL: How Many Scientists Does It Take to Write a Paper? Apparently, Thousands. The Wall Street Journal 2015.


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